Mục tiêu của giai đoạn này là thu thập đầy đủ bằng chứng có hiệu lực làm cơ sở cho việc đưa ra kết luận kiểm toán đối với từng khoản mục, chu trình và toàn bộ báo cáo tài chính. Trong giai đoạn thực hiện kiểm toán toàn bộ các kỹ thuật thu thập bằng chứng được phối kết hợp để công việc có thể thực hiện một cách tốt nhất đáp ứng mục tiêu đề ra. Kỹ thuật đầu tiên được sử dụng và khá hiệu quả trong suốt giai đoạn làm việc tại khách hàng đó là kỹ thuật phỏng vấn. Thông tin thu thập được từ áp dụng kỹ thuật này có thể coi là nền tảng cho việc quyết định áp dụng kỹ thuật khác. Tuỳ thuộc vào đặc điểm của từng chu trình, phần hành mà kiểm toán viên lựa chọn kỹ thuật áp dụng cho phù hợp.
Trong buổi họp mặt với khách hàng vào ngày làm việc đầu tiên tại
khách hàng, kỹ thuật phỏng vấn được áp dụng để thu thập thông tin mới
nhất và khẳng định lại các thông tin đã có. Tại cuộc họp này, kiểm toán viên yêu cầu sự có mặt của giám đốc điều hành và kế toán trưởng của công ty. Với giám đốc điều hành công ty, kiểm toán viên sẽ hỏi các câu hỏi liên quan tới hoạt động kiểm soát nội bộ trong công ty, quy trình hoạt động và kiểm soát trong năm vừa qua, các sự kiện nổi bật ảnh hưởng tới hoạt động của công ty,
câu hỏi được sử dụng gồm cả câu hỏi mở để lấy thêm thông tin (câu hỏi như thế nào) và các câu hỏi đóng để xác nhận thông tin. Trưởng nhóm kiểm toán sẽ là người trực tiếp phỏng vấn giám đốc công ty, đây cũng nhằm thực hiện bước công việc tại phần hồ sơ chung của phần mềm Explorer. Với kế toán trưởng công ty, lần lượt từng thành viên trong nhóm kiểm toán sẽ có câu hỏi trực tiếp kế toán. Nội dung của cuộc phỏng vấn xoanh quanh từng khoản mục của báo cáo tài chính đặc biệt là những khoản mục trọng yếu: doanh thu, hàng tồn kho, các vấn đề liên quan tới tài sản cố định, lao động tiền lương, … Sau cuộc phỏng vấn, kế toán của công ty sẽ cung cấp lại toàn bộ báo cáo của công ty nếu có sự thay đổi nào đó. Và kể từ đây toàn bộ số liệu kế toán được chốt để kiểm toán viên có thể thực hiện công việc một cách nhất quán, thống nhất. Đây là cơ sở để trưởng nhóm thực hiện thủ tục phân tích số liệu trên Cbeam. Phần mềm này sẽ giúp thực hiện đối chiếu số liệu năm trước với năm nay, giúp cho trưởng nhóm có thể thâu tóm mọi vấn đề trong cuộc kiểm toán. Số liệu trên Cbeam là cơ sở để các thành viên trong nhóm sử dụng để thực hiện các công việc nhất quán.
Kỹ thuật phỏng vấn liên tục được sử dụng trong suốt quá trình kiểm toán để có thể giải đáp các thắc mắc một cách trực tiếp và hiệu quả. Kết quả phỏng vấn sẽ được kiểm chứng trong quá trình thực hiện thu thập bằng chứng và phân tích tiếp theo đồng thời kết quả của phỏng vấn sẽ đưa ra giải thích về việc kết quả phân tích biến động, về những sự kiện bất thường xảy ra trong năm tài chính.
Trong phần thực hiện kiểm toán này, mỗi thành viên trong đội kiểm toán thực hiện phần hành được giao theo thủ tục kiểm toán được thiết kế sẵn trong phần mềm Explorer. Việc thu thập bằng chứng để đưa ra ý kiến trong báo cáo kiểm toán là hết sức quan trọng và được thực hiện chủ yếu tại thời gian làm việc tại khách hàng. Trong giai đoạn này kiểm toán viên phải thu
thập được đầy đủ bằng chứng kiểm toán đầy đủ và đáng tin cậy làm căn cứ vững chắc cho ý kiến kiểm toán. Tại giai đoạn thực hiện kiểm toán, mỗi thành viên sẽ trực tiếp sử dụng các kỹ thuật để thu thập bằng chứng cho phần hành được giao. Luận văn sẽ tập trung trình bày cụ thể kỹ thuật thu thập bằng chứng trong chu trình Hàng tồn kho (trọng yếu) và chu trình Tiền lương-nhân viên (không trọng yếu).