Việc áp dụng 2 cách tính thuế GTGT như hiện nay đang nảy sinh một số vấn đề sau: Có thể khẳng định ngay rằng việc tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (PP1) so với phương pháp trực tiếp (PP2) là có lợi, mang tính ưu đãi và khuyến khích cho người nộp thuế hơn. Nhưng trong một số trường hợp, người thực hiện đầy đủ chế độ chứng từ, hoá đơn và sổ sách kế toán lại phải nộp thuế cao hơn những người không thực hiện đầy đủ, điều này được chứng minh như sau (để đơn giản, giả sử không có hàng tồn kho)
Giả sử: T1: số thuế GTGT phải nộp theo PP1 T2: số thuế GTGT phải nộp theo PP2
⇒ So sánh PP1 và PP2 ta thấy:
* Nếu ∆t = 0: không có sự chênh lệch giữa thuế suất đầu ra và thuế suất đầu vào nên kết quả tính toán giữa hai phương pháp là như nhau. Trường hợp này thường xảy ra đối với các hoạt động thương mại, mua đi bán lại, không thay đổi tính năng hình dáng sản phẩm.
* Nếu ∆t < 0: Thuế suất đầu vào lớn hơn thuế suất đầu ra, doanh nghiệp được tính theo PP1 lợi hơn PP2, phù hợp với tinh thần của luật.
* Nếu ∆t > 0: doanh nghiệp được tính thuế theo PP2 lợi hơn PP1, đi ngược với tính thần của luật.
Từ công thức T1 = Σgiá mua (tr - tv) - ΣGTGT x tr có thể thấy rằng mức thuế GTGT của các doanh nghiệp phụ thuộc vào thuế suất đầu vào. Thuế suất đầu vào càng cao doanh nghiệp càng có lợi và ngược lại, điều này sẽ
PP1: T1 = Tr - Tv = (Gv x tr) - (Gr x tv) mà Gr = Gv + GTGT ⇒ T1 = Gv (tr - tv) + GTGT x tr đặt tr – tv = ∆t ⇒ T1 = Gv x ∆t + GTGT x tr PP2: T2 = GTGT x tr Ta có: Tv =Gv x tv ; Tr = Gr x tr
khiến các doanh nghiệp tìm nguồn vật tư, sản phẩm và dịch vụ thuộc ngành hàng mà Nhà nước không ưu tiên khuyến khích phát triển vì có thuế suất cao, như vậy những doanh nghiệp được Nhà nước ưu tiên có thuế suất thấp sẽ bị một rào cản vô hình về thuế trong khâu tiêu thụ sản phẩm. Trong chừng mực nào đó nó sẽ có tác động làm chệch hướng phát triển của nền kinh tế.
Trong thực tế, ta thấy rằng thuế suất GTGT phần nguyên liệu cho sản xuất thường thấp, trong khi đó thuế suất sản phẩm chế biến thường cao hơn. Vì vậy nhiều trường hợp ∆t > 0 và tính thuế theo PP2 có lợi cho doanh nghiệp hơn. Như vậy những doanh nghiệp không đảm bảo chế độ sổ sách có lợi hơn những doanh nghiệp chất hành tốt chính sách thuế.
Ví dụ: Một doanh nghiệp mua nguyên liệu để SX có giá trị là 50 triệu đồng, thuế suất đầu vào là 5%. Giá sản phẩm bán ra là 70 triệu đồng, thuế suất là 10%.
PP1: T1 = (70 x 10%) – (50 x 5% ) = 7 – 2,5 = 4,5 triệu đồng PP2: T2 = ((70 – 50) x 10% = 2 triệu đồng.
Rõ ràng doanh nghiệp tính theo PP2 lợi hơn doanh nghiệp tính theo PP1.
Ở đây, thuế GTGT đã không đảm bảo được nguyên tắc: dù tính thuế GTGT theo phương pháp nào thì các đối tượng có hoạt động kinh doanh giống nhau, áp dụng thuế suất giống nhau với mặt bằng giá như nhau thì phải nộp thuế như sau.
Hơn nữa, khi các doanh nghiệp thực hiện theo phương pháp khấu trừ cung ứng HH-DV cho các doanh nghiệp thực hiện tính thuế theo phương pháp trực tiếp thì những doanh nghiệp cung ứng này không được khấu trừ, trong khi trong giá trị hàng hoá đã có phần thuế GTGT nên lại làm nảy sinh hiện tượng thuế đánh chồng lên thuế. Ngược lại, khi các doanh nghiệp thực hiện tính thuế theo phương pháp trực tiếp có quan hệ giao dịch cung ứng HH- DV cho doanh nghiệp tính thuế theo phương pháp khấu trừ thì HH-DV đó không được khấu trừ thuế GTGT, thực chất doanh nghiệp nhận phải trả phần
thuế GTGT chìm trong giá bán mà doanh nghiệp trực tiếp đã nộp. Do vậy, hiện nay đang hình thành 2 xu hướng là một số đơn vị đang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ xin chuyển sang nộp thuế theo phương pháp trực tiếp và ngược lại tuỳ thuộc vào chiến lược khách hàng của họ. Hơn nữa trong thực tế, tính thuế theo phương pháp trực tiếp rất khó chính xác, vẫn chủ yếu tính theo phương pháp khoán (đối với hộ nhỏ) như thuế doanh thu trước đây. Chính điều này đã gây không ít lúng túng khó khăn cho doanh nghiệp Nhà nước khi họ phải cạnh tranh trực tiếp với các hộ buôn bán theo phương pháp trực tiếp.
Chúng ta biết rằng, sở dĩ có hai phương pháp tính thuế như hiện nay là xuất phát từ phạm vi của đối tượng nộp thuế GTGT. Qui định này xét ở một góc độ nào đó thì phù hợp với điều kiện thực tế của Việt Nam, song chưa thực sự đảm bảo sự bình đẳng giữa các đối tượng nộp thuế GTGT. Việc các đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, còn những đối tượng nộp thuế theo phương pháp trực tiếp thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã dẫn đến nhiều hậu quả phái sinh tiêu cực trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế GTGT.
Từ những phân tích trên, để tạo sự công bằng cho các đối tượng nộp thuế cũng như nâng cao hiệu quả của công tác thu và quản lý thuế GTGT, chỉ nên áp dụng một phương pháp thống nhất là phương pháp khấu trừ (PP1).