Quan nghiên cứu thực tiễn, những nguyên nhân chủ yếu làm giảm hiệu quả vai trò của Tòa án nhân dân trong hoạt động thi hành án hình sự bao gồm: Theo quy định của pháp luật hiện hành thì Toà án phải chịu trách nhiệm với rất nhiều công việc về thi hành án hình sự, tuy nhiên, tổ chức bộ máy để thực hiện nhiệm vụ này không được củng cố, hoàn thiện. Đội ngũ cán bộ làm thi hành án hình sự tại Toà án còn quá ít, chưa đáp ứng hết yêu cầu nhiệm vụ công tác này. Ở Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang hiện nay cán bộ chuyên trách làm công tác thi hành án hình sự gồm có 02 người, chức danh chuyên môn là thẩm tra viên theo dõi một lĩnh vực quá rộng lớn từ khâu ra các loại quyết định như ra quyết định thi hành án, ủy thác thi hành án; hoãn, tạm đình chỉ, đình chỉ thi hành án; đến xét miễn, giảm thời hạn chấp hành án phạt tù; xóa án tích, đặc xá, hiện nay thêm thẩm quyền tha tù trước thời hạn có điều kiện theo quy định của Bộ luật hình sự, Bộ luật tố tụng hình sự mới và theo dõi, kiểm tra chuyên môn công tác thi hành án của 07 Toà án cấp huyện nên không thể bao quát hết được.
Ở Tòa án nhân dân cấp huyện chưa có biên chế chuyên trách thực hiện công tác thi hành án hình sự; việc theo dõi công tác thi hành án hình sự ở Tòa án nhân dân cấp huyện đang bố trí thư ký hoặc thẩm tra viên kiêm nhiệm
không có chuyên trách, không được đào tạo chuyên về thi hành án hình sự, không được bồi dưỡng kiến thức thường xuyên và thường không ổn định. Trong khi đó, khối lượng công việc rất lớn vì hầu hết các bản án, quyết định của Toà án đã có hiệu lực pháp luật đều phải ra quyết định thi hành. Một người bị kết án có thể phải ra rất nhiều quyết định: Quyết định thi hành án phạt tù, quyết định hoãn hoặc quyết định tạm đình chỉ hoặc quyết định miễn chấp hành hình phạt tù…, kèm theo là nhiều loại công văn, giấy tờ khác và cuối cùng là xoá án tích, cho nên còn gặp rất nhiều khó khăn, chất lượng, hiệu quả chưa cao; bên cạnh đó đặc thù của các huyện miền núi là địa bàn rộng, địa hình chia cắt, đi lại khó khăn, trình độ dân trí không đồng đều, nhận thức pháp luật của một bộ phận nhân dân còn hạn chế.
Việc đưa bản án ra thi hành thường bị chậm trễ ở khâu thủ tục giấy tờ hành chính, thiếu sự phối hợp nhịp nhàng, đồng bộ giữa Tòa án và cơ quan thi hành án. Còn chậm trong việc tổng hợp hình phạt cho người bị kết án có nhiều bản án đã có hiệu lực pháp luật; có những trường hợp hết thời gian hoãn thi hành án nhưng Toà án chậm xét đơn hoãn thi hành án phạt tù và ra quyết định hoãn thi hành án chậm chưa kể nhiều bản án, quyết định thi hành án hình sự có sai sót cần phải đính chính.
Đây là nguyên nhân chính để tình trạng còn nhiều bị án có án phạt tù vẫn đang còn ở ngoài xã hội, tạo ra mối nghi ngờ của nhân dân về tính công bằng và nghiêm minh của pháp luật, đồng thời tạo ra sự đe dọa mất an ninh và trật tự xã hội.
Trong thực tiễn công tác thi hành án hình sự hiện nay, việc đưa ra thi hành án và tổ chức thi hành các bản án, quyết định của Toà án có lúc, có nơi còn chưa kịp thời, do các bản án, quyết định của Tòa án cấp phúc thẩm hoặc quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm thường gửi muộn, không đáp ứng đúng quy định của pháp luật.
