Trong khu vực nội thành của TP. Việt Trì và các cụm, khu công nghiệp. Hệ thống các ao, hồ, đầm, kênh , mương là nơi tiếp nhận và vận chuyển nước thải của các khu công nghiệp, khu dân cư. Hiện nay, hệ thống này đều ở tình trạng ô nhiễm nghiêm trọng, có nhiều chỉ tiêu ô nhiễm vượt quá nhiều lần giới hạn cho phép của Tiêu chuẩn Việt Nam về chất lượng nước mặt (TCVN 5942:1995). Các đầm, hồ trong thành phố phần lớn ở trạng thái phú dưỡng, nhiều hồ bị phú dưỡng đột biến và tái nhiễm bẩn hữu cơ.
Đầm Sen thuộc địa phận phường Thanh Miếu “hứng” nước thải của các cơ sở sản xuất công nghiệp trên địa bàn phía Nam Việt Trì như Công ty Dệt Trí Đức, Công ty TNHH Plastic, HTX Phú Cát…và nước thải sinh hoạt của khu dân cư. Chất lượng nước ở đây ô nhiễm nặng và gây mất cân bằng sinh thái. Nồng độ các chất hữu cơ như COD vượt 1,4 – 2 lần, BOD5 vượt 1,2 – 2,1 lần, chất rắn lơ lửng vượt 1,1 – 1,4 lần, NH4+ vượt 1,6 – 1,8 lần, hàm lượng
Coliform vượt 1,1 – 1,2 lần. Tương tự như
vậy, Đầm Gia thuộc địa phận phường Tiên Cát và đầm Cẩm Đội thuộc thuộc địa phận Khu Công nghiệp Thụy Vân cũng chịu chung số phận.
Qua phân tích 08 mẫu nước với tần suất 4 lần/năm từ thượng lưu sông Hồng chảy về hạ lưu qua các huyện Hạ Hòa, Thanh Ba, thị xã Phú Thọ, huyện Lâm Thao, Thành phố Việt Trì nơi có các đơn vị sản xuất như Công ty Giấy Lửa Việt cự ly 100m, Công ty Giấy Bãi Bằng, Công ty supe phốt phát và Hóa chất Lâm Thao, Công ty Cổ phần Hóa chất Việt Trì, công ty Pangrim Noetext, Công ty TNHH Miwon Việt Nam,… thì đa phần đều vượt tiêu chuẩn cho phép, khiến dòng sông vốn hiền hòa thơ mộng, nay trở nên ô nhiễm, mang mầm mống bệnh tật.
Theo báo cáo Hiện trạng môi trường năm 2006 của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Thọ, hàm lượng ô nhiễm (BOD5, NH4+, -N, DO, COD, TSS...) so sánh với Tiêu chuẩn Việt Nam về chất lượng nước mặt (cột A) TCVN 5942:1995 thì nồng độ các chất ô nhiễm tại các sông lớn (sông Hồng, sông Lô, sông Đà) chảy qua Phú Thọ mấy năm gần đây cao hơn so với những năm trước.
Nhà máy Pang Rim - 1 trong những nhà máy gây ONMT nặng nhất theo phản ánh của người dân tại phường Bến Gót - TP. Việt Trì, đặc biệt là vấn đề mùi.
Hiện nay, hầu hết nước dưới đất tại các vùng công nghiệp, đô thị ở thành phố Việt Trì đều có dấu hiệu ô nhiễm về sắt,
NH4+, Coliform,
pH nằm ngoài giới hạn cho phép. Đặc biệt, ô nhiễm cục bộ tại một số địa điểm tại thành phố, nồng độ As cao hơn tiêu
chuẩn cho phép như: Bạch Hạc, Khu công nghiệp Thụy Vân.