Nếu so với thuế doanh thu trước kia, thì với 4 mức thuế suất thuế GTGT là bước tiến lớn trong việc cải cách chính sách thuế, thể hiện sự tiến bộ và đơn giản của luật thuế GTGT. Tuy nhiên, việc định ra các mức thuế suất khác nhau dựa trên tính năng, công dụng của HH-DV chịu thuế đã làm cho việc xác định thuế suất đối với từng HH-DV phức tạp và khó khăn. Tiêu chí để phân định mục đích sử dụng của HH-DV đối với mỗi loại hàng hoá là rất phức tạp dẫn đến tình trạng cùng một mặt hàng nhưng có thể bị áp các mức thuế suất khác nhau. Đây cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến những khiếu kiện trong lĩnh vực thuế giữa cơ quan thuế và đối tượng chịu thuế.
Bên cạnh đó, do thuế GTGT là loại thuế hoàn toàn mới mẻ ở nước ta, kinh nghiệm lập pháp và tổ chức thực hiện còn hạn chế nên trong quá trình thực hiện có nhiều ngành nghề kinh doanh gặp phải khó khăn. Nhà nước đã áp dụng nhiều biện pháp như điều chỉnh giảm thuế suất, qui định nhiều tỷ lệ khấu trừ khống, mở rộng diện khấu trừ khống, mở rộng diện được xét giảm thuế. Thực tế, đây chỉ là những biện pháp tình thế, giúp doanh nghiệp tháo gỡ khó khăn nhưng lại gây ra không ít khó khăn, phức tạp cho công tác quản lý, đặc biệt, chính những giải pháp này đã tạo thêm nhiều cơ hội cho các doanh nghiệp trốn lậu và tránh thuế.
Việc qui định nhiều đối tượng nộp thuế được giảm thuế, nhiều đối tượng chịu thuế được giảm thuế suất trên thực tế đã bóp méo tính trung lập của thuế GTGT, dễ làm cho các doanh nghiệp hiểu sai lệch về thuế GTGT.
Hơn nữa, việc áp dụng biện pháp giảm thuế tràn lan và thiếu căn cứ tạo ra tâm lý không tốt trong kinh doanh và rất dễ tạo ra sự bất bình đẳng giữa các doanh nghiệp. Vì GTGT thực tế không phải là chi phí của doanh nghiệp, do đó việc doanh nghiệp được giảm thuế thực chất là được hỗ trợ về giá.
Mặt khác, việc tăng hoặc giảm thuế suất đối với sản phẩm này lại liên quan đến một loạt lĩnh vực ngành nghề khác trong nền kinh tế. Vì vậy, điều cốt lõi khi thực hiện các ưu đãi trong chính sách thuế đối với một loại HH-DV là phải xác định được đối tượng tiêu dùng cuối cùng của HH-DV đó chứ không nên căn cứ vào những khó khăn trước mắt của doanh nghiệp sản xuất ra chúng. Hơn nữa, các nhà đầu tư thường hay e ngại về tính bất ổn định của các chính sách, đặc biệt là sự thay đổi về thuế suất, do vậy mức thuế suất trong các chính sách thuế nên có tính ổn định tương đối, không nên thay đổi liên tục nhằm làm cho các nhà đầu tư yên tâm khi quyết định đầu tư và đảm bảo cho việc thực thi luật thuế đạt kết quả cao nhất.
Thuế suất áp dụng cho một số ngành chưa phù hợp: Dịch vụ là 1 khu vực rộng lớn, có mặt ở hầu hết các ngành kinh tế quốc dân, nhưng trong biểu thuế số lượng các hoạt động dịch vụ được qui định đích danh thuế suất rất ít so với hàng hoá. Tư vấn là loại dịch vụ đặc biệt nhưng chỉ có dịch vụ tư vấn pháp luật được qui định thuế suất rõ ràng. Vì không có qui định đích danh, sẽ có rất nhiều loại dịch vụ, nhất là dịch vụ tư vấn phải chịu thuế suất 10% do áp dụng qui định “các HH-DV không có qui định thuế suất 5%, 10% hay 20% thì nộp thuế 10%”. Đối với dịch vụ, yếu tố thuế đầu vào được khấu trừ là rất ít nên thuế suất 10% hay 20% đối với dịch vụ môi giới, tiếp thị để giải quyết đầu ra, đầu vào của doanh nghiệp là rất cao, không khuyến khích dịch vụ phát triển, nhất là các dịch vụ nghiên cứu, thiết kế, tiếp thị để tạo ra những sản phẩm mới, qui trình sản xuất mới, đáp ứng nhu cầu trong nước. Ví dụ: theo biểu thuế, nếu căn cứ vào nội dung công việc thì dịch vụ tư vấn xây dựng vừa có thể áp dụng thuế suất 5% của dịch vụ khoa học kỹ thuật vừa có thể áp dụng
thuế suất 10% của xây dựng hay của dịch vụ khác, và cơ quan thuế đã có qui định thuế suất tư vấn xây dựng là 10%.
