Theo Luật doanh nghiệp năm 2014 [106], tổ chức bộ máy quản lý của DNNN cũng như các loại hình doanh nghiệp, như sau:
Đối với công ty TNHH một thành viên
- Trường hợp CSH công ty ủy quyền cho ít nhất hai người làm đại diện thì mô hình tổ chức quản lý công ty bao gồm: HĐTV (Chủ tịch HĐTV); Giám đốc hoặc Tổng giám đốc và Kiểm soát viên. Trong đó: HĐTV bao gồm tất cả những người đại diện theo ủy quyền. Hội đồng thành viên nhân danh CSH công ty thực hiện các quyền và nghĩa vụ của CSH. Chủ tịch HĐTV do CSH công ty chỉ định. Hội đồng thành viên hoạt động (họp, chế độ làm việc, cơ chế thông qua quyết định...) theo Điều lệ công ty. Giám đốc (Tổng giám đốc) do HĐTV thuê hoặc bổ nhiệm không quá 5 năm, thực hiện hoạt động điều hành kinh doanh của công ty. Kiểm soát viên do CSH bổ nhiệm 1- 3 Kiểm soát viên, nhiệm kỳ không quá 3 năm. Kiểm soát viên thực hiện chức năng giám sát hoạt động điều hành kinh doanh của HĐTV, Giám đốc (Tổng giám đốc) (tính trung thực, hiệu quả điều hành...).
- Trường hợp CSH công ty ủy quyền cho một người làm đại diện thì mô hình tổ chức quản lý công ty bao gồm: Chủ tịch công ty; Giám đốc hoặc Tổng giám đốc; Kiểm soát viên. Như vậy, người đại diện theo ủy quyền sẽ giữ chức danh Chủ tịch công ty. Chủ tịch công ty nhân danh CSH thực hiện các quyền và nghĩa vụ của CSH công ty. Quyền và nghĩa vụ đó thực hiện theo Điều lệ công ty và pháp luật có liên quan. Giám đốc (Tổng giám đốc) do chủ tịch công ty thuê hoặc bổ nhiệm, nhiệm kỳ không quá 5 năm. Quyền hạn và nhiệm vụ của Giám đốc (Tổng giám đốc) được quy định tại Luật doanh nghiệp 2014 và Điều lệ công ty. Kiểm soát viên do Chủ tịch công ty bổ nhiệm (1-3 người), nhiệm kỳ không quá 3 năm. Kiểm soát viên thực hiện chức năng giám sát hoạt động điều hành kinh doanh của Chủ tịch công ty, Giám đốc (Tổng giám đốc), tính trung thực, hiệu quả điều hành, kiến nghị của Chủ tịch công ty...
Đối với Công ty TNHH hai thành viên trở lên
Mô hình tổ chức quản lý công ty TNHH hai thành viên trở lên như sau: HĐTV (Chủ tịch công ty); Giám đốc hoặc Tổng giám đốc và Ban Kiểm soát.
Trong đó, HĐTV gồm tất cả các thành viên, là cơ quan có quyết định cao nhất trong công ty. Hội đồng thành viên hoạt động không thường xuyên, thực hiện chức năng thông qua cuộc họp và ra quyết định các vấn đề quan trọng của công
ty, trên cơ sở biểu quyết của các thành viên tại cuộc họp. Chủ tịch HĐTV do HĐTV bầu, có thể kiêm Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Chủ tịch HĐTV thực hiện quyền và nghĩa vụ theo Luật doanh nghiệp và Điều lệ công ty. Giám đốc hoặc Tổng giám đốc là người điều hành hoạt động kinh doanh hàng ngày của công ty, chịu trách nhiệm trước HĐTV về việc thực hiện các quyền và nghĩa vụ của mình. Ban Kiểm soát hoạt động theo Điều lệ công ty (quyền, nghĩa vụ, tiêu chuẩn, chế độ làm việc...).
