Mặc dù sau hơn mười năm thực hiện chế độ tự chủ, bước đầu đã đạt được một số kết quả đáng khích lệ. Tuy nhiện, bên cạnh đó cũng bộ lộ một số tồn tại, hạn chế cần được nghiên cứu khắc phục:
Thứ nhất, tốc độ tăng trưởng của thu nhập tăng thêm không đồng đều qua các
năm, thời gian gần đây có xu hướng giảm chậm lại do kinh phí tiết tiệm được theo dự toán đầu năm phải sử dụng cho một số nhiệm vụ phát sinh.
Thứ hai, ngoài chi thu nhập tăng thêm, khen thưởng thường xuyên, chi phú lợi
và trích lập Quỹ dự phòng ổn định thu nhập, phần còn lại chưa thực hiện chi một số khoản khác theo quy định của cơ chế tự chủ (chi khen thưởng đột xuất; chi trợ cấp khó khăn đột xuất cho công chức và người lao động...); phần kinh phí tiết kiệm còn lại chuyển năm sau chủ yếu chi cho đầu tư trang thiết bị, mua sắm tài sản nên phần nào giảm tính phấn đấu tiết kiệm.
Thứ ba, việc phân chia thu nhập tăng thêm chỉ dựa vào hệ số lương và phụ cấp
chức vụ mà chưa căn cứ vào thành tích đóng góp trong việc nâng cao hiệu suất công tác với chi phí thấp nhất phần nào làm giảm hiệu quả của công tác tiết kiệm chi. Mặt khác, do quy định của ngành hiện nay chỉ khống chế mức chi thu nhập tăng thêm tối đa là 03 tháng lương cơ bản (không tính phụ cấp ưu đãi nghề, cơ chế ưu tiên của KTNN...) chưa phù hợp với quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ (tối đa không quá 1,0 lần so với mức tiền lương cấp bậc, chức vụ do nhà nước quy định; tức là 12 tháng lương cơ bản) đã làm cho tinh thần phấn đấu tiết kiệm chưa hết mình, làm sao chỉ cần đủ 03 tháng lương là được.
Thứ tư, văn phòng phẩm giao cho Văn phòng tập trung mua sắm, sau đó cấp lại
cho các phòng theo định mức; điều này chưa phù hợp với đặc thù của ngành KTNN là thường xuyên đi công tác xa trụ sở cơ quan, có đợt thời gian kéo dài đến 90 ngày. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ như vậy, nếu thiếu văn phòng phẩm thì hầu hết các đoàn kiểm toán tự trang bị vì chi phí về cơ quan lấy văn phòng phẩm có khi lớn hơn, mất thời gian hơn.
Thứ năm, việc bố trí phương tiện cho các KTV trong quá trình thực hiện kiểm toán chưa thực sự đầy đủ, trong trường hợp cơ quan không bố trí được xe thì các tổ kiểm toán, đoàn kiểm toán phải nhờ đến sự giúp đỡ của đơn vị được kiểm toán hoặc thuê xe taxi mà chưa thực hiện khoán chi phí đi lại. Do vậy phần nào làm tăng thêm khó khăn cho các KTV và giảm tính chủ động, độc lập trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.
Thứ sáu, một số khoản mục chi đã thực hiện khoán gọn như văn phòng phẩm,
tiền thuê phòng nghỉ nhưng vẫn yêu cầu phải có hoá đơn tài chính dẫn tới khó khăn trong công tác quyết toán, gây tâm lý ngại thực hiện theo mức khoán, muốn cơ quan tự liên hệ và thuê cho mình. Điều này cũng phát sinh thêm chi phí đi lại, tìm kiếm và ký kết hợp đồng nhà nghỉ của đội ngũ công chức làm công tác văn phòng. Cũng vì lý do tiết kiệm chi phí thuê phòng trọ nên có một số trường hợp các tổ kiểm toán phải nghỉ tại các nhà khách, phòng trọ không đủ tiêu chuẩn, độ ồn ào vào các giờ nghỉ trưa, nghỉ đêm rất cao, giá cả ăn uống cao nên ảnh hưởng phần nào đến sức khoẻ các KTV.
Thứ bảy, chưa có cơ chế hỗ trợ hoặc khoán tiền điện thoại cho các kiểm toán viên
(chỉ mới đến cán bộ chủ chốt của cơ quan, lãnh đạo đoàn và các tổ trưởng của đoàn kiểm toán) chưa phù hợp với đặc thù của đơn vị là thường xuyên đi công tác xa trụ sở cơ quan. Do vậy, phần lớn các cá nhân vẫn tự chịu trách nhiệm, đây là gánh nặng tương đối lớn do nhu cầu liên lạc trong quá trình thực hiện nhiệm vụ là rất nhiều.
Thứ tám, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ kiểm toán, để đảm bảo hoàn thành
nhiệm vụ kiểm toán được giao đúng thời hạn và có hiệu quả, đa số các KTV phải làm việc thêm giờ vào ban đêm. Nhưng do cơ chế, thủ tục thanh toán tiền thêm giờ còn chưa hợp lý nên các KTV hầu như không thanh toán. Do vậy cũng cần phải nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cho hợp lý và trách phiền hà trong thủ tục thanh toán, tạo điều kiện cho các KTV bù đắp được phần nào hao phí sức lao động bỏ ra trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.
Thứ chín, công tác giám sát hoạt động chi tiêu của đơn vị của Thanh tra nhân
động thường xuyên không có mặt ở cơ quan nên việc thông báo kết quả thực hiện tiết kiệm chi chưa được kiểm soát.