Luật thuế GTGT được Quốc hội khoá IX, kỳ họp thứ 11 thông qua ngày 10 tháng 5 năm 1997, được Chủ tịch nước ký sắc lệnh công bố vào ngày 22 tháng 5 năm 1997 và có hiệu lực thi hành vào ngày 1 tháng 1 năm 1999. Công tác triển khai thực hiện thuế GTGT gồm những công tác sau:
- Cấp mã số thuế: Căn cứ vào quyết định số 75/1998/QĐ-TTg ngày 1 tháng 4 năm 1998 của Thủ tướng Chính phủ qui định các tổ chức, cá nhân thuộc mọi thành phần kinh tế phải kê khai, đăng ký thuế để được cấp mã số xác định đối tượng nộp thuế. Ngay từ tháng 7 năm 1998, cơ quan thuế đã tổ chức cho các cơ sở kê khai, đăng ký cấp mã số thuế. Cuối quí I năm1999, cơ quan thuế đã cấp mã số thuế cho 985.194 cơ sở, trong đó có 489.517 cơ sở kinh doanh được phép thành lập và có đăng ký kinh doanh, số còn lại chưa có đăng ký kinh doanh những vẫn được cấp mã số thuế để quản lý thu thuế.
- Thực hiện chế độ hoá đơn chứng từ, sổ sách: Từ đầu tháng 12/1998, các cơ sở kinh doanh đã được mua hoá đơn mới để chuẩn bị cho việc
thực hiện thuế GTGT. Gần 700 cơ sở kinh doanh được phép tự in hoá đơn đặc thù của mình.
- Tổ chức tập huấn, đào tạo, bồi dưỡng cán bộ ngành thuế.
- Đổi mới qui trình thu thuế:
Trước đây, theo qui trình thu thuế cũ: cán bộ chuyên quản của phòng quản lý thu nhận tờ khai của các đối tượng nộp thuế (từ ngày 5 đến ngày 10 hàng tháng), kiểm tra tờ khai sau đó gửi phòng kế hoạch. Phòng kế hoạch ra thông báo nộp thuế chuyển cho cán bộ chuyên quản phòng quản lý thu. Phòng quản lý thu có trách nhiệm thông báo cho đối tượng nộp thuế trước ngày 15 hàng tháng. Định kỳ mỗi tháng một lần cán bộ chuyên quản xuống kiểm tra các đơn vị về tình hình kê khai và nộp thuế.
Như vậy, trước kia công tác quản lý thuế được thực hiện theo chế độ “chuyên quản”. Mỗi cán bộ thuế được phân công chuyên trách lâu dài một số cơ sở kinh doanh. Chế độ chuyên quản đã từng được đánh giá là công tác quản lý thường xuyên, cán bộ thuế có thể nắm chắc được tình hình sản xuất kinh doanh của các cơ sở thuộc địa bàn mình phụ trách để đảm bảo việc thu thuế ngày càng đúng, đủ, chính xác đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của từng cơ sở. Tuy nhiên trong cơ chế thị trường, qui trình quản lý như vậy đã bộc lộ nhiều nhược điểm. Khi lập tờ khai thuế, thông thường cán bộ trực tiếp quản lý thuế đến doanh nghiệp để tính, xác định số liệu và kê khai nộp thuế. Với cách làm đó chưa làm rõ được trách nhiệm của doanh nghiệp về tính chính xác qua các tài liệu mà họ kê khai. Có một số trường hợp cơ sở kinh doanh cho rằng cán bộ thuế đã nắm được tình hình nên họ không thực hiện đầy đủ các thủ tục kê khai hoặc kê khai không chính xác, gây nhiều khó khăn cho công tác tính và lập sổ thuế. Trong một số trường hợp, vì có quan hệ cá nhân, cán bộ thuế giải quyết công việc không theo các nguyên tắc đã được qui định, không đảm bảo tính đúng đắn và công bằng. Vì thế, chế độ quản lý thuế theo kiểu này đã
phát sinh tiêu cực, gây thất thu thuế nghiêm trọng, tạo sự nghi ngờ về tính đúng đắn của chính sách thuế trong nhân dân.
Từ những tồn tại của qui trình quản lý cũ, trong cải cách thuế bước 2, ngành thuế đã xây dựng qui trình quản lý thu thuế mới. Qui trình này gồm các bộ phận chính trực tiếp thực hiện việc thu của cơ quan thuế như: phòng quản lý thu, phòng máy tính và phòng thanh tra xử lý. Qui trình quản lý thu thuế được thực hiện trình tự theo các bước sau:
+ Đăng ký thuế và cấp mã số thuế + Xử lý tờ khai và chứng từ nộp thuế + Hoàn thuế
+ Miễn thuế, giảm thuế, tạm giảm thuế + Quyết toán thuế
+ Cưỡng chế thuế
+ Quản lý hồ sơ doanh nghiệp
Điểm đặc biệt của qui trình mới là việc chuyển sự quản lý các công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty tư nhân từ chi cục lên cục thuế.
