Giai đoạn này được đánh dấu bằng việc đội kiểm toán và khách hàng có một buổi họp mặt vào ngày làm việc đầu tiên của cuộc kiểm toán. Công
việc này có tác dụng cung cấp các thông tin mới nhất về khách hàng, đồng thời khẳng định lại các thông tin đã có, thống nhất cách làm việc. Trong quá trình này, nhóm kiểm toán nhận trách nhiệm thực hiện các công việc đã định sẵn theo kế hoạch, chương trình kiểm toán.
Thực hiện các thủ tục phân tích: phân tích xu hướng và phân tích tỷ suất như so sánh số liệu của năm nay với các năm trước, so sánh với số kế hoạch hay số liệu ngành, phân tích các tỷ suất tài chính về khả năng thanh toán, cơ cấu vốn, mức doanh lợi… Các thành viên tiến hành các thủ tục phân tích từ tổng quát tới chi tiết cho những khoản mục mà mình đảm nhiệm. Trong khi đó, trưởng nhóm là người tiến hành thủ tục phân tích tổng quát và đánh giá rủi ro, cập nhật thông tin vào phần mềm Audit Care và hỗ trợ các thành viên trong nhóm.
Thực hiện các thủ tục kiểm tra chi tiết: Thủ tục kiểm tra chi tiết được thực hiện để đảm bảo tính chính xác của các số dư tài khoản có liên quan. Thủ tục này có thể cung cấp bằng chứng với cả bảng cân đối và báo cáo kết quả kinh doanh, hầu hết các thủ tục kiểm tra chi tiết đều tập trung vào xác định xem liệu số cuối kỳ có chính xác trên khía cạnh trọng yếu không. Việc quyết định có sử dụng thủ tục kiểm tra chi tiết không và loại kiểm tra nào được áp dụng có thể cần xem xét các vấn đề như rủi ro xảy ra các sai phạm trọng yếu, liệu kiểm tra chi tiết có cung cấp bằng chứng cần thiết không, chi phí và lợi ích của việc thực hiện các thử nghiệm kiểm soát để đạt được mức rủi ro kiểm soát thấp. Nhóm kiểm toán có thể thực hiện một hoặc nhiều phương pháp kiểm tra chi tiết: chọn mẫu, kiểm tra 100%, kiểm tra các phần tử giá trị lớn, nhận diện và kiểm tra các phần tử chính.
Khi tiến hành kiểm toán, toàn bộ công việc được tiến hành trên phần mềm Explorer, toàn bộ các sai phạm, các chênh lệch đều phải thảo luận với nhóm kiểm toán và sau đó điều tra, hỏi với khách hàng. Trong khi đó, trưởng
nhóm sẽ tiếp tục hoàn thiện hồ sơ kiểm toán, cập nhật thông tin về khách hàng trong phần mềm Audit Care đảm bảo rằng thủ tục được thực hiện đạt được mức rủi ro chấp nhận được.
Quá trình kiểm toán, trưởng nhóm phải thường xuyên giám sát, hỗ trợ hoạt động của các thành viên trong nhóm. Công việc của các thành viên sẽ được kiểm tra sơ qua trước khi hết thời gian kiểm toán tại khách hàng để đảm bảo các thủ tục đã được tiến hành đầy đủ và hợp lý.