Cơ sở cấu trúc của acid nucleic là các chuỗi polynucleotide cấu tạo từ nhiều đơn vị (mono)- nucleotide. Trong những chuỗi này các mono- nucleotide nối với nhau bằng các liên kết 3'-5'- phospho-diester như mô tả trong hình 3.6. Các chuỗi polynucleotide thường chứa từ hàng chục đến hàng trăm gốc mononu-cleotide. Tuy nhiên, cũng có những chuỗi polynucleotide ngắn,
chứa không quá
Hình 3.6. Cấu tạo của polynucleotide
10 gốc nucleotide và chúng được gọi chung là oligonucleotide (bao
gồm di-, tri-, tetra-, penta-,hexanucleotide v.v...). Người ta phân biệt hai loại polynucle-otide là polyribonucleotide - cơ sở cấu trúc
của ARN, và polydeoxyribonucleotide - cơ sở cấu trúc của ADN. Trong hình 3.6a giới thiệu một đoạn polynucleotide để ta có thể hình dung sự hình thành liên kết 3'-5'-phosphodiester. Để mô tả thành phần và trật tự sắp xếp của các gốc nucleotide trong những chuỗi polynucleotide ngắn, người ta thường dùng kiểu mô hình đơn giản như trình bày trong hình 3.6b. Kiểu mô tả này cho phép phân biệt hai thành phần trong liên kết phosphodiester, tức liên kết a nối gốc phosphate với C-3' và liên kết b nối gốc phosphate với C- 5', qua đó tạo ra cầu nối 3'-5'-phosphodiester giữa hai nucleotide kế cận. Việc phân biệt liên kết a với liên kết b có ý nghĩa rất quan trọng do hai kiểu liên kết này mang tính đặc hiệu khác nhau đối với các enzyme thủy phân acid nucleic. Đối với các chuỗi polynucleotide dài, không thể sử dụng kiểu mô tả này vì sẽ rất cồng kềnh, và người ta thường dùng kiểu mô tả bằng chữ cái như trình bày qua ví dụ trong hình 3.6c.