BIDV Đông Đô thực hiện điều hành theo chế độ một thủ trưởng và đảm bảo nguyên tắc tập trung dân chủ. Đứng đầu chi nhánh là giám đốc thực hiện quản lý và quyết định những vấn đề về nhân sự trong bộ máy theo phân công ủy quyền của NH Đầu tư và phát triển Việt Nam.
Chi nhánh có Giám đốc và 04 Phó Giám đốc trong đó Giám đốc phụ trách chung, các Phó Giám đốc chỉ đạo điều hành các hoạt động theo sự phân công ủy quyền của Giám đốc. Để triển khai các mặt hoạt động nghiệp vụ, mô hình tổ chức của chi nhánh được phân chia thành các phòng chức năng riêng do một Trưởng phòng điều hành và một Phó trưởng phòng giúp việc, chịu
trách nhiệm trước Trưởng phòng về nhiệm vụ được giao. Qua hơn 14 năm phát triển, từ chỗ chỉ có 6 phòng nghiệp vụ với 43 cán bộ nhân viên, đến nay Chi nhánh đã có 12 phòng nghiệp vụ với gần 170 cán bộ. Để khai thác tiềm lực của đội ngũ cán bộ viên chức, đơn vị đã tập trung sắp xếp, bố trí cán bộ theo phương châm: Phân công công việc phù hợp với trình độ nghiệp vụ và khả năng đáp ứng của từng người, bên cạnh đó là phát động các phong trào thi đua và coi đó như một công cụ điều hành hữu hiệu.
Chức năng chung của các phòng, tất cả các phòng đều có chung 5 chức năng sau:
Thứ nhất, các phòng đều có chung chức năng là đề xuất, tham mưu giúp Giám đốc chi nhánh xây dựng kế hoạch, chương trình công tác đồng thời tìm các giải pháp triển khai nhiệm vụ thuộc chức năng được giao, các văn bản hướng dẫn thuộc lĩnh vực nghiệp vụ được giao.
Thứ hai, các phòng chủ động tổ chức thực hiện các nhiệm vụ được giao, trực tiếp thực hiện, xử lý, tác nghiệp các nghiệp vụ thuộc lĩnh vực được giao theo đúng quy chế, thẩm quyền, quy trình nghiệp vụ góp phần hoàn thành nhiệm vụ kinh doanh của toàn Chi nhánh. Các phòng phải chịu hoàn toàn trách nhiệm về tính đúng đắn, chính xác, trung thực và đảm bảo tính an toàn, hiệu quả trong phạm vi nghiệp vụ của các phòng được giao.
Thứ ba, các phòng tổ chức lưu trữ hồ sơ, quản lý thông tin, tổng hợp và lập các báo cáo trong phạm vi nhiệm vụ, nghiệp vụ của phòng để phục vụ công tác quản trị điều hành của Chi nhánh.
Thứ tư, thường xuyên cải tiến phương pháp làm việc, rèn luyện, đào tạo cán bộ về năng lực, chuyên môn, đạo đức nghề nghiệp nhằm nâng cao chất lượng phục vụ khách hàng, tăng cường khả năng cạnh tranh trên thị trường, giữ uy tín, hình ảnh, ấn tượng tốt đẹp về Chi nhánh. Nghiên cứu, đề xuất ứng dụng công nghệ thông tin vào nghiệp vụ mà phòng được giao quản lý.
Cuối cùng, phối hợp chặt chẽ với các đơn vị khác trong Chi nhánh theo qui trình nghiệp vụ. Bên cạnh đó, luôn có ý thức xây dựng tập thể đoàn kết, vững mạnh, tích cực tham gia các phong trào thi đua. Thực hiện tốt công tác đào tạo cán bộ để góp phần phát triển nguồn nhân lực của Chi nhánh.