Vốn cho vay ủy thác qua NHNo chiếm tỷ trong rất lớn trong tổng vốn cho vay của NHCSXH. NHNo nhận vốn ủy thác toàn phần từ NHCSXH, song không trực tiếp cho vay tới hộ nghèo mà cũng chỉ là trung gian vì NHNo lại ủy thác bán phần qua các tổ chức chính trị, xã hội, qua các Tổ Tiết kiệm và vay vốn. Hình thức này tốn chi phí cao hơn so với hình thức ủy thác bán phần qua tổ chức chính trị, xã hội của NHCSXH nhưng thực tế cho thấy ủy thác qua NHNo cố tốc độ giải ngân chậm hơn, dư nợ ủy thác tăng không bằng ủy thác bán phần trong khi có rất nhiều hộ nghèo đang có nhu cầu vay vốn. Thêm nữa, chi phí cho vay đối với một hộ nghèo rõ ràng là cao hơn chi phí cho vay tới một khách hàng bất kỳ của NHNo cũng hạn chế sự nỗ lực của ngân hàng chuyển vốn tới hộ nghèo vì như vậy sẽ ảnh hưởng đến hiệu quả cho vay của NHNo. Việc cho vay đến hộ nghèo không chỉ nhằm giải ngân vốn và thu nợ mà cán bộ tín dụng phải thường xuyên tiếp xúc để biết được mong muốn của hộ nghèo trong quá trình sử dụng vốn, từ đó điều chỉnh khoản vay và thời hạn cho thích hợp cũng như áp dụng các biện pháp hỗ trợ cho hộ nghèo. Hiện nay, NHNo đang có quan hệ tín dụng với hơn 5 triệu hộ nông dân và chủ yếu áp dụng phương pháp cho vay trực tiếp nên khối lượng khách hàng
phải quản lý ngày một tăng lên, do vậy việc phải đảm nhiệm thêm dịch vụ cho vay hộ nghèo và mỗi năm khối lượng tín dụng, số hộ nghèo vay vốn tăng lên như hiện nay là quá tải, vượt quá khả năng quản lý của cán bộ tín dụng.
Đối với phương thức ủy thác bán phần qua các tổ chức chính trị, xã hội bên cạnh nhiều điểm tích cực cũng có một số trở ngại khi ngân hàng liên kết với các tổ chức này. Cán bộ các tổ chức, Hội thường có ít hiểu biết về lĩnh vực tài chính ngân hàng, do vậy nhiều trường hợp hộ nghèo vay vốn sử dụng vốn sai mục đích phải thu hồi lại vốn đã cho vay hay cố tình chây ỳ không trả được nợ, cán bộ không biết làm gì và lại phải nhờ đến cán bộ ngân hàng. Hoặc không thấy được tầm quan trọng của việc thu hồi vốn vay để quay vòng vốn nên nhiều nơi chỉ tập trung vào giải ngân mà ít quan tâm đến thu nợ. Một điểm yếu cơ bản trong hoạt động của các tổ chức này là bảo lãnh tài chính mang tính “hữu danh vô thực” vì trong thực tế ít khi thấy các tổ chức xã hội thực hiện đựơc trách nhiệm của mình khi người vay không trả đươc nợ, không có khả năng tài chính để thực hiện bảo lãnh khi có rủi ro xảy ra đối với vốn của ngân hàng. Tuy nhiên, các hạn chế này đều có thể khắc phục được.
Nguy ên nhân của những hạn chế này là: