Tuy kim ngạch xuất khẩu tăng đều qua các năm nhưng cho tới nay Việt nam vẫn là một bạn hàng nhỏ của Nhật. Tỷ trọng của Việt nam trong kim ngạch xuất khẩu của Trung Quốc là 12,4%, của Thái lan là 2,5%, của Malayxia là 2,8% và của Philippines cũng tới 1%. Với những thuận lợi về vị trí địa lý, về truyền thống giao lưu và về tính bổ sung lẫn nhau của cơ cấu hàng hóa xuất nhập khẩu giữa hai nước thì tỷ trọng nói trên là khá nhỏ bé so với tiềm năng. Sở dĩ có tình trạng này là do các nguyên nhân chủ yếu sau đây:
Một là, các doanh nghiệp Việt nam rất thiếu thông tin về thị trường Nhật. Chi phí khảo sát thị trường hết sức tốn kém đã cản trở việc tìm hiểu thị trường của các doanh nghiệp Việt nam, dẫn tới việc các doanh nghiệp Việt Nam không nắm bắt được nhu cầu hàng hóa, thị hiếu tiêu dùng cũng như những quy định về quản lý nhập khẩu của thị trường Nhật.
Hai là, nhiều mặt hàng của Việt nam (chủ yếu là nông sản, giày dép) khi nhập khẩu vào Nhật vẫn phải chịu mức thếu cao hơn mức thuế mà Nhật dành cho Trung Quốc và các nước ASEAN.
Ba là, sau thỏa ước Plaza 9/1985, đồng Yên đã tăng giá một cách nhanh chóng. Sự tăng giá của đồng Yên, và sau đó là sự sụp đỗ của kinh tế "bong bóng", đã buộc các công ty Nhật phải di chuyển sản xuất ra nước ngoài, đặc biệt là tới khu vực châu Á, để cắt giảm chi phí. Việt nam, do những hạn chế về cơ sở hạ tầng, về trình độ của lực lượng lao động và về phương thức quản lý trong thời kỳ 1985- 1990, đã không bắt kịp làn sóng này nên không thể đẩy nhanh kim ngạch xuất khẩu vào Nhật. Hiện nay các nước đang phát triển cung cấp tới hơn 50% lượng hàng nhập khẩu vào Nhật (riêng khu vực châu Á khoảng 36%), phần nhiều trong số này được sản xuất tại các nhà máy chuyển giao từ Nhật.
Bốn là, suy thoái kinh tế đã ảnh hưởng đến chi tiêu và đầu tư của người Nhật, đồng thời ảnh hưởng đến việc đẩy mạnh xuất khẩu của ta sang Nhật.