Sau khi kết thỳc cuộc khỏng chiến chống thực dõn Phỏp, miền Bắc nước ta bước vào hàn gắn vết thương chiến tranh, khụi phục kinh tế. Ngành Y tế đũi hỏi đội ngũ rất lớn, nhất là cỏn bộ cú trỡnh độ đại học để phục vụ sự nghiệp bảo vệ và chăm súc sức khỏe nhõn dõn. Thời gian đú ở miền Bắc, Trường Đại học Y khoa Hà Nội là cơ sở duy nhất thưc hiện nhiệm vụ này. Chớnh vỡ vậy Bộ trưởng Bộ Y tế - Bỏc sĩ Phạm Ngọc Thạch và lónh đạo Bộ Y tế cú chủ trương mở thờm Trường Đại học Y Hải Phũng, do cú chủ trương này nờn Chớnh phủ ta với sự giỳp đỡ của Chớnh phủ Tiệp Khắc đó chuẩn bị một số cơ sở vật chất và đội ngũ cỏn bộ cho trường. Ủy Ban hành chớnh thành phố đó tớch cực ủng hộ trường, xong do hoàn cảnh kinh tế lỳc đú cũn nhiều khú khăn, đồng thời cuộc chiến tranh phỏ hoại miền Bắc của đế quốc Mỹ nờn việc xõy dựng trường khụng thực hiện được. Tuy vậy, từ năm 1960, hàng năm Trường Đại học Y Hà Nội vẫn gửi cỏn bộ về giảng dạy cho sinh viờn năm thứ 4 học tại Bệnh viện Việt-Tiệp.
Sau ngày miền Nam được giải phúng, đất nước thống nhất, nhiệm vụ chắm súc sức khỏe cho toàn dõn trong giai đoạn mới càng đũi hỏi hơn nữa. Cỏc cơ sở đào tạo cỏn bộ lỳc đú khụng thể đỏp ứng đủ nhu cầu ngày càng cao. Bộ Y tế đó tăng chỉ tiờu đào tạo tại cỏc cơ sở hiện cú, đồng thời chủ trương xõy dựng thờm cỏc Trường Đại học Y Hải Phũng, Đại học Y Cần Thơ, hỡnh thành mạng lưới cỏc trường đại học của ngành tại cỏc khu vực.
Thực hiện chủ trương của Bộ Y tế, Bộ Giỏo dục & Đào tạo, Trường Đại học Y Hà Nội và Sở Y tế Hải Phũng, phương ỏn xõy dựng Trường Đại học Y Hải Phũng được thực hiện.
Trường Đại học Y Hải Phũng là đơn vị sự nghiệp cụng lập trực thuộc Bộ Y tế, chịu sự quản lý nhà nước của Bộ Giỏo dục và Đào tạo. Trong quỏ trỡnh 30 năm xõy dựng và phỏt triển đó trải qua 3 giai đoạn:
* Giai đoạn 1: Trường là cơ sở II của trường Đại học Y khoa Hà Nội (từ 9/1979 đến 8/1985).
* Giai đoạn 2: Trường mang tờn Phõn hiệu Đại học Y Hải Phũng, trực thuộc trường Đại học Y khoa Hà Nội (thỏng 8/1985 đến 24/01/1999).
* Giai đoạn 3: Trường chớnh thức được Thủ tướng Chớnh phủ ra quyết định thành lập Trường Đại học Y Hải Phũng (từ ngày 25/ 01/1999 đến nay).
Từ năm 1997-1998 Trường Đại học Y Hà Nội điều động cỏc sinh viờn năm thứ 4 là người của tỉnh Hải Dương, Hưng Yờn, Hải Phũng, Quảng Ninh về hoc 3 năm cuối và thi tốt nghiệp tại Hải Phũng, đồng thời chuẩn bị mọi điều kiện để xõy dựng trường và tuyển sinh từ năm thứ nhất. Thỏng 11/1977 cú 39 sinh viờn năm thứ 4 khúa1974-1980 được đưa về học tập tại Hải Phũng và tiếp tục cỏc năm sau. Số sinh viờn ngày càng tăng, yờu cầu về quản lý sinh viờn, ổn định đời sống, sinh hoạt, đồng thời để giỏo dục sinh viờn toàn diện đũi hỏi phải cú một bộ mỏy, một cơ chế quản lý thớch hợp. Trước yờu cầu như vậy, ngày 6/9/1979 Thứ trưởng Bộ Y tế Hoàng Đỡnh Cầu đó ký quyết định số 1026/BYT-QĐ về việc thành lập cơ sở II Trường Đại học Y Hà Nội tại Hải Phũng với nhiệm vụ đào tạo Bỏc sĩ đa khoa, chuyờn khoa vệ sinh cụng nghiệp, Y tế hàng hải và bổ tỳc BSCKI.
