Các nước áp dụng thuế GTGT đều không thu thuế GTGT đối với một số HH-DV. Danh mục HH-DV thuộc diện này được qui định cụ thể phụ thuộc vào chính sách và điều kiện kinh tế, xã hội của từng nước. Hầu hết các nước đều hạn chế tối đa diện không chịu thuế.
Xuất phát từ chủ trương nhằm thực hiện ưu đãi về thuế, Luật thuế GTGT đã xác định diện miễn thuế GTGT rất rộng, nhưng trong quá trình áp dụng nhiều trường hợp lại có kết quả ngược lại với mục đích ban đầu. Sự ưu đãi này đã đưa đến nhiều bất ổn cho các doanh nghiệp do bắt nguồn từ cơ chế khấu trừ, đặc biệt trong trường hợp các ngành sử dụng nguyên vật liệu thuộc diện miễn trừ thuế GTGT để sản xuất ra các sản phẩm chịu thuế GTGT hoặc ngược lại.
Ví dụ:
- Sản xuất bột canh hoặc mỳ ăn liền đều phải sử dụng nguyên liệu muối, nhưng muối thuộc diện miễn trừ thuế GTGT nên không có thuế GTGT phát sinh khi mua muối làm nguyên liệu, trong khi đó sản phẩm tạo ra lại thuộc diện chịu thuế GTGT. Vì vậy khi bán những sản phẩm này doanh nghiệp phải lập hoá đơn, thu và nộp trọn vẹn số thuế GTGT phát sinh cho Nhà nước mà không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng (trong khi đó muối chiếm tới 80% giá thành sản xuất bột canh). Do doanh nghiệp không được hưởng lợi thế khấu trừ thuế nên khi áp dụng thuế GTGT sẽ phải tăng giá bán hoặc giảm giá mua nguyên liệu đầu vào để đảm bảo nghĩa vụ nộp thuế và mức lợi nhuận của doanh nghiệp. Nếu giá mua đầu vào (muối) bị giảm thì cũng có nghĩa là chính người được miễn thuế GTGT (người sản xuất muối) tưởng là được ưu đãi nhưng thực chất có khi còn bị thiệt thòi hơn trước.
- Tương tự, trường hợp ngành in báo, tạp chí, sách khoa học và những ấn phẩm thuộc diện miễn trừ thuế, khi bán hàng sẽ không phát sinh thuế GTGT, các doanh nghiệp không phải nộp thuế GTGT, nhưng khi mua nguyên vật liệu như giấy, điện, MM-TB... lại phải chịu thuế GTGT đầu vào 10%. Do không có thuế GTGT đầu ra để khấu trừ nên toàn bộ số thuế GTGT đã trả khi mua nguyên liệu, MM-TB sẽ phải tính cả vào giá thành sản phẩm, làm đội giá bán, gây khó khăn cho việc tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp
- Theo qui định tại khoản 3, 22 Điều 4 Luật thuế GTGT hiện nay thì: HH-DV ở khâu chịu thuế TTĐB (sản xuất và nhập khẩu; dịch vụ cung ứng cho các đối tượng tiêu dùng ngoài Việt Nam) thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Những tưởng rằng qui định này sẽ làm giảm gánh nặng thuế cho các doanh nghiệp sản xuất các mặt hàng chịu thuế TTĐB. Nhưng sự vận hành của cơ chế khấu trừ thuế GTGT đã cho thấy các doanh nghiệp này rơi vào tình trạng khốn đốn. Do không thuộc diện chịu thuế GTGT nên các doanh nghiệp sản xuất những mặt hàng chịu thuế TTĐB không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã thanh toán. Các doanh nghiệp lắp ráp ôtô, máy lạnh... có đầu vào chủ yếu là linh kiện nhập khẩu, vừa chịu thuế nhập khẩu, vừa chịu thêm thuế GTGT. Khi bán ra thị trường, sản phẩm loại này phải chịu thêm thuế TTĐB và “được miễn” thuế GTGT, nên không được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào, làm mất tính liên hoàn trong việc tính và khấu trừ thuế GTGT. Tình trạng “một cổ ba tròng” này đã làm tăng giá thành sản phẩm, hàng hoá khó tiêu thụ, kinh doanh sản xuất của các doanh nghiệp gặp khó khăn. Rõ ràng, ở đây sự thiếu công bằng bình đẳng trong việc xác định phạm vi mức độ nghĩa vụ thuế GTGT đã ẩn chứa ngay trong văn bản luật.
