Tuy đã có sự đầu tư và chú trọng đến các yếu tố của chuỗi, nhưng chuỗi cung ứng thủy hải sản đông lạnh của Công ty vẫn tồn tại không ít vấn đề sau:
- Về lập kế hoạch: Chưa có kế hoạch dài hạn nên chưa chủ động theo đuổi chiến lược tồn kho.
- Về tìm nguồn cung cấp: Chưa chủ động được hoạt động thu mua nguyên liệu đầu vào về số lượng, chủng loại, kích cỡ. Thời gian lưu kho cao làm chi phí tăng, chất lượng nguyên liệu thủy hải sản ít nhiều cũng bị ảnh hưởng. Khả năng kiểm soát, liên kết chia sẻ thông tin với các thành phần trong chuỗi cung ứng chưa cao. Đặc biệt là mối quan hệ khai thác vẫn thấp. Đây là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến tình trạng bị động trong quá trình thu mua nguyên liệu thủy hải sản. Sự hạn chế về liên kết với hộ khai thác, chủ vựa sẽ giảm thiểu khả năng gom nguồn nguyên liệu khi nhu cầu sản xuất có sự biến động cao. Ảnh hưởng xấu đến khả năng đáp ứng nhu cầu khách hàng.
- Về sản xuất: Trong hoạt động sản xuất, công ty chưa biết tận dụng nguồn phế liệu một cách hiệu quả, tạo ra sự gia tăng doanh thu cho công ty.
- Kênh phân phối, chính sách marketing còn nhiều hạn chế. Hoạt động marketing chưa được đầu tư, hiệu quả chưa cao. Đầu ra của chuỗi cung ứng thủy hải sản đông lạnh tập trung qua 1 kênh phân phối là XK trực tiếp cho khách hàng và cung ứng trực tiếp cho khách hàng trong nước. Sự hạn chế về đối tượng khách hàng và kênh phân phối sẽ giảm khả năng hoạt động kinh doanh, cũng như doanh thu bán hàng của Công ty. Công ty chưa xây dựng riêng cho mình trang web của công ty để thuận tiện hơn trong việc giới thiệu về sản phẩm của công ty.
- Về thu hồi: Công ty chưa xây dựng được quy trình thu hồi sản phẩm bị lỗi, hỏng, giảm sút giá trị và các biện pháp cụ thể để xử lý trong các trường hợp này.
- Tỷ lệ giao hàng chậm vẫn khá cao và có xu hướng gia tăng qua các năm. Tỷ lệ sản phẩm bị hỏng, giảm chất lượng khi vận chuyển đến khách hàng (%) có xu hướng giảm nhưng vẫn còn khá cao. Mẫu mã sản phẩm chưa được khách hàng đánh giá cao. Chu kỳ kinh doanh có xu hướng gia tăng qua các năm.