Bộ máy tại chi cục hải quan gồm cơ cấu bộ máy và nguồn nhân lực:
-Cơ cấu bộ máy gồm có: Chi cục trưởng, Các phó Chi cục trưởng phụ trách các mảng công tác, cụ thể: 01 Phó chi cục trưởng phụ trách Đội Tổng hợp; 01 Phó chi cục trưởng phụ trách Đội Nghiệp vụ hải quan; 01 Phó chi cục trưởng phụ trách Tổ kiểm soát chống buôn lậu.
Đồng chí chi cục trưởng phụ trách chung, chịu trách nhiệm toàn bộ mọi mặt hoạt động của đơn vị.
Đồng chí Phó chi cục trưởng phụ trách và chịu trách nhiệm về từng mảng việc theo phân công nhiệm vụ. Cụ thể:
Đội nghiệp vụ sẽ do 01 đồng chí Phó chi cục trưởng phụ trách phụ trách trực tiếp đồng chí Đội trưởng Đội nghiệp vụ và chịu trách nhiệm về toàn bộ mọi mặt hoạt động của Đội nghiệp vụ. Đồng chí đội trưởng đội nghiệp vụ phụ trách 3 đồng chí phó đội trưởng đội nghiệp vụ được giao nhiệm vụ phụ trách từng bộ phận cụ thể.
Đội Nghiệp vụ hải quan được chia thành 3 bộ phận: Bộ phận tiếp nhận đăng ký tờ khai hải quan; Bộ phận giám sát; Bộ phận kiểm tra thực tế hàng hóa. Mỗi bộ
phận do 1 đồng chí phó đội trưởng trực tiếp phụ trách và chịu trách nhiệm trước đội trưởng và lãnh đạo chi cục về mảng việc được phân công.
Công tác giám sát hàng hoá xuất nhập khẩu được giao cho bộ phận giám sát thực hiện. Bộ phận giám sát tại các Chi cục thường được chia thành 3 nhóm như sau:
a. Văn phòng bộ phận giám sát, công chức giám sát do lãnh đạo Chi cục phân công (gọi tắt là Văn phòng giám sát) thực hiện các nhiệm vụ:
- Thanh khoản hồ sơ giám sát đối với từng lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào, đưa ra khu vực cửa khẩu.
- Tiếp nhận, khai thác xử lý thông tin từ hệ thống quản lý rủi ro và các thông tin cảnh báo (nếu có); Quản lý trung tâm điều hành việc giám sát bằng camera đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào, đưa ra khu vực cửa khẩu.
- Tổng hợp lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào, đưa ra khu vực cửa khẩu (nội dung tổng hợp bao gồm: lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tồn, thời gian tồn tại khu vực cửa khẩu).
- Thực hiện các nhiệm vụ khác có liên quan đến công tác giám sát hải quan (đối với hàng chuyển cửa khẩu, quá cảnh, tạm nhập tái xuất, phương tiện xuất nhập cảnh...) khi được lãnh đạo Chi cục Hải quan phân công.
b. Bộ phận giám sát cổng khu vực cửa khẩu.
Bộ phận này thường được chia thành bộ phận nhỏ: cổng tiếp giáp biên giới được gọi là cổng 1, cổng tiếp giáp nội địa được gọi là cổng 2.
c. Bộ phận giám sát cơ động (do Chi cục trưởng bố trí lực lượng theo đặc điểm từng cửa khẩu). Bộ phận này có các nhiệm vụ:
- Tuần tra các khu vực thuộc địa bàn giám sát hải quan.
- Kịp thời ngăn chặn các hành vi vi phạm hành chính về hải quan xảy ra trong địa bàn giám sát, báo cáo lãnh đạo chi cục xử lý theo quy định.
- Trực tiếp giám sát đối với lô hàng trọng điểm, phương tiện trọng điểm, khu vực trọng điểm. Việc xác định lô hàng, phương tiện, khu vực trọng điểm và phân công công tác cho bộ phận giám sát cơ động do Chi cục trưởng chi cục hải quan cửa
khẩu quyết định.
- Thực hiện các nhiệm vụ khác liên quan đến công tác giám sát hải quan khi được lãnh đạo chi cục hải quan phân công.