Ngay sau khi cú quyết định Trường Đại học Y Hà Nội cựng chớnh quyền Thành phố Hải Phũng bắt tay vào xõy dựng cơ sở vật chất, xõy dựng đội ngũ cỏn
bộ giảng dạy, kỹ thuật viờn và bộ mỏy lónh đọa của cơ sở II đảm bảo về chất lượng và số lượng. Đến năm học 1994-1995 cơ sở vật chất đó hoàn chỉnh cỏc phũng thực tập cho cỏc bộ mụn khoa học cơ bản và y học cơ sở, cỏc phũng học của sinh viờn, thư viện, nhà ăn tập thể và ký tỳc xỏ cho khoảng 400 sinh viờn.
Bộ mỏy lónh đạo, quản lý đào tạo đó cú thể đảm nhận được chức năng nhiệm vụ của mỡnh. Đội ngũ giảng viờn bao gồm 68 giảng viờn cơ hữu và 82 giảng viờn kiờm chức, trong đú cú trờn 50% cú trỡnh độ trờn và sau đại học (8 GS, PGS, 15 BSCKII, cũn lại là BSCKI và BSnội trỳ. Với đội ngũ giảng dạy và cơ sở vật chất như vậy, từ năm hoc 1984-1985 về cơ bản cỏc bộ mụn của nhà trường đó đảm nhận được toàn bộ chương trỡnh giảng dạy. Cỏc bộ mụn của Trường Đại học Y Hà Nội đó từng bước hoàn thành giai đoạn chuyển giao việc giảng dạy cho cỏn bộ Hải Phũng.
Trờn cơ sở phỏt triển cơ sở II, nhà trường đó dần trở thành một đơn vị độc lập. Sau khi cú ý kiến thống nhất của Bộ Đại học và Trung học chuyờn nghiệp ngày 17/8/1985. Bộ trưởng Bộ Y tế Đặng Hồi Xuõn đó ký Quyết định số 843/BYT-QĐ, đổi tờn cơ sở II Trường Đại học Y Hà Nội tại Hải Phũng thành Phõn Hiệu Đại học Y Hải Phũng thuộc Trường Đại học Y Hà Nội với chức năng nhiệm vụ: Phõn hiệu Đại học Y Hải Phũng là cơ sở đào tạo và bổ tỳc cỏn bộ Y tế cú trỡnh độ đại học, trờn đại học (chuyờn khoa I), bỏc sĩ đa khoa cho khu vực Hải Phũng, Hải Dương, Hưng Yờn, Quảng Ninh và bỏc sĩ chuyờn khoa sõu cho ngành khai thỏc than và hàng hải. Phõn Hiệu được chủ động xõy dựng cỏc kế hoạch ngắn hạn, dài hạn và đào tạo lao động, kinh phớ, trang thiết bị và xõy dựng cơ bản dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ Y tế.
Với những lỗ lực phấn đấu sau hơn 30 năm xõy dựng và phỏt triển, ngày 25/01/1999 Phú thủ tướng Chớnh phủ Phạm Gia Khiờm, thay mặt Thủ tướng Chớnh phủ đó ký quyết định số 06/1999/QĐ-TTg về việc thành lập Trường Đại học Y Hải Phũng trờn cơ sở Phõn Hiệu Đại học Y Hải Phũng thuộc Trường Đại học Y Hà Nội.
Trường Đại học Y Hải Phũng cú nhiệm vụ: - Đào tạo cỏn bộ cỏc ngành y học ở bậc đại học
- Nghiờn cứu khoa hoc Y học phục vụ và phỏt triển kinh tế - xó hội - Đào tạo sau đại học (BSCKI và cao học).
Như vậy mặc dự đó cú thõm niờn 30 năm xõy dựng và phỏt triển nhưng Trường mới thực sự hoạt động độc lập từ năm 1999 đến nay. Mười năm qua Trường đó cú những bước phỏt triển mạnh mẽ trờn tất cả cỏc lĩnh vực, tạo ra một diện mạo mới, khẳng định được vị thế của mỡnh trong đội ngũ cỏc trường đại học y, dược trong cả nước.