Sản xuất nông nghiệp phải được tiến hành trên đất và phụ thuộc vào các điều kiện tự nhiên như thời tiết, khí hậu, thủy văn.
- Đất là tài nguyên vô cùng quý giá và là tư liệu sản xuất không thể thay thế của ngành nông nghiệp. Tài nguyên đất ở nước ta khá đa dạng với 14 nhóm đất khác nhau, trong đó có hai nhóm đất chiếm diện tích lớn nhất là đất feralit và đất phù sa. Việc sử dụng hợp lý và có hiệu quả tài nguyên đất là rất quan trọng đối với phát triển kinh tế nông nghiệp ở nước ta, đặc biệt là đối với diện tích đất bị nhiễm mặn, nhiễm phèn, xói mòn, bạc màu ảnh hưởng xấu đến sản xuất nông nghiệp và cần được cải tạo.
- Các nguồn lực tự nhiên như nguồn nước, khí hậu.., có ảnh hưởng mạnh tới hướng phát triển ngành nông lâm thủy sản ở từng vùng, tiểu vùng địa lý. Điều kiện tự nhiên khác nhau giữa các vùng, tiểu vùng đã tạo ra lợi thế so sánh và sức cạnh tranh riêng của ngành nông nghiệp ở từng vùng, tiểu vùng và là căn cứ quan trọng để xây dựng quy hoạch phát triển kinh tế vùng về ngành nông nghiệp.
- Việt Nam là quốc gia có sự đa dạng cao về điều kiện tự nhiên giữa các vùng, vì vậy đã tạo ra tính đa dạng của các loại sản phẩm nông, lâm, thủy sản. 7 vùng kinh tế sinh thái từ Bắc xuống Nam là: Trung du Miền núi phía Bắc; Đồng bằng Sông hồng; Bắc trung bộ; Nam trung bộ; Tây Nguyên; Đông Nam Bộ và Đồng bằng Sông Cửu Long có điều kiện tự nhiên về đất đai, khí hậu rất khác nhau nên đã tạo ra các lợi thế và bất lợi thế ở từng vùng trong phát triển sản xuất nông, lâm, thủy sản, hình thành nhân tố tự nhiên, ảnh hưởng mạnh tới định hướng phát triển và cơ cấu sản phẩm của ngành nông nghiệp ở các vùng, tạo nên tính đa dạng về sản phẩm và sự khác biệt về cơ cấu ngành nông nghiệp theo vùng sinh thái.
- Dưới tác động của nhu cầu thị trường trong và ngoài nước về hàng hóa nông sản trong những năm vừa qua, ngành nông nghiệp Việt Nam định ra được lợi thế riêng cho từng vùng và đã phát triển các sản phẩm cụ thể ở từng vùng, tạo nên cơ cấu sản phẩm của từng vùng phù hợp với thị trường, khai thác có hiệu quả đất đai, nguồn nước và các nguồn lực khác ở từng vùng sinh thái nông nghiệp.
- Tuy nhiên phải thấy rằng, nhân tố nguồn lực tự nhiên không tự tạo ra ảnh hưởng tích cực hay tiêu cực tới phát triển nông nghiệp và tạo dựng cơ cấu ngành nông nghiệp ở
từng vùng, mà chính con người thông qua nhận thức của mình về những điểm mạnh, điểm yếu của nguồn lực tự nhiên ở từng vùng mà quyết định phát triển hướng ngành nông nghiệp cho phù hợp. Như vậy, nhận thức đúng của con người về nguồn lực tự nhiên và quyết định phát triển nông nghiệp theo hướng nào cho phù hợp chính là nhân tố ảnh hưởng trực tiếp tới phát triển nông nghiệp.
- Để nhận thức đúng về nguồn lực tự nhiên, ngày nay Việt Nam vẫn tiếp tục phải nghiên cứu, tìm hiểu và đánh giá để đưa ra định hướng phát triển nông nghiệp hợp lý nhất so với nhu cầu thị trường tiêu thụ sản phẩm làm ra.