Môi trường kiểm soát còn nhiều yếu tố không thuận lợi cho công tác kiểm soát nội bộ. Sự phân cấp, phân quyền giữa Hội đồng quản trị và tổng giám đốc, giữa các giám đốc ban ở hội sở chính với giám đốc các đơn vị thành viên chưa rõ ràng, chưa gắn với trách nhiệm cụ thể. Sự chồng chéo trong điều hành và tác nghiệp giữa các bộ phận vẫn diễn ra thường xuyên. Vì vậy trong nhiều trường hợp quyền hạn đó phân cấp không được sử dụng hết hoặc bị lạm dụng. Hơn nữa, sự hạn chế về nguồn nhân lực và tài chính đã hạn chế nhiều đến chức năng của Ban kiểm soát nội bộ, chức năng của ban này chỉ mới dừng lại ở việc kiểm tra, đánh giá các báo cáo tài chính cuối kỳ và xử lý các vấn đề đã phát sinh.
Phòng/ban kiểm tra nội bộ trực thuộc Ban điều hành/tổng giám đốc được tổ chức thống nhất từ hội sở chính đến các đơn vị thành viên. Tuy vậy tính độc lập của bộ phận này không cao, chưa đạt được mục tiêu đảm bảo an toàn trong hoạt động của ngân hàng. Dan đến nguy cơ rủi ro kiểm soát - tức là báo cáo kiểm toán hoặc không đủ, không đúng, không kịp thời hoặc không đưa ra được các biện pháp ngăn chặn và giải quyết phù hợp.
Mặt khác, bộ phận này cũng bị hạn chế về thông tin nhất định. Các phát hiện của bộ phận kiểm tra nội bộ thường bị chậm hoặc thiếu tính thuyết phục và không có tác dụng ngăn chặn kịp thời.
Phạm vi hoạt động của phòng/ban kiểm tra nội bộ mới chỉ dừng lại ở việc kiểm tra tính tuân thủ, chưa kiểm tra, giám sát theo hướng dự báo xu hướng phát triển hoặc đánh giá mức độ rủi ro/chất lượng hoạt động của từng bộ phận. Thông thường, hệ thống kiểm tra nội bộ trực thuộc chi nhánh chưa phát huy được hiệu quả hoạt động.