Khi những HH-DV đã chịu thuế TTĐB được đưa sang đối tượng chịu thêm thuế GTGT làm cho việc tính toán thuế GTGT không gặp phải vướng mắc về thuế đầu vào, thuế đầu ra, không cần phải có những qui định cụ thể ép buộc thiếu cơ sở khoa học..., sẽ thuận lợi hơn cho việc tính, khấu trừ và quản lý thuế GTGT.
Tuy nhiên, việc đưa HH-DV chịu thuế TTĐB sang diện đối tượng chịu thuế GTGT cũng sẽ nảy sinh một số bất cập nhỏ:
- Dễ nảy sinh tâm lý “Nhà nước tăng thuế” cho cả người nộp thuế và người chịu thuế đối với HH-DV trước đây chỉ nộp một loại thuế giờ phải nộp hai loại thuế nếu giá cả HH-DV tăng. Tâm lý này sẽ được giải toả nếu giá cả HH-DV không tăng, tức là tiền thuế trên một đơn vị hàng hoá không thay
đổi, Nhà nước không tăng thuế khi áp dụng song song hai loại thuế này ở cùng một khâu.
- Mục đích của việc áp dụng thuế GTGT là khắc phục tính trùng lắp của thuế doanh thu, nhưng trường hợp này khi áp dụng cả thuế TTĐB và thuế GTGT thì hiện tượng này lại xuất hiện?
Từ kinh nghiệm của các nước cho thấy, cách tốt nhất là áp dụng một mức thuế suất GTGT đối với HH-DV đã có thuế TTĐB, thuế TTĐB có thể được điều chỉnh để giữ cho mức giá sau khi áp dụng thuế GTGT tương đương với mức giá trước khi áp dụng. Cơ chế thuế TTĐB có thể được thay đổi để duy trì ổn định mức giá tương đương giữa các HH-DV. Điều này làm cho hệ thống thuế GTGT đảm bảo tính đơn giản, dễ hiểu, dễ thực hiện, chi phí quản lý hành chính thuế giảm.
Việc phân định đối tượng chịu thuế và không chịu thuế của luật thuế GTGT hiện hành chưa chính xác và chặt chẽ.
Ví dụ:
- “Sản phẩm muối” là mặt hàng được miễn thuế nhưng hiểu thế nào là sản phẩm muối? Sản phẩm muối là sản phẩm được tạo ra từ nước biển hay muối mỏ gồm muối hạt, muối tinh, muối i-ốt... hay sản phẩm muối là kết quả của hoạt động chế biến như cá muối, cà muối, dưa muối...
- Đối với các sản phẩm nông sản, nuôi trồng thuỷ sản nếu chỉ qua sơ chế thông thường do tổ chức, cá nhân tự sản xuất và bán ra mang tính chất tự sản, tự tiêu (không thuộc diện chịu thuế GTGT) được phân biệt cùng mặt hàng đó đã qua tay người kinh doanh (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) theo cách nào để tránh được thất thu hoặc lạm thu thuế GTGT.
- Thế nào là máy móc thiết bị chuyên dùng, cách xác định nó là thiết bị trong nước chưa sản xuất được theo nguyên tắc nào?
- Theo cách tính thuế doanh thu trước đây, ngành ăn uống được phân biệt theo cửa hàng bình dân (thuế suất 6%), cửa hàng cao cấp (thuế suất 10%).
Còn thuế GTGT chỉ có thuế suất 20% đối với “khách sạn, du lịch, ăn uống” nay được điều chỉnh thuế suất 10%. Vậy, các cửa hàng bình dân có phải chịu chung thuế suất với hoạt động ăn uống trong khách sạn, du lịch không? hay thuế suất này chỉ áp dụng đối với hoạt động ăn uống trong khách sạn, du lịch?
- Điều 4 khoản 12 Luật thuế GTGT qui định: phát sóng truyền thanh, truyền hình theo chương trình bằng nguồn vốn ngân sách cấp, không thuộc diện chịu thuế GTGT. Quảng cáo là hoạt động chịu thuế GTGT, vậy làm thế nào để quản lý được hoạt động phát sóng truyền thanh, truyền hình này nếu họ lồng ghép cả chương trình quảng cáo? Để tránh việc di chuyển doanh thu từ loại HH-DV chịu thuế sang loại không phải chịu thuế, Nhà nước cần phải có những biện pháp thích hợp, tuỳ theo đối tượng, để quản lý chặt chẽ và tránh thất thu thuế.