Bên cạnh những kết quả đạt được trên đây, cơ chế quản lý tài sản công tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bắc Ninh vẫn còn những hạn chế chưa đáp ứng kịp yêu cầu đổi mới về quản lý tài sản công, đó là:
Một là, các nguồn kinh phí để thực hiện đầu tư xây dựng, trang cấp tài sản cũng như các phương thức trang cấp tài sản còn hạn hẹp chưa tạo điều kiện thuận lợi cho việc phát triển tài sản công.Trong bối cảnh hiện nay, hệ thống bệnh viện công đang đứng trước những yêu cầu đổi mới sâu sắc, việc đẩy mạnh công cuộc đổi mới về mặt tổ chức, quản lý đối với khu vực nhà nước trong đó có các đơn vị hành chính sự nghiệp (HCSN) và các tổ chức cung ứng dịch vụ công là một nội dung quan trọng trong quá trình xây dựng và phát triển nền kinh tế thị trường định hướng XHCN và hội nhập quốc tế. Định hướng xã hội hóa với mục tiêu giảm bớt phụ thuộc của các cơ sở cung cấp dịch vụ y tế vào ngân sách nhà nước và chính sách đổi mới chung theo hướng tăng cường tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị hành chính sự nghiệp (HCSN), Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bắc Ninh cũng không ngoại lệ. Việc triển khai thực hiện tự chủ tại bệnh viện đã mang lại một số kết quả nhất định, tuy nhiên cũng nảy sinh một số mặt hạn chế, bất cập và tác động không mong muốn liên quan đến vấn đề quản lý bệnh viện nói chung, quản lý tài chính bệnh viện nói riêng. Việc quản lý tài chính bệnh viện vừa phải đảm bảo các mục tiêu về tài chính, nhưng cũng phải đảm bảo tính hiệu quả, công bằng trong chăm sóc sức khoẻ. Chính vì vậy, quản lý tài chính bệnh viện trở
thành chìa khoá quyết định sự thành công hay thất bại trong việc quản lý bệnh viện; quyết định sự tụt hậu cũng như phát triển của một bệnh viện. Nguồn ngân sách đầu tư vào bênh viện sẽ giảm đi dẫn tới việc nguồn kinh phí thực hiện đầu tư vào TSC từ NSNN cũng sẽ giảm theo và để đáp ứng được nhu cầu về nguốn vốn Bệnh viện phải có các chính sách quản lý tài chính cũng như huy động nguồn vốn khác bên ngoài.
Hai là, tuy việc mua sắm tài sản diễn ra đúng trình tự và quy định của pháp luật nhưng thủ tục hành chính vẫn còn rườm rà, chồng chéo, chưa đơn giản thuận tiện cho việc thực hiện xây dựng, mua sắm, điều chuyển tài sản. Quá trình thực hiện mua sắm tập trung, đơn vị trực tiếp sử dụng tài sản và các nhà thầu còn lúng túng, đặc biệt là khâu đăng ký nhu cầu, tổng hợp nhu cầu mua sắm. Việc gửi nhu cầu chậm và chất lượng của số liệu chưa đồng bộ trong quá trình tổng hợp nhu cầu mua sắm dẫn tới triển khai xây dựng và trình danh mục MSTT chậm, ảnh hưởng dây chuyền tới việc lập kế hoạch lựa chọn nhà thầu và các bước lựa chọn nhà thầu. Ngoài ra, tình trạng chậm và khó khăn trong phối hợp giữa đơn vị mua sắm, nhà thầu và đơn vị sử dụng dẫn tới nhiều bất cập trong công tác bàn giao, nghiệm thu, giải ngân. Có đơn vị gửi chậm, gửi lắt nhắt, lại thường xuyên có điều chỉnh nhu cầu mua sắm dẫn tới phát sinh nhiều vất vả cho đơn vị tổ chức MSTT.
Ba là, khâu quy hoạch đầu tư xây dựng còn nhiều bất cập, gây ra việc sự mất hợp lí cũng như lãng phí trong đầu tư xây dưng công. Ví dụ như xây dựng khuôn viên của Bệnh viên, tỉ lệ diện tích đất sử dụng với diện tích đất trống còn chênh lệch khá lớn, như vây sẽ gây ra lãng phí các nguồn lực tài chính đầu tư.