Theo qui định hiện hành, các loại hàng hoá nhập khẩu đều phải chịu thuế GTGT, giả sử vẫn với các tham số ở trên, chỉ thay đầu vào bằng mua hàng nhập khẩu, đầu ra bằng bán hàng nhập khẩu thì:
TvNK = (Gv + TNK) x tv
TrNK = Gr x tr = (Gv + TNK + Gt) x tr
Ta có: T = TrNK – TvNK = (Gv + TNK + Gt) x tr - (Gv + TNK) x tv = (Gv + TNK) x tr + Gt x tr - (Gv + TNK) x tv
= Gv (tr - tv) + TNK (tr - tv) + Gt x tr
Luật thuế GTGT qui định thuế suất của một loại HH-DV qua các khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công, thương mại đều như nhau. Nói cách khác thuế suất thuế GTGT hàng nhập khẩu (tv) cũng chính là thuế suất hàng nhập khẩu bán ra (tr) dẫn đến: (tr – tv) = 0 và số thuế GTGT của hàng nhập khẩu phải nộp sau khi tiêu thụ (T = TrNK – TvNK) bằng GTGT của hàng hoá nhập khẩu
nhân với thuế suất (T = Gt x tr).
Từ đây có thể nhận thấy thuế GTGT đầu vào của hàng hoá nhập khẩu còn mang ý nghĩa bảo hộ hàng sản xuất trong nước thông qua cơ chế kết cấu thuế GTGT đầu vào của hàng hoá vào giá cả, làm cho giá cả của hàng hoá nhập khẩu tăng thêm một lượng đúng bằng số thuế GTGT đầu vào khi tiêu thụ nội địa.
Điều này phù hợp với một nền kinh tế non trẻ như Việt Nam khi tham gia hội nhập quốc tế. Tuy nhiên không một quốc gia nào lại thực hiện việc bảo hộ một cách đại trà cho phần lớn các loại hàng hoá mà chỉ bảo hộ có chọn lọc và có thời hạn. Việt Nam đang trong xu thế hội nhập AFTA nên cần phải nâng cao năng lực cạnh tranh của hàng hoá sản xuất trong nước, hơn nữa không thể bắt buộc người tiêu dùng trong nước phải chịu thêm một lượng thuế GTGT đầu vào của tất cả các loại hàng hoá nhập khẩu vào Việt Nam. Do vậy, Nhà nước nên lựa chọn danh mục mặt hàng cần thiết phải bảo hộ để vừa tạo ra sự cạnh tranh cho hàng hoá sản xuất trong nước, vừa giảm áp lực giá cả
đối với người tiêu dùng trong nước sử dụng hàng hoá nhập khẩu, vừa giảm thiểu chi phí thủ tục hành chính, nâng cao tính hiệu quả của thuế GTGT.