Qui trình quản lý thuế mới đã nâng cao tính tự giác thực hiện nghĩa vụ thuế theo pháp luật của tất cả các đối tượng nộp thuế thông qua việc thực hiện phương pháp tự kiểm tra, tự tính thuế, tự khai và nộp thuế theo thông báo của cơ quan thuế. Cơ quan thuế thực hiện các chức năng hướng dẫn, giúp đỡ, quản lý kiểm tra và xử lý vi phạm theo đúng qui định; đồng thời thực hiện chức năng, quyền hạn của mình trong việc hành thu, xoá bỏ chế độ cán bộ thuế “chuyên quản”đối với đối tượng nộp thuế. Cán bộ thuế chỉ trực tiếp làm việc với doanh nghiệp khi có dấu hiệu gian lận thuế. Theo qui định mới, khi tiến hành kiểm tra thuế của doanh nghiệp, phải có từ hai cán bộ thuế trở lên. Việc cử cán bộ sẽ được cơ quan thuế chỉ định đảm bảo phù hợp về năng lực trình độ và kinh nghiệm đối với từng vụ việc; thường
xuyên thay đổi cán bộ kiểm tra đối với mỗi doanh nghiệp để đảm bảo tính khách quan, tránh việc cán bộ thuế bị mua chuộc và lợi dụng.
- Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra thuế để kịp thời phát hiện những hành vi gian lận, trốn thuế của đối tượng nộp thuế và việc chấp hành các qui định về quản lý thu và tính thuế của các bộ phận quản lý thu.
Nhìn lại thời gian 18 tháng chuẩn bị, hướng dẫn áp dụng thuế GTGT, ta thấy nổi lên một số bất cập sau:
- Các tầng lớp nhân dân và các doanh nghiệp tức là cả người chịu thuế và người nộp thuế - những nhân vật chính của sắc thuế vẫn chưa được chuẩn bị sẵn sàng để nhận thức và hiểu một cách rõ ràng về cơ chế vận hành của thuế GTGT. Các vấn đề lý thuyết không được giải thích một cách cặn kẽ; ví dụ như: khác với thuế doanh thu được “thu chìm” trong giá trước đây nên cả người bán và người mua đều không trực tiếp nhìn thấy mục thuế ghi trên hoá đơn bán hàng. Nay do có mục đó, lợi dụng điều này, nhiều người kinh doanh dễ dàng nâng giá bán mà không bị mang tiếng bởi “giá tăng do Nhà nước tăng thuế chứ không phải do cửa hàng…”. Và người mua cũng cảm thấy đúng như thế khi họ nhìn thấy trên hóa đơn ghi rõ ràng 2 yếu tố: giá gốc của HH-DV và số tiền thuế GTGT.
- Với 4 mức thuế suất là quá phức tạp và lạc hậu so với thế giới (xu hướng hiện nay là chỉ áp dụng 1 mức thuế suất duy nhất ngoài mức 0%), hơn nữa nhiều mức thuế suất dễ gây ra tình trạng nhập nhằng, tuỳ tiện khi thực hiện, tạo cơ hội trốn lậu thuế, tăng chi phí thanh tra, kiểm soát thuế.
- Công thức tính thuế dễ có sự hiểu lầm, dẫn đến vận dụng sai, gây tổn hại đến NSNN, tạo sự bất bình đẳng trong các doanh nghiệp. Thật ra, phương pháp trực tiếp không phải là phương pháp tính thuế và thu thuế trong thực tế. Đó chỉ là một cách tiếp cận khoa học trong nghiên cứu nhằm chỉ rõ đây là một loại thuế chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm mỗi khi có giá trị tăng
thêm xuất hiện trong quá trình luân chuyển HH-DV. Việc phân định “giá trị tăng thêm”, “giá trị đầu vào”, “giá trị đầu ra” xét dưới góc độ tính thuế, hạch toán thuế mang ý nghĩa thực tế rất thấp.
- Các văn bản qui định chi tiết thi hành và hướng dẫn thực hiện thuế GTGT chưa rõ ràng, chứa đựng nhiều điều bất hợp lý gây lúng túng cho cả người nộp thuế và cơ quan thuế khi áp dụng thuế GTGT.
- Đối với hàng hoá xuất khẩu chịu mức thuế suất 0%: chưa nhấn mạnh được rằng khi áp dụng thuế suất này, các nhà xuất khẩu chẳng những không phải nộp thuế GTGT đối với HH-DV do họ nhập khẩu mà còn được hoàn lại số thuế GTGT đã nộp ở khâu trước. Chưa đề cập đến “dịch vụ xuất khẩu”.
- Cán bộ ngành thuế - trọng tài của cuộc chơi không được tập huấn về thuế GTGT kịp thời, đến khi chuẩn bị áp dụng thuế GTGT vẫn còn nhiều người trong ngành thuế chưa nẵm vững các vấn đề lý thuyết và các vấn đề có tính chất nghiệp vụ cho việc áp dụng thuế GTGT.
Có thể kết luận rằng, công việc chuẩn bị triển khai thuế GTGT ở nước ta là chưa được chu đáo, điều này đã phần nào gây khó khăn cho thời gian đầu áp dụng thuế GTGT.