Lợi dụng sự thông thoáng của cơ chế thuế GTGT cũng như những qui định chưa chặt chẽ của bản thân luật, các đối tượng nộp thuế đã có những hành vi gian lận trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Điển hình là:
+ Khai khống hoá đơn đầu vào: Muốn xác định được số thuế đầu vào, luật thuế GTGT qui định doanh nghiệp phải có đầy đủ chứng từ, hoá đơn hợp lệ ghi rõ số thuế GTGT đã thanh toán được ghi trên hoá đơn mua hàng hoặc giá thanh toán của HH-DV mua vào. Lợi dụng qui định này, một số doanh nghiệp đã sử dụng hoá đơn thật để ghi “khống” các khoản thuế và chi phí HH-DV hợp lý để khấu trừ thuế đầu ra hoặc tăng chi phí nhằm trốn thuế, hoàn thuế. Như vậy, hoá đơn là có thật nhưng HH-DV thể hiện trên hoá đơn lại không có thật.
+ Không xuất hóa đơn đầu ra khi bán hàng làm giảm giá thanh toán đầu ra để trốn thuế hoặc hoãn thuế: Một công cụ để xác định số thuế GTGT là giá thanh toán (hoặc giá tính thuế) của HH-DV đầu ra. Giả định đầu vào không đổi, muốn giảm giá đầu ra bằng cách bán hàng không xuất hoá đơn rồi khai báo là hàng tồn kho để trốn thuế.
+ Ghi giá trong hoá đơn bán hàng thấp hơn giá thực tế để trốn thuế GTGT: Do người tiêu dùng trực tiếp không cần hoá đơn khi mua hàng nên một số doanh nghiệp đã lợi dụng, lấy hoá đơn này ghi khống giá bán thấp hơn giá thực tế để giảm giá thanh toán đầu ra (hoặc giá tính thuế) nhằm trốn thuế GTGT.
+ Gian lận trong việc xác định mức thuế suất đối với HH-DV chịu thuế GTGT: Việc qui định HH-DV chịu các mức thuế suất chưa cụ thể rõ ràng, tạo kẽ hở cho một số doanh nghiệp có sản phẩm phục vụ cho các lĩnh vực có thuế suất khác nhau có điều kiện “nhập nhằng” để trốn thuế thông qua gian lận thuế suất. Ví dụ: Quặng để sản xuất phân bón chịu thuế suất thấp là 5%, quặng phục vụ sản xuất công nghiệp chịu thuế suất 10%, sản
phẩm cơ khí phục vụ nông nghiệp thuế suất 5%, sản phẩm cơ khí phục vụ công nghiệp thuế suất 10%...