Từ những sự chậm trễ trong việc gửi bản án, quyết định có hiệu lực pháp luật đã làm ảnh hưởng trực tiếp đến việc ra quyết định thi hành án hình
sự của Toà án cấp sơ thẩm. Nếu đúng quy định của pháp luật thì từ khi bản án, quyết định của Toà án cấp phúc thẩm tuyên án hoặc ra quyết định thì chậm nhất là trong 32 ngày (25 ngày giao bản án, quyết định và 7 ngày ra quyết định thi hành án); 17 ngày (10 ngày giao quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm và 7 ngày ra quyết định thi hành án) thì các bản án, quyết định phúc thẩm, giám đốc thẩm, tái thẩm phải được đưa ra thi hành. Trong thực tiễn, thời hạn trên không thực hiện được vì các lý do chậm trễ nên có thể Toà án cấp sơ thẩm ra quyết định thi hành án đúng với thời hạn 07 ngày kể từ ngày nhận được bản án, quyết định phúc thẩm, giám thốc thẩm, nhưng lại không đúng với thời hạn nêu trên. Trong trường hợp kéo dài thời hạn ra quyết định thi hành án, dù bất cứ lý do nào thì đó cũng là lỗi của Toà án và người bị kết án sẽ phải chịu thiệt thòi về “khoảng trống” mà chưa có quyết định thi hành án. Khi chưa có quyết định thi hành án thì người bị kết án chưa được chuyển sang trại cải tạo, trại giam và chưa được tham gia lao động, học tập để được tính thời hạn giảm án theo quy định. Thực tế mấy năm qua Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang thường nhận được các bản án, quyết định phúc thẩm của Toà án nhân dân cấp phúc thẩm bị muộn so với quy định, có những bản án, quyết định phúc thẩm một tháng hoặc hơn một tháng sau mới nhận được, gây nên tình trạng qua thời hạn pháp luật quy định mà chưa ra quyết định thi hành án hình sự.
Ví dụ: Trường hợp Quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm số 231/QĐ- PT ngày 30/7/2014 của Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao đình chỉ xét xử phúc thẩm đối với bị cáo Ma Văn Tình, phạm tội Giết người, theo quy định chậm nhất ngày 25/8/2014 Tòa án nhân dân tối cao phải gửi Quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm cho Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang đã xử sơ thẩm, tuy nhiên đến ngày 25/9/2014 Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang mới nhận được Quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm để ra quyết định thi hành án hình sự, như vậy so với thời hạn luật quy định thì Tòa án đã ra quyết định
Và trường hợp Bản án phúc thẩm số 307/HSPT ngày 25/5/2017 của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm y án 18 tháng tù đối với bị cáo Nguyễn Thanh Dậu, phạm tội: Tàng trữ, mua bán trái phép vật liệu nổ. Nhưng đến ngày 08/08/2017 Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang mới nhận được bản án phúc thẩm để ra quyết định thi hành án.
Hiện nay, đội ngũ cán bộ làm công tác thi hành án hình sự tại Tòa án chưa đáp ứng hết yêu cầu nhiệm vụ công tác này. Mặt khác nhận thức về tầm quan trọng của hoạt động thi hành án hình sự vẫn chưa được coi trọng, nên chưa được đầu tư đúng mức về con người cũng như cơ sở, vật chất.
Theo quy định của pháp luật hiện hành thì về cơ bản, tất cả các bản án sau khi có hiệu lực pháp luật đều được Toà án ra quyết định thi hành án và giao cho các cơ quan có thẩm quyền tổ chức thi hành. Nhưng tuỳ từng loại hình phạt mà việc tổ chức thi hành án hình sự lại được giao cho rất nhiều cơ quan thi hành. Như vậy, một bản án, quyết định hình sự có thể có nhiều cơ quan thi hành, mỗi cơ quan được giao trách nhiệm thi hành một phần trong quyết định của bản án. Điều này đã làm cho công tác thi hành án hình sự bị cắt khúc và gián đoạn, dẫn đến công tác quản lý nhà nước về thi hành án hình sự không chặt chẽ. Ví dụ: Toà án thì ra các quyết định, cơ quan Công an thi hành phần hình phạt tù, tử hình; Uỷ ban nhân dân, cơ quan, tổ chức thực hiện việc quản lý, giám sát, giáo dục đối với người bị kết án không phải là phạt tù giam; cơ quan thi hành án dân sự thi hành phần dân sự… Ngay trong một cơ quan thì việc thi hành án hình sự cũng được giao cho nhiều bộ phận khác nhau. Ví dụ: Bộ công an giao cho lực lượng cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tư pháp thi hành hình phạt tử hình, Cục C10 (trại giam) và Trại tạm giam thi hành hình phạt tù; Cục quản lý xuất nhập cảnh, thi hành hình phạt trục xuất… Việc giao cho quá nhiều cơ quan thi hành một bản án, quyết định hình sự, gây khó khăn trong việc quản lý, theo dõi người chấp hành án.
với Tòa án nhân dân; Uỷ ban nhân dân các cấp thường chỉ bố trí một cán bộ tư pháp kiêm nhiệm nhiều công tác, chưa được tập huấn, đào tạo chuyên môn để phối hợp với công an trong việc lập hồ sơ quản lý người đang chấp hành án tại địa phương.
2.3. Thực trạng về vai trò của Tòa án nhân dân trong công tác thi hành án hình sự ở Tuyên Quang