Xuất phát từ thực tiễn của các điều kiện KT-XH, cơ chế quản lý cũng như ý thức chấp hành pháp luật nên luật thuế GTGT xác định cơ chế thực hiện nghĩa vụ nộp thuế GTGT theo thông báo nộp thuế của cơ quan thuế. Thực tế thời gian qua cho thấy một số hạn chế của qui trình nộp thuế như sau.
+ Việc cơ quan thuế in và phát hành thông báo thuế khiến cho công tác thu thuế không được kịp thời, làm tăng khối lượng công việc rất lớn cho cơ quan thuế nhất là đến kỳ ra thông báo thuế và chưa nâng cao được ý thức tự giác về nghĩa vụ nộp thuế của các doanh nghiệp do việc phân định trách nhiệm giữa cơ quan thuế và doanh nghiệp chưa rõ ràng. Hầu hết các văn bản pháp luật về thuế hiện hành đều qui định các doanh nghiệp phải nộp thuế theo số thuế và thời hạn ghi trên thông báo thuế của cơ quan thuế mà không đưa ra yêu cầu các doanh nghiệp sau khi kê khai thì tự nộp đầy đủ số thuế đã kê khai vào KBNN trong thời hạn qui định của luật thuế. Điều đó tạo cho doanh nghiệp có tư tưởng ỷ lại trông chờ vào thông báo thuế, hoặc doanh nghiệp sẽ đổ lỗi cho cơ quan thuế gửi thông báo thuế chậm khi họ cố tình nộp thuế chậm. Thực
tế, thời điểm gửi thông báo thuế nhiều khi còn chậm so với thời hạn qui định của luật thuế nên có trường hợp doanh nghiệp phải đôn đốc cơ quan thuế gửi thông báo thuế, làm giảm đi tính chủ động tích cực của doanh nghiệp trong việc nộp thuế. Bên cạnh đó, việc in ấn, cập nhật và chỉnh sửa số liệu nhiều lần dẫn đến việc phát hành thông báo thuế tốn nhiều công sức, thời gian và chi phí, kém hiệu quả.
+ Thủ tục kê khai nộp thuế còn phức tạp, thiếu tính thống nhất giữa các sắc thuế, vừa gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc kê khai, nộp thuế vừa làm cho việc quản lý của cơ quan thuế phức tạp hơn. Hầu hết các sắc thuế đều cho phép doanh nghiệp được điều chỉnh, bổ sung số thuế kê khai sót vào lần kê khai sau đã tạo sơ hở để các doanh nghiệp lợi dụng kê khai thiếu mà không bị xử lý hành vi trốn lậu thuế.
+ Công tác thanh tra, kiểm tra còn bất cập cả về số lượng và chất lượng, hơn nữa vẫn chưa có qui trình phân loại kiểm tra một cách có hệ thống khoa học để phát hiện đối tượng trốn lậu thuế nên hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra chưa đáp ứng được cơ chế nộp thuế mới. Các mức qui định về việc xử phạt không cao, áp dụng chưa nghiêm minh nên hiệu quả của việc thực thi luật thuế cũng như xử phạt chưa cao.
+ Cơ quan thuế quản lý toàn bộ thông tin về số thuế mà doanh nghiệp phải nộp, trong khi Kho bạc Nhà nước quản lý thông tin về số thuế doanh nghiệp đã nộp, vì vậy để hệ thống quản lý thuế kịp thời cung cấp các thông tin về tình hình thu nộp và phát hiện những trường hợp khai sai thuế thì hai hệ thống thông tin này phải được kết nối và thường xuyên trao đổi thông tin với nhau. Thời gian qua, đã có sự phối hợp giữa hai cơ quan này, nhưng việc kết nối thông tin chưa được thực hiện, làm giảm hiệu quả của công tác quản lý thuế.