Đối với công ty cổ phần, quy định về cơ cấu tổ chức quản lý công ty cổ phần như sau: 1. Công ty cổ phần có quyền lựa chọn tổ chức quản lý và hoạt động theo một trong hai mô hình sau đây, trừ trường hợp pháp luật về chứng khoán có quy định khác: a) Đại hội đồng cổ đông, HĐQT, Ban kiểm soát và Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Trường hợp công ty cổ phần có dưới 11 cổ đông và các cổ đông là tổ chức sở hữu dưới 50% tổng số cổ phần của công ty thì không bắt buộc phải có Ban kiểm soát;
b) Đại hội đồng cổ đông, HĐQT và Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Trường hợp này ít nhất 20% số thành viên HĐQT phải là thành viên độc lập và có Ban kiểm toán nội bộ trực thuộc HĐQT. Các thành viên độc lập thực hiện chức năng giám sát và tổ chức thực hiện kiểm soát đối với việc quản lý điều hành công ty.
Nghị định số 69/2014/NĐ-CP, ngày 15/7/2014 của Chính phủ quy định về việc thành lập, tổ chức lại, chấm dứt hoạt động dưới hình thức tập đoàn kinh tế nhà nước, tổng công ty nhà nước; tổ chức, hoạt động, quản lý, điều hành trong tập đoàn kinh tế, tổng công ty; quản lý, giám sát của CSH nhà nước đối với tập đoàn kinh tế, tổng công ty. Tập đoàn kinh tế là nhóm công ty, gồm công ty mẹ, các doanh nghiệp thành viên và công ty liên kết; đáp ứng điều kiện: có ngành, lĩnh vực kinh doanh chính thuộc ngành, lĩnh vực sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ đặc biệt quan trọng trong bảo đảm an ninh quốc gia về kinh tế; tạo nền tảng về hạ tầng kinh tế quốc gia; tạo động lực nâng cao khả năng cạnh tranh của các doanh nghiệp và toàn bộ nền kinh tế. Thủ tướng Chính phủ quy định các ngành, lĩnh vực kinh doanh được xem xét thành lập tập đoàn kinh tế trong từng thời kỳ. Chủ sở hữu nhà nước thực hiện quản lý đối với tập đoàn kinh tế, tổng công ty thông qua công ty mẹ trong tập đoàn kinh tế, tổng công ty thông qua việc ban hành các quyết định, phân công, phân cấp, ủy quyền ban hành các quyết định và kiểm tra, thực
hiện các quyết định của CSH tại công ty mẹ trong tập đoàn kinh tế, tổng công ty theo quy định tại Nghị định số 99/2012/NĐ-CP ngày 15/11/2012 của Chính phủ về phân công, phân cấp thực hiện các quyền, trách nhiệm và nghĩa vụ của CSH nhà nước đối với DNNN và vốn nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp.
Theo khoản 2, Điều 7, Nghị định số 99/2012/NĐ-CP, Chính phủ thực hiện quyền, trách nhiệm trong việc ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của 14 tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước. Đến tháng 4/2016, Chính phủ đã ban hành toàn bộ Điều lệ tổ chức và hoạt động của các tập đoàn kinh tế và các tổng công ty nhà nước, gồm: Tập đoàn Dệt may (Nghị định số 118/2013/NĐ-CP, ngày 09/10/2013); Tập đoàn Dầu khí (Nghị định số 149/2013/NĐ-CP, ngày 31/10/2013); Tập đoàn Điện lực (Nghị định số 205/2013/NĐ-CP, ngày 06/12/2013); Tập đoàn Công nghiệp Cao su (Nghị định số 28/2014/NĐ-CP, ngày 10/4/2014); Tập đoàn Công nghiệp Than- Khoáng sản (Nghị định số 212/2013/NĐ-CP, ngày 19/12/2013); Tập đoàn Hóa chất (Nghị định số 190/2013/NĐ-CP, ngày 21/11/2013); Tập đoàn Viễn thông quân đội (Nghị định số 101/2014/NĐ-CP, ngày 07/11/2014); Tổng Công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước (Nghị định số 57/2014/NĐ-CP, ngày 16/6/2014); Tổng Công ty Hàng không (Nghị định số 183/2013/NĐ-CP, ngày 15/11/2013); Tổng Công ty Hàng hải (Nghị định số 184/2013/NĐ-CP, ngày 15/11/2013); Tổng Công ty Đường sắt (Nghị định số 175/2013/NĐ-CP, ngày 13/11/2013); Tổng Công ty Lương thực miền Bắc (Nghị định số 12/2014/NĐ-CP, ngày 25/02/2014); Tổng Công ty Lương thực miền Nam (Nghị định số 10/2014/NĐ-CP, ngày 13/02/2014); Tập đoàn Bưu chính- Viễn thông Việt Nam (nghị định số 25/2016/NĐ-CP, ngày 06/4/2016).
