Trong thời gian qua, cùng với sự lớn mạnh của Công ty và mở rộng nhiều lĩnh vực hoạt động kinh doanh, ban quản trị Công ty không ngừng nghiên cứu để đổi mới cơ cấu tổ chức sao cho phù hợp với tình hình phát triển kinh doanh của công ty trong từng thời kỳ nhất định để bắt nhịp với sự phát triển của nền kinh tế. Hiện tại, cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý của Công ty như sau:
Nguồn: Công ty Cổ Phần Hàng Hải MACS
Qua sơ đồ bộ máy tổ chức của Công ty Hàng Hải MACS ta thấy cơ cấu được tổ chức theo mô hình chức năng - cấp dưới chịu sự quản lý trực tiếp của cấp trên. Nhìn chung cơ cấu tổ chức của công ty hợp lý, khá khoa học, có sự tách biệt rõ ràng giữa các bộ phận phòng ban, quyền hạn và trách nhiệm của mỗi bộ phận cũng như mỗi thành viên được phân chia rõ ràng, không chồng chéo. Điều này làm cho người lao động thấy rõ được vị trí của mình, hiểu rõ chức trách nhiệm vụ, công việc của mình, từ đó họ sẽ chủ động thực hiện công việc, nhiệm vụ nhanh chóng, giải quyết công việc được thuận lợi, tiết kiệm thời gian, và giúp các thành viên trong tổ chức tương tác với nhau thuận lợi hơn, do đó hiệu quả công việc cao hơn, nên đã góp phần tạo ra động lực cho người lao động..
Qua sơ đồ cơ cấu tổ chức ta thấy trong công ty bao gồm :
+ Hội đồng quản trị : Quyết định phê duyệt các chiến lược và đề ra chiến lược kinh doanh đầu tư hàng năm của công ty; thông qua các cuộc họp cổ đông để giải quyết các đề xuất cũng như kiến nghị từ các cổ đông và ban Giám đốc về tình hình hoạt động kinh doanh đầu tư của công ty; Tổ chức các cuộc họp cổ đông hàng năm để báo cáo tình hình tài chính, và đề ra định hướng tiếp theo.
+ Ban Giám Đốc : điều hành các hoạt động kinh doanh, đầu tư của công ty. Bên cạnh đó, còn đóng vai trò là chất xúc tác, là nhân tố tích cực trong công tác khích lệ, động viên nhân viên.
+ Phòng kế toán : Quản lý, kiểm tra, hướng dẫn và thực hiện chế độ kế toán - thống kê; Quản lý tài chính, tài sản; Đáp ứng nhu cầu về tài chính cho mọi hoạt động kinh doanh của Công ty theo kế hoạch; Bảo toàn và phát triển vốn của Công ty và các cổ đông.
+ Phòng đại lý: Thực hiện các công việc về việc kinh doanh và khai thác tàu hàng, tàu rời, tàu khách.
+ Phòng logistics: Thực việc công việc khai báo dịch vụ hải quan và làm kế hoạch cho phòng giao nhận vận chuyển thực hiện.
+ Phòng giao nhận vận chuyển: Thực hiện kế hoạch vận chuyển, điều phối các hoạt động giao nhận từ các phòng ban.
+ Phòng hành chính quản trị: Tham mưu cho Ban Giám Đốc về công tác quy hoạch xây dựng tổng thể, hành chính và quản trị.Thực hiện kế hoạch chiến lược, kế hoạch hàng năm của các phòng ban; giúp Ban Giám Đốc quản lý cơ sở vật chất, vật tư, trang thiết bị, các hoạt động hành chính văn thư, lưu trữ, lễ tân, công tác đảm bảo an ninh, trật tự, công tác in ấn, điều phối phương tiện công tác, các hoạt động phục vụ và dịch vụ thuộc trách nhiệm và thẩm quyền.
+ Phòng PanOcean: Làm văn phòng đại diện cho Tổng công ty ở Việt Nam khai thác các hàng cho tàu.