Hiện chưa có quy định cụ thể về phương thức thanh toán trong giao dịch quyền sử dụng đất nói chung và trong chuyển nhượng quyền sử dụng đất của tổ chức kinh tế nói riêng. Việc thanh toán do các bên thỏa thuận và chủ yếu là trực tiếp bằng tiền mặt giữa các bên. Một số tổ chức kinh tế hiện nay, cụ thể là các doanh nghiệp đầu tư xây dựng nhà ở đế bán thường thỏa thuận với bên nhận chuyển nhượng việc lựa chọn phương thức thanh toán bằng tiền mặt hoặc bằng chuyển khoản qua ngân hàng. Tuy nhiên, việc thanh toán không bằng tiền mặt qua ngân hàng chưa thực sự trở thành thói quen của các bên tham gia giao dịch. Điều này là một trong những nguyên nhân làm giảm tính minh bạch trong thị trường quyền sử dụng đất nói riêng và thị trường bất động sản nói chung bởi Nhà nước không kiểm soát được giá cả bất động sản và có thể thất thu thuế, cũng như khó ngăn chặn hiện tượng rửa tiền trong kinh doanh bất động sản.
Trong dự thảo Luật Kinh doanh bất động sản sửa đổi tháng 5/2014, việc thanh toán vẫn quy định theo hướng cho phép các bên lựa chọn giữa thanh toán thông qua ngân hàng hoặc thanh toán trực tiếp97. Quy định này có thể sẽ được tiếp tục thảo luận. Tuy nhiên, theo tác giả, có thể chấp nhận việc lựa chọn phương thức thanh toán bằng tiền mặt hoặc không bằng tiền mặt qua ngân hàng trong giao dịch quyền sử dụng đất giữa hộ gia đình, cá nhân với nhau. Nhưng trong trường hợp tổ chức kinh tế chuyển nhượng quyền sử dụng đất và nhận thanh toán thì pháp luật nên quy định bắt buộc thực hiện theo phương thức thanh toán không bằng tiền mặt qua ngân hàng, nhằm góp phần minh bạch hóa thị trường bất động sản.