Trên thực tế, việc quy định mức lãi suất cho vay ưu đãi hiện nay của NHCSXH chưa đúng với nguyên tắc xác định lãi suất ghi trong Điều lệ của ngân hàng. Theo Điều lệ của ngân hàng, lãi suất được xác định theo nguyên tắc bảo toàn vốn, tự bù đắp chi phí, rủi ro nghiệp vụ. Dù NHCSXH được hưởng một số ưu đãi nhất định về tài chính nhưng với lãi suất cho vay như hiện nay thì ngân hàng không thể tự bù đắp chi phí. Nếu tính một cách đơn giản, hiện NHCSXH đang cho vay hộ nghèo lãi suất 0,5%/tháng, tỷ lệ lạm phát trung bình 6 tháng đầu năm 2004 là 1,2%/tháng, như vậy lãi suất thực bị âm trong thời gian dài; mặt khác, lãi suất huy động của các trung gian tài chính trên thị trường đối với tiền gửi 3 tháng lãi suất cố định là 0,5-0,65%/tháng, như vậy NHCSXH không thể huy động được vốn theo lãi suất thị trường.
Hơn thế, tại một số địa phương, do sự ảnh hưởng của tư tưởng bao cấp tín dụng còn nặng nề từ phía các cấp chính quyền, các cấp quản lý đã tác động đến việc tiếp nhận và sử dụng vốn. Một số tỉnh cấp bù lãi suất để hộ nghèo vay với lãi suất còn thấp hơn lãi suất cho vay của NHCSXH. Khi đó, chỉ cần làm một bài toán đơn giản là vay NHCSXH rồi gửi vào các NHTM trên địa bàn cũng đã có lãi mà không cần phải đầu tư vào sản xuất kinh doanh.
Chính sách lãi suất thấp, ưu đãi đối với hộ nghèo chỉ có thể hỗ trợ trong thời gian có hạn, không thể là công cụ lâu dài giúp cho người nghèo. Nếu ngân hàng có khả năng huy động vốn với lãi suất thấp bất kỳ khi nào cần thì việc ngân hàng cho vay với lãi suất ưu đãi là chấp nhận được. Tuy nhiên, theo phân tích ở trên về khả năng huy động vốn của NHCSXH thì điều này là không thể. NHCSXH chỉ có thể dựa vào sự hỗ trợ của Nhà nước trong giai đoạn đầu khi mới đi vào hoạt động, đến một lúc nào đó, vốn của ngân hàng chủ yếu sẽ phải huy động trên thị trường theo lãi suất thị trường, và khi đó, lãi suất cho vay không thể là lãi suất ưu đãi được nữa. Sự nghiệp xoá đói giảm nghèo phải đi đôi với nền kinh tế tăng trưởng bền vững, vẫn đề không phải là cho vay với giá rẻ mà là cho vay lâu dài để đảm bảo hộ nghèo đủ khả năng tạo công ăn việc làm với thu nhập ổn định, cải thiện đời sống và trả nợ vốn vay. Theo tính toán, nếu tiếp tục cho vay với lãi suất ưu đãi thì hàng năm NSNN sẽ phải cấp bù lãi suất cho các khoản cho vay ưu đãi (năm 2003 NSNN cấp bù lãi suất cho NHCSXH là 256 tỷ đồng và dự kiến năm 2004 là 450 tỷ đồng). Một nghiên cứu gần đây của WB cho thấy, để có thể đạt được điểm hoà vốn trong điều kiện hiện nay, ngân hàng phải cho vay với lãi suất ít nhất 1,8%/tháng.
Mặt khác, cho dù NHCSXH trong thời gian tới vẫn có thể tranh thủ được nguồn vốn ưu đãi Nhà nước thì ngân hàng cũng không thể áp dụng lãi suất ưu đãi vì cho vay đối với hộ nghèo rủi ro rất lớn. Ngoài những nguyên nhân khách quan như thiên tai, bão lụt, dịch bệnh…thường xảy ra trên diện rộng, thiệt hại lớn còn có từ những nguyên nhân do bản thân hộ nghèo thiếu kiến thức làm ăn, sản phẩm làm ra khó tiêu thụ, sức cạnh tranh kém ảnh hưởng lớn đến chất lượng và hiệu quả đầu tư.
Lãi suất cho vay ưu đãi đã làm ‘méo mó’ lãi suất trên thị trường. Theo đó, các mức lãi suất mà ngân hàng đưa ra đã bóp méo thị trường tài chính và sự bóp méo gây ra bởi lãi suất thấp thì có nhiều mức độ. Mức độ bóp méo lớn nhất xảy ra khi mối quan hệ giữa (1) lãi suất cho vay trên thị trường (2) lãi suất huy động tiền gửi và (3) lãi suất cho vay theo chính sách của NHCSXH là (3) < (2) < (1). Trong trường hợp này, khi các đối tượng chính sách nhận được từ NHCSXH món vay rẻ thì về nguyên tắc, họ có thể gửi lại khoản tiền đó vào ngân hàng để kiếm phần chênh lệch lãi suất thay vì sử dụng tiền này vào sản xuất kinh doanh tạo thu nhập (tạm bỏ qua chi phí giao dịch). Lãi suất áp dụng cho các đối tượng khác của ngân hàng cũng đều ở mức 0,5%/tháng và thấp hơn mức này. Các mức lãi suất này hiện nay đều thấp hơn lãi suất huy động tiền gửi của NHNo và Quỹ HTPT (huy động tiết kiệm 6 tháng từ 0,62 đến 0,65%/tháng) và lãi suất cho vay của ngân hàng thì thấp hơn lãi suất cho vay của các NHTM và Quỹ Tín dụng nhân dân từ 30-50%. Như vậy, lãi suất cho vay của NHCSXH hiện nay đã bóp méo lãi suất trên thị trường và giải thích tại sao NHCSXH lại gặp khó khăn trong việc huy động vốn trên thị trường. Chính lãi suất ưu đãi này đến lượt nó đã làm nảy sinh và nuôi dưỡng tính bị động của NHCSXH vào chính sách lãi suất ưu đãi của Nhà nước và về các nguồn vốn vay mang tính bao cấp.