Theo quy định, nguồn vốn hoạt động của NHCSXH bao gồm:
- Nguồn vốn cấp từ ngân sách nhà nuớc, vốn từ ngân sách địa phuơng ủy thác cho vay, vốn ODA đuợc Chính phủ giao.
- Vốn huy động, bao gồm:
+ Nhận tiền gửi có trả lãi của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nuớc. + Nhận 2% số du nguồn vốn huy động bằng đồng Việt Nam tại thời điểm ngày 31 tháng 12 năm truớc của các tổ chức tín dụng Nhà nuớc.
+ Nhận tiền gửi tự nguyện không lấy lãi của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nuớc.
+ Phát hành trái phiếu đuợc Chính phủ bảo lãnh, chứng chỉ tiền gửi và các giấy tờ có giá khác.
+ Huy động tiết kiệm của nguời nghèo.
- Vốn đi vay: vay các tổ chức tài chính, tín dụng trong và ngoài nuớc; Vay Tiết kiệm Buu điện, Bảo hiểm xã hội Việt Nam và Ngân hàng Nhà nuớc.
- Vốn đóng góp tự nguyện không hoàn trả của các cá nhân, các tổ chức kinh tế, tổ chức tài chính, tín dụng và các tổ chức chính trị - xã hội trong và ngoài nuớc.
- Vốn nhận uỷ thác cho vay uu đãi của chính quyền địa phuơng, các tổ chức kinh tế, chính trị - xã hội, các hiệp hội, các hội, các tổ chức phi Chính phủ, các cá nhân trong và ngoài nuớc.
Về cơ bản nguồn vốn của NHCSXH có khác biệt so với các NHTM do đặc thù về tổ chức hoạt động, cụ thể 02 khác biệt lớn sau:
- NHCSXH được huy động vốn của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước, tiếp nhận các nguồn vốn của Chính phủ, Ngân sách Nhà nước và Uỷ ban nhân dân các cấp để cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác vay vốn ưu đãi để sản xuất, kinh doanh, tạo việc làm, cải thiện đời sống; góp phần thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia xoá đói giảm nghèo, ổn định xã hội.
- Các tổ chức tín dụng Nhà nước có trách nhiệm duy trì số dư tiền gửi tại Ngân hàng Chính sách xã hội bằng 2% số dư nguồn vốn huy động bằng đồng Việt Nam tại thời điểm ngày 31 tháng 12 năm trước. Tiền gửi của các tổ chức tín dụng Nhà nước tại Ngân hàng Chính sách xã hội được trả lãi bằng lãi suất tính trên cơ sở bình quân lãi suất huy động các nguồn vốn hàng năm của tổ chức tín dụng cộng (+) phí huy động hợp lý do hai bên thỏa thuận.