Việc qui định thuế suất 5% hay 10% đối với một số loại hàng hoá được phân biệt theo nguyên liệu trong kết cấu hoặc theo công dụng của hàng hoá đó đã gây khó khăn trong giải thích và vận dụng, nên có sự nhầm lẫn vô tính hoặc cố ý khi thực hiện của doanh nghiệp là không tránh khỏi.
Ví dụ: một chiếc ghế nhựa khung kim loại được áp dụng thuế suất nào nếu thuế suất của sản phẩm nhựa và sản phẩm cơ khí khác nhau. Đó là chưa kể đến những trường hợp sản phẩm được lắp ráp từ hàng trăm linh kiện khác nhau, hàm chưa nhiều nhóm thuế suất khác nhau thì vấn đề áp dụng thuế suất để xác định phạm vi nghĩa vụ thuế GTGT trở nên hết sức phức tạp.
Bốn mức thuế suất như hiện nay là quá nhiều. Từ kinh nghiệm của các nước đã áp dụng thuế GTGT cho thấy việc áp dụng nhiều loại thuế suất sẽ gây ra một loạt vấn đề sau:
+ Chi phí quản lý hành chính thuế rất cao.
+ Bóp méo giá tương đối giữa các HH-DVcó thuế suất khác nhau. + Nảy sinh vấn đề mất công bằng thuế.
+ Cơ sở thuế bị xói mòn do thuế suất thấp và việc đặt mục tiêu vào một nhóm nộp thuế sẽ khó khăn.
Thuế suất thuế GTGT hiện hành có 4 mức 0%, 5%, 10% và 20% thể hiện mức độ khuyến khích hoặc hạn chế đối với từng loại hình kinh doanh, từng loại sản phẩm. Nhưng từ đây lại phát sinh những bất hợp lý trong sự điều tiết của thuế GTGT, điều này được làm rõ qua chứng minh dưới đây:
Gọi : tr: thuế suất thuế GTGT đầu ra Gt: là GTGT
tv: thuế suất thuế GTGT đầu vào TNK: thuế nhập khẩu
T: thuế GTGT phải nộp TvNK: thuế GTGT ở khâu NK
Gr: giá HH-DV bán ra TrNK: thuế GTGT của hàng nhập
Gv: giá HH-DV mua vào khẩu bán ra
Mặt khác: Gr = Gv + Gt
⇒ T = (Gv + Gt) x tr - (Gv x tv)
⇒ = Gv x tr + Gt x tr - Gv x tv
⇒ = Gt x tr + Gv(tr – tv)
- Trường hợp HH-DV xuất khẩu thì tr = 0, thuế GTGT phát sinh là -Gv x tv, doanh nghiệp được hoàn thuế đúng bằng số thuế GTGT phát sinh ở đầu vào.
- Trường hợp tr = tv: số thuế GTGT của doanh nghiệp phải nộp chính là GTGT nhân với thuế suất (T = Gt x tr); trường hợp này phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT.
- Trường hợp tr > tv: (thực tế hiện nay chênh lệch giữa hai loại thuế suất là 5% do chuyển từ dạng nguyên liệu hoặc sản phẩm phục vụ sản xuất - thuế suất 5% sang khâu sản xuất - thuế suất 10%) thì số thuế GTGT doanh nghiệp phải nộp không chỉ là GTGT nhân với thuế suất mà còn phải nộp thêm số thuế GTGT phát sinh ở đầu vào [T = Gv x (tr – tv)], mà chênh lệch này thường là 5% - đúng bằng thuế suất của hàng hoá mà doanh nghiệp mua vào. Nói cách khác, đối với các doanh nghiệp nằm trong nhóm thuế suất 10% khi sản xuất những sản phẩm bằng nguyên liệu của nhóm thuế suất 5% đều phải nộp thêm đúng bằng một lần thuế đầu vào cho nguyên liệu mua vào khi doanh nghiệp bán sản phẩm ra thị trường. Như vậy trong trường hợp này thuế GTGT không còn giữ đúng bản chất là giá trị tăng thêm của HH-DV nhân với thuế suất nữa.
Để khắc phục những vấn đề này, Nhà nước nên điều chỉnh và áp dụng một thuế suất chung là 10% cho tất cả các loại HH-DV bên cạnh thuế suất 0% áp dụng cho HH-DV xuất khẩu.