Hệ thống phân phối hàng hóa Nhật Bản có sự cấu kết chặt chẽ giữa các nhà sản xuất và các nhà phân phối theo vòng khép kín, nhất là những hệ thống cửa hàng chuyên môn hóa chỉ kinh doanh một loại hàng nhất định. Sự cấu kết này thể hiện như sau: các nhà sản xuất cung cấp vốn cho các nhà bán buôn và các nhà bán buôn lại cung cấp tài chính cho các nhà bán lẻ, thực hiện chế độ định giá bán lẻ, chiết khấu hoa hồng thường xuyên và rộng rãi, chế độ các nhà sản xuất sẵn sàng mua lại hàng hóa nếu không bán được và các nhà bán lẻ chỉ kinh doanh những mặt hàng đó do các nhà bán buôn và các nhà sản xuất giao. Điều này cũng có nghĩa là không khuyến khích các nhà bán lẻ bán các sản phẩm của các đối thủ cạnh tranh, hoặc có nghĩa là hạn chế bán sản phẩm cho các khách hàng ở nước ngoài ở địa bàn đã định.
Trong hệ thống phân phối của Nhật Bản còn tồn tại song song hệ thống nhập khẩu. Theo đó, bất cứ một công ty nào cũng có thể nhập khẩu bất cứ một sản phẩm nào từ nước ngoài song song với các tổng đại lý nhập khẩu. Tuy nhiên, dịch vụ chăm sóc khách hàng, bảo dưỡng, bảo hành của hệ thống nhập khẩu song song không tốt vì các tổng đại lý nhập khẩu từ chối chăm sóc các sản phẩm được nhập khẩu theo hệ thống nhập khẩu song song. Mặc dù hệ thống phân phối hàng hóa của Nhật Bản đã góp phần thúc đẩy tiêu thụ hàng hóa, tạo mối quan hệ kinh doanh lâu
dài và ổn định giữa các nhà sản xuất và tiêu thụ. Tuy nhiên, theo nhận định của Thương vụ Việt Nam tại Nhật Bản, hệ thống này cũng bộc lộ một số nhược điểm như: hệ thống phân phối hàng hóa khép kín qua nhiều tầng nấc làm cho giá hàng hóa tăng giá khi tới tay người tiêu dùng. Giá bán lẻ của Nhật Bản trung bình cao hơn ở Mỹ là 48%, ở Anh là 55%; không kích thích các cửa hàng bán lẻ nỗ lực cải tiến nâng cao hiệu quả kinh doanh, hạ giá sản phẩm; duy trì số lượng cửa hàng bán lẻ đông đảo không hiệu quả; không minh bạch về định giá sản phẩm; hạn chế sự thâm nhập thị trường Nhật Bản của các công ty nước ngoài.