Là một chương trình nhãn sinh thái lâu đời và đã trải qua nhiều sửa đổi, EU Ecolabel đã và đang thể hiện một số hạn chế trong sự tồn tại của nó.
Hạn chế đầu tiên là về sản phẩm được đăng ký tham gia chương trình. Trong những năm đầu tiên, EU Ecolabel chỉ quan tâm đến các sản phẩm hữu hình là hàng hóa được sản xuất bởi các nhà máy. Trong những năm tiếp theo, EU Ecolabel đã đưa danh mục các dịch vụ vào việc lựa chọn sản phẩm và xây dựng tiêu chí cấp
nhãn. Hiện nay, chương trình loại trừ thực phẩm chế biến và thuốc khỏi phạm vi lựa chọn sản phẩm do những đặc tính khác biệt của các loại sản phẩm này.
Hạn chế tiếp theo của EU Ecolabel là việc chương trình là chương trình chung của toàn khối EU, song song với chương trình nhãn sinh thái riêng của các quốc gia trong khối. Việc này, trong thời gian đầu, gây ra khó khăn cho các nhà sản xuất khi không biết phải lựa chọn chương trình nào cho sản phẩm của mình. Bằng nỗ lực của EC, EU Ecolabel đã trở thành chương trình được toàn khối ưu tiên áp dụng khi đứng trong tương quan với các chương trình nhãn sinh thái quốc gia. Đồng thời, thể hiện được vai trò của chương trình đối với toàn khối và quốc tế.
Hạn chế thứ ba của chương trình là vấn đề về chi phí chương trình do từng CB quy định. Mức phí này là khác nhau, và có những sự chênh lệch rõ ràng trong mức phí. Lấy ví dụ, phí đăng ký tại Bỉ là 2.000 EURO trong khi tại Italia là 1.200 EURO và tại Ireland là 220 EURO. Sự chênh lệch về chi phí này có thể khuyến khích các nhà sản xuất chuyển đơn về các quốc gia có lệ phí thấp hơn trong trường hợp phí di chuyển là không đáng kể. Vấn đề lệ phí chênh lệch là kết quả của việc EU Ecolabel hoạt động dựa trên các CB đặt tại nước thành viên, và mỗi thành viên có một giá trị tiền tệ hay kinh tế là khác nhau. Vấn đề này gần như là không thể khắc phục được.
Hạn chế thứ tư của EU Ecolabel là việc EU sử dụng tiêu chuẩn này như một rào cản trong thương mại quốc tế đối với các sản phẩm hàng dệt may dù giữa Việt Nam và EU đã có FTA. Theo đó, hàng dệt may của Việt Nam nhập khẩu vào EU phải tuân thủ các quy định bắt buộc về nhãn mác bao gồm: xuất xứ, tỷ lệ xơ sợi, hướng dẫn giặt là, EU Eco-label (Đỗ Việt Tùng, 2017). Điều này thể hiện mục đích không chính thức của nhãn sinh thái EU Ecolabel khi nó được đưa ra làm tiêu chuẩn hưởng ưu đãi thuế quan trong hiệp định thương mại tự do.