Mặc dù cơ cấu kinh tế của Nam Phi đã có sự chuyển dịch theo hớng hiện đại hóa, tự do hóa, nhng sự chuyển dịch đó cha mang lại hiệu quả cao, vì mức tăng năng suất lao động còn thấp, đầu t yếu, cha hấp thụ đợc lực lợng lao động d thừa và cha theo kịp trào lu phát triển của nền kinh tế tri thức đang lan rộng trên khắp thế giới. Các ngành công nghiệp cần nhiều vốn và tài nguyên vẫn là những ngành hoạt động tốt hơn cả, trong khi những ngành tạo nhiều việc làm cha phát triển mạnh.
Chính phủ vẫn coi trọng vai trò của các ngành công nghiệp năng lợng và khai khoáng, hỗ trợ và bảo hộ cho chúng, tạo cho chúng có đợc những lợi thế xuất khẩu và cơ hội thu hút đầu t mới, trong khi thiếu coi trọng và cha phát triển đúng mức các ngành công nghiệp chế tạo là những ngành chủ yếu do các tập đoàn lớn đóng vai trò chi phối. Các tập đoàn này có mức đầu t lớn, mở rộng ra hầu hết các ngành công nghiệp chế tạo, có lợi thế về quy mô, có khả năng khai thác và sử dụng công nghệ mới. Tuy nhiên, tính độc quyền và tập trung hóa cao của các tập đoàn kinh tế này đã
khiến cho nền kinh tế Nam Phi kém đi sự năng động và khả năng cạnh tranh. Hơn nữa, chính sách đầu t và phát triển của chính phủ đối với các tập đoàn này cha nhiều và cha mang lại hiệu quả, hạn chế sự phát triển công nghệ và năng lực cạnh tranh của công nghiệp bản địa trên thị trờng toàn cầu.
Trong những năm gần đây, hoạt động của các ngành công nghiệp chế tạo có nhiều chiều hớng suy giảm. Tốc độ tăng trởng của ngành chế tạo đạt 4,7%/năm trong năm tài chính 2001/2002, giảm xuống còn 1% trong năm tài chính 2003/2004. Cả ngành sản xuất công nghiệp và giá trị gia tăng công nghiệp đều có xu hớng giảm tốc độ tăng trởng. Sản lợng của ngành chế tạo chỉ tăng 2% năm 2004 so với 4% năm 2003. Giá trị gia tăng thực tế của ngành chế tạo tăng 2,6% năm 2004 so với 6,5% năm 2003, chủ yếu tập trung vào các ngành công nghiệp phục vụ tiêu dùng trong nớc. Đối với một nớc đang tiến hành cải cách kinh tế và xây dựng các cơ sở công nghiệp hiện đại, xu hớng suy giảm tốc độ tăng trởng của ngành công nghiệp chế tạo cho thấy nền kinh tế Nam Phi đang gặp nhiều vấn đề khó giải quyết.
Trong lĩnh vực phát triển nông thôn và nông nghiệp, tuy sự ổn định kinh tế vĩ mô và tăng trởng kinh tế là những điều kiện tốt, thuận lợi, nhng tốc độ tăng trởng kinh tế cha đủ cao để giải quyết các vấn đề liên quan đến con ngời nh dịch bệnh HIV/AIDS, nạn mù chữ, thất học, tình trạng bất bình đẳng sắc tộc... là những vấn đề đang phổ biến tại các vùng nông thôn Nam Phi. Đây là một thách thức lớn mà các nhà hoặch định chính sách Nam Phi đang phải đối mặt. Những chính sách cải cách và phân bố lại đất đai thời kỳ hậu Apacthai dờng nh cha thu hút đợc sự đồng thuận của toàn xã hội, còn nhiều trở ngại lớn. Cải cách đất đai diễn ra ồ ạt, mạnh mẽ, nhng cha tạo ra đợc những nông trại có hiệu quả cao. Thêm vào đó, chính phủ cha có những biện pháp hỗ trợ, điều chỉnh và đào tạo để giúp nông dân phát triển công nghệ nông nghiệp, nâng cao khả năng tiếp thị và quản lý tài chính. Gần đây ở Nam Phi đang hình thành những chủ hộ nông dân làm dịch vụ thơng mại nông sản, nhng vẫn mang tính nhỏ lẻ và kém hiệu quả, rất cần sự giúp đỡ từ phía chính phủ trong việc hỗ trợ các dịch vụ tài chính, thông tin thị trờng, xây dựng mạng lới cung cấp đầu vào, đầu ra, xây dựng cơ sở hạ tầng vận tải, kho bãi... để ngành nông nghiệp phát triển theo cơ chế thị trờng mở đích thực.
Một trong những nhiệm vụ chính của nông nghiệp Nam Phi là giảm nghèo khổ và bất bình đẳng. Tuy nhiên, sau hơn 10 năm cải cách, nghèo khổ và bất bình đẳng ở Nam Phi vẫn rất trầm trọng, điều đó chứng tỏ những tiềm năng phát triển nông nghiệp cha đợc chính phủ phát huy khai thác và sử dụng. Tính thơng mại hóa và tự do hóa của ngành nông nghiệp cha đợc phát triển nh những ngành khác trong nền kinh tế. Ngời nông dân cha đợc tiếp cận nhiều với các cơ hội đầu t và phát triển thị trờng để nâng cao năng suất lao động và tăng thu nhập từ nông nghiệp.