Tổ chức đảng trong khu vực DNNN
Tổ chức đảng trong các DNNN bao gồm đảng bộ, các đảng bộ và chi bộ cơ sở, trực thuộc... Tổ chức đảng trong các tập đoàn kinh tế, tổng công ty trực thuộc Đảng uỷ Khối doanh nghiệp Trung ương; trực thuộc tỉnh uỷ, thành uỷ hoặc đảng uỷ khối doanh nghiệp tỉnh uỷ, thành uỷ được tổ chức theo 2 mô hình: Đảng bộ toàn tập đoàn kinh tế, tổng công ty và Đảng bộ công ty mẹ của tập đoàn kinh tế, tổng công ty. Đối với các tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước chưa hoạt động theo mô hình công ty mẹ- công ty con thì tổ chức đảng bộ cơ quan tập đoàn kinh
tế, tổng công ty. Sau khi doanh nghiệp hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con thì tổ chức lại theo mô hình đảng bộ công ty mẹ.
Ở các tập đoàn, tổng công ty ở khối Trung ương, đảng bộ thuộc Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương, các thành viên HĐQT/HĐTV hầu hết được cơ cấu trong ban thường vụ đảng ủy tập đoàn, tổng công ty, trong đó Chủ tịch HĐQT/HĐTV hoặc Tổng Giám đốc là Bí thư Đảng ủy, cùng tập thể ban thường vụ đảng ủy tham mưu Đảng bộ lãnh đạo nhiệm vụ sản xuất, kinh doanh, an ninh, quốc phòng; công tác tư tưởng; công tác tổ chức, cán bộ và lãnh đạo các đoàn thể chính trị - xã hội.
Nhìn chung, Đảng bộ, chi bộ cơ sở trong DNNN là hạt nhân chính trị, lãnh đạo doanh nghiệp thực hiện đường lối, chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ chính trị; không ngừng nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của người lao động, thực hiện tốt nghĩa vụ đối với Nhà nước; xây dựng đảng bộ, chi bộ trong sạch, vững mạnh, góp phần phát huy vai trò chủ đạo của kinh tế nhà nước trong nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và xây dựng giai cấp công nhân vững mạnh.
Tuy nhiên, tại nhiều đơn vị vai trò tổ chức đảng bị mờ nhạt. Đối với doanh nghiệp Nhà nước không nắm cổ phần chi phối, thì hoạt động của tổ chức đảng phụ thuộc nhiều vào ý chí của người quản lý và mục tiêu lợi nhuận của doanh nghiệp. Mô hình tổ chức đảng trong các tập đoàn kinh tế, tổng công ty, công ty nhà nước quy định không thống nhất. Chưa quy định rõ quyền hạn, trách nhiệm của tổ chức đảng, nhất là trong công tác cán bộ. Công tác phối hợp lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị và công tác cán bộ giữa cấp ủy, tổ chức đảng trong các tập đoàn, tổng công ty nhà nước và cấp ủy địa phương có lúc, có nơi chưa hiệu quả. Kết quả công tác kiểm tra của Đảng tại các DNNN còn hạn chế; trong không ít vụ việc, việc nắm tình hình, phát hiện dấu hiệu vi phạm để đề xuất kiểm tra còn chậm. Nhiều dấu hiệu vi phạm của tổ chức đảng và đảng viên tại DNNN được phát hiện chủ yếu qua đơn thư tố cáo giấu tên, mạo tên, tố giác của quần chúng và các phương tiện thông tin đại chúng, số lượng các cuộc kiểm tra khi có dấu hiệu
vi phạm tại các DNNN còn ít; thậm chí còn một số nơi chưa tiến hành kiểm tra khi đã có dấu hiệu vi phạm, nên còn nhiều vi phạm của DNNN bị bỏ sót hoặc
chưa được phát hiện kịp thời, nhất là trong các lĩnh vực tài chính, ngân hàng, xây dựng, đầu tư, quản lý và sử dụng đất đai, tài nguyên, khoáng sản...