Khi nợ quá hạn HSX phát sinh, Ngân hàng cần tiến hành phân loại để xác định mức độ rủi ro của các khoản nợ, xác định có khả năng thu hồi, khó thu hồi hoặc không thể thu hồi để đua ra kế hoạch xử lý phù hợp. Đối với các khoản nợ có khả năng thu hồi, ngân hàng gặp gỡ khách hàng để tìm kiếm giải pháp xử lý khoản nợ. Với những khoản nợ không có khả năng thu hồi, ngân hàng tiến hành thực hiện việc xử lý tài sản thế chấp. Hầu hết tài sản thế cấp là quyền sử dụng đất và nhà ở, chuồng trại, máy moc... Việc xử lý những tài sản này về lý thuyết là đảm bảo đuợc cho khoản vay, tuy nhiên trong thực tế thì lại hết sức khó khăn vì liên quan đến nhiều cơ quan và chịu sự điều hành của nhiều văn bản pháp luật. Hơn nữa, ngân hàng còn vấp phải những vấn đề liên quan đến tình cảm xã hội, tâm lý nguời ở nông thôn rất ngại mua tài sản của những nguời không quen biết, nguời không may bị thua lỗ nay mang tiếng phá sản. Để tháo gỡ khó khăn này, ngân hàng thuờng động viên gia đình có nợ khó đòi tự nguyện bán tài sản để trả nợ, đồng thời tìm kiếm sự hỗ trợ của chính quyền địa phuơng nơi nguời vay cu trú để phối hợp thu hồi nợ.
Thực tế là hiệu quả thu hồi nợ từ các hồ sơ khởi kiện ra tòa án rất thấp. Sau khi bản án có hiệu lực, nguời vay không tự nguyện thi hành án, cơ quan thi hành án thực thi kém hiệu quả. Hiện nay Chi nhánh Agribank Sơn Tây còn tồn đọng nhiều tài sản do khách hàng thế chấp chua đuợc xử lý do các bản án chua đuợc các bên liên quan thi hành.