Một trong những vấn đề khó khăn nhất mà các doanh nghiệp Đà Nẵng phải đối đầu đó là năng lực cạnh tranh giữa các doanh nghiệp nội tại, và cạnh tranh sản phẩm trên thị trường.
Đà Nẵng có nhiều doanh nghiệp khác nhau thuộc các thành phần kinh tế khác nhau, nhiều mức độ sản xuất khác nhau, cùng kinh doanh trên thị trường. Tuy nhiên, tại Thành phố các đơn vị kinh doanh độc lập cạnh tranh ngay trên địa bàn với chính các thành viên trong công ty, trên thị trường nguyên liệu và thị trường tiêu thụ sản phẩm. Thực tế cho thấy rằng, vì cạnh tranh trên thị trường nguyên liệu mà các đơn vị tự đẩy giá mua nguyên liệu lên một cách bất hợp lý. Từ trước đến nay chưa có một cơ chế phối hợp nào được xác lập đủ sức thuyết phục các doanh nghiệp cùng phối hợp với nhau hoạt động để tạo ra sức mạnh cạnh tranh hàng thuỷ sản trên thị trường thế giới.
Riêng về đặc tính hàng hoá thuỷ sản, ngay từ khâu nguyên liệu mới khai thác, bảo quản, vận chuyển và chế biến là một chuỗi liên hoàn kép kín phải đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm bởi không đúng chu trình sẽ dẫn đến giảm chất lượng nguyên liệu bởi tác động thời tiết, khí hậu... sẽ bị loại bỏ nhiều hoặc hạ loại, tăng chi phí cho nguyên liệu. Ngoài ra, công nghệ bị hạn chế cũng giảm đi tính hấp dẫn và giảm đi giá trị gia tăng trong sản phẩm.
Đã từ lâu, sản phẩm xuất khẩu thuỷ sản Đà Nẵng đã có mặt trên thị trường quốc tế nhưng chỉ thực sự phát triển mẩu mã, qui cách, chất lượng trong những năm gần đây. Hiện nay nhu cầu về hàng thuỷ sản trên thị trường quốc tế ngày càng gia tăng và yêu cầu chất lượng ngày càng nghiêm ngặt.
Đa số sản phẩm xuất khẩu của Thành phố ở dạng Block là nhiều (dạng thô) chất lượng chưa đồng bộ, chưa đảm bảo mức độ an toàn vệ sinh cần thiết mà các thị trường có yêu cầu cao đòi hỏi. Riêng chỉ có một số doanh nghiệp Nhà nước đáp ứng đủ yêu cầu tiêu chuẩn HACCP như Công ty thuỷ sản thương mại Thuận Phước, X.N chế biến thuỷ sản Thọ Quang, X.N chế biến thuỷ đặc sản số 10 (Công ty XNK thuỷ sản Miển Trung) đã đầu tư công nghệ thiết bị hiện đại như tủ đông gió, tủ đông tiếp xúc(đặc biệt X.N chế biến thuỷ đặc sản số 10 đã trang bị đông IQF), những trang thiết bị hiện đại mà các đơn vị trên đầu tư như máy sấy, máy hút chân không, máy chế biến sản phẩm đóng gói ăn liền như: Tôm luộc bóc nõn hút chân không, Sashimi, sushi ăn sống... Nhờ vậy mà tỷ trọng sản phẩm giá trị gia tăng trong sản phẩm được nâng dần và chiếm tỷ lệ trên 65% giá trị sản lượng xuất khẩu thuỷ sản của Thành phố trong những năm gần đây.
Thị trường tiêu thụ sản phẩm thuỷ sản của các doanh nghiệp Đà Nẵng chính là Nhật Bản, Hông Kông, Đài Loan, Singapor, Hàn Quốc... và thị trường lớn Mỹ (chủ yếu tôm và cá da trơn), EU (chủ yếu tôm và mực các loại), và một số thị trường Đông âu như Nga (cá ba sa), Trung Quốc thị trường lớn nhưng hiện nay giữa hai nước quan hệ buôn bán còn có nhiều điều kiện khó khăn nên hàng chuyển đến thị trường Trung Quốc chính là qua đường tiểu ngạch biên giới Việt Trung chủ yếu là cá tươi các loại.