Mặc dù trong hai năm gần đây, hầu hết các phờng ở Hà Nội đều có số thu vợt dự toán rất nhiều, nguồn thu NSP đợc hởng 100% tăng cao, nhng trên thực tế số thu về phí vẫn còn thất thoát, cha thu đủ, kịp thời, nh phờng Trung Hoà có một số thu từ phí và lệ phí giảm trong 2 năm gần đây, năm 2004 là 35,8 triệu đồng, đến năm 2005 chỉ còn 17,4 triệu đồng... Theo quy định của UBND thành phố Hà Nội, NSP đợc hởng 100% các khoản phí và lệ phí nh phí chợ, lệ phí hộ tịch, lệ phí xác nhận hồ sơ (phí chứng th), nhng, số thu từ lệ phí tăng không đáng kể, chiếm khoảng 4% tổng thu NSP hởng sau điều tiết, vì đây là những nguồn thu theo quy định, cụ thể và ổn định hàng năm. Điều này đòi hỏi chính quyền phờng phải tăng cờng hơn nữa công tác quản lý thu phí và lệ phí, có biện pháp nâng cao tinh thần trách nhiệm của cán bộ thu. Nhìn chung, các phờng trên địa bàn Thủ đô đều có tiềm năng thu phong phú nhng việc tổ chức khai thác nguồn thu còn nhiều hạn chế. Nhiều phờng cha quan tâm, chú trọng đúng mức đến việc đầu t, nuôi dỡng nguồn thu, còn thả nổi công tác quản lý đất đai, tài nguyên, bến bãi, chợ để một số tổ chức, cá nhân chiếm dụng, khai thác tự do, sử dụng lãng phí, vừa không đảm bảo đợc nguồn thu ngân sách, vừa gây thắc mắc, khiếu kiện trong nhân dân, nh phờng Kim
Giang, Hạ Đình. Công tác quản lý kinh tế của chính quyền phờng mà còn có những yếu kém nhất định trong việc phối hợp với các ngành chức năng trong việc kiểm tra, phát hiện, ngăn chặn các hoạt động sản xuất kinh doanh bất hợp pháp trên địa bàn.
Nguồn thu từ lệ phí trớc bạ nhà đất ở nhiều phờng đạt tỷ lệ thấp, nh Phờng Kim Giang chỉ đạt 30 triệu đồng/năm, vì vậy, vẫn còn nhiều hộ cha có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, đòi hỏi các phờng phải có những biện pháp hữu hiệu để tăng cờng quản lý khoản thu này. Trong khi đó, thuế chuyển quyền sử dụng đất là còn khoản gây thất thu lớn, do tình trạng nhiều cá nhân tự chuyển nhợng quyền sử dụng đất cho nhau, không qua chính quyền địa phơng vì thủ tục còn rờm rà, mức thu nộp cao (4% giá trị nhà, đất).