Cho tới nay các doanh nghiệp KCN đã xúc tiến được nhiều mối liên kết chặt chẽ
giữa trong và ngoài KCN, đặc biệt với nhóm hàng nông sản. Cụ thể công ty giống cây trồng Tp. Hồ Chí Minh đã cung cấp 1.185 tấn cà tím cho công ty Hatchando (KCX Tân Thuận), đạt doanh thu gần 7 tỷđồng, tạo công ăn việc làm cho 400 công nhân. Ngoài ra, công ty Hatchando cũng đang triển khai gieo trồng và xây dựng vườn ươm cây ở huyện Củ Chi và đang xem xét mở rộng sản xuất ở Gò Dầu, Trảng Bàng thuộc tỉnh Tây Ninh.
Các công ty Tanaka và Asuzac có mối liên hệ chặt chẽ với các hộ nông dân ở Đà Lạt để
trồng hành hương, bí rợ Nhật và khoai mỡ trắng ở Long An. Diện tích gieo trồng các mặt hàng nông sản này ngày càng được mở rộng. Công ty TNHH Đế Lĩnh (KCX Tân Thuận) chuyên sản xuất bún miến, xuất khẩu sang các thị trường Mỹ, Nhật, Đài Loan, Philippines, Úc, Trung Đông, Đức và VN, cho biết: Một trong hai loại nguyên liệu chính
để sản xuất bún miến là tinh bột đậu xanh ướt mua từ Việt Nam, có hàm lượng dinh dưỡng cao, làm cho sợi bún miến trắng hơn, thơm hơn, được người tiêu dùng ở các thị
trường khó tính ưa chuộng. Còn đối với Công ty TNHH Theodore Alexander (KCX Linh Trung) đã kiến nghị Vụ chính sách thuế - Bộ Tài Chính, Tổng cục Thuế và Ban quản lý HEPZA xem xét và điều chỉnh thuế xuất khẩu đối với nguyên vật liệu từ nội địa bán vào KCX. Ông Jess Rueloekke, tổng giám đốc công ty, cho biết công ty ông chuyên sản xuất và xuất khẩu 100% hàng trang trí nội thất, nguyên liệu chính là gỗ xẻ mua từ các nguồn trong nước; từ ngày 1-1-2009, nguyên liệu này phải chịu thuế xuất khẩu 10% đã gây khó khăn cho công ty. Do công ty ông phải gián tiếp gánh 10% thuế xuất khẩu này từ các nhà cung cấp nên chi phí nguyên vật liệu cao hơn nhiều so với doanh nghiệp cùng ngành không nằm trong KCX”.
Hiện nay, phần lớn các doanh nghiệp chế xuất đều sử dụng nguyên liệu từ nước ngoài để sản xuất sản phẩm xuất khẩu, từ các loại hạt nhựa, vải, sắt thép... đến các loại nông sản thực phẩm. Ngay cả những loại nông sản Việt Nam vốn dồi dào như gạo, đậu xanh, đậu nành, khoai tây... nhiều doanh nghiệp cũng chọn nhập hàng từ Thái Lan, Đức,
Đan Mạch chứ không mua từ nội địa. Theo một cán bộ Ban quản lý HEPZA, hàng nội chưa vào được KCX một phần là do có đến 70% - 80% nguyên liệu của các doanh nghiệp chế xuất do công ty mẹ hoặc đối tác nước ngoài cung cấp, chỉ định. Tuy nhiên, cũng phải kể đến nguyên nhân chủ quan từ các nhà cung cấp trong nước: chất lượng nguyên liệu nội địa chưa đồng bộ, qui mô nhỏ lẻ và chưa có đơn vị sản xuất tập trung, đầu mối cung ứng sản phẩm ổn định. Ngoài ra, các yếu tố giá cả, thủ tục xuất nhập khẩu... cũng ảnh hưởng đến sự chọn lựa mua hàng của doanh nghiệp chế xuất. Như vậy, phải chăng chúng ta đã bỏ qua một thị trường không nhỏ mà thành phố có thể xuất khẩu trong tầm tay, đó là các KCN? Hiện nay tỷ lệ nội địa hóa các nguyên liệu cung ứng cho các
doanh nghiệp trong KCN còn thấp (chỉ chiếm khoảng 15%) vì vậy chưa phản ánh được khả
năng thực sự của thành phố. Một chuyên gia ước tính nếu nâng tỷ lệ nội địa hóa lên khoảng 50% mỗi năm, Tp. HCM đã có thể xuất khẩu tại chỗ lên đến 500 triệu USD mà không cần
đi đâu xa. Rõ ràng, đây là một thị trường vừa gần, vừa thuận lợi và khá ổn định nhưng thành phố chưa tận dụng và khai thác được; và cũng tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh và giảm chi phí đầu vào cho doanh nghiệp trong các KCN.
Các nguyên nhân chủ yếu gây cản trở cho hoạt động này:
- Chất lượng hàng hoá chưa có độ tin cậy cao và ổn định, không đáp ứng được yêu cầu của các doanh nghiệp FDI.
- Giá nguyên liệu trong nước thường cao hơn so với nhập từ nước ngoài khiến giá thành sản phẩm trong nước cao hơn so với sản phẩm cùng loại. Nếu nguyên liệu của Việt Nam có mức giá bằng mức giá của khu vực thì các doanh nghiệp sẽ có được giá thành lợi thế hơn, tăng sức cạnh tranh. Khi đó, không cần khuyến khích, các doanh nghiệp trong các KCN cũng sẽ sử dụng nguyên liệu tại chỗ.
- Thủ tục mua bán còn nhiêu khê và không hợp lý
- Việc áp dụng thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp KCX và đặc biệt là vấn đề hoàn thuế cho các doanh nghiệp nội địa khi các doanh nghiệp này bán hàng vào KCX, còn gây nhiều phiền hà, thậm chí một số doanh nghiệp KCX phải chịu thuế
GTGT cho doanh nghiệp nội địa khi nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất tại KCX. Theo quy định số 34/1999/TT-BTC thì hàng hóa từ nội địa bán vào KCX chịu thuế GTGT bằng 0% đối với các doanh nghiệp trong KCX nhưng phải mở tờ khai hải quan để chứng minh là hàng thực tế đã xuất khẩu. Điều này gây nhiều phiền hà cho các doanh nghiệp trong KCX do tăng chi phí và tốn thời gian làm thủ tục. Ngoài ra theo quy định của Thông tư
79/2009/TT-BTC thì các hàng hóa mua từ nội địa vào KCX phải làm thủ tục hải quan, thanh khoản số lượng nhập xuất tồn kho nên thủ tục rất phức tạp và làm tăng chi phí.
- Thông tin không đầy đủ: doanh nghiệp trong KCX thiếu thông tin về thị trường nguyên liệu nội địa và các doanh nghiệp nội địa và ngược lại. Tại Việt Nam, ít có hoạt
động giao lưu, hội chợđể nông dân học hỏi kinh nghiệm, đóng góp ý kiến nhằm tăng hiệu quả canh tác. Cũng không có nhiều trường lớp dạy về nông nghiệp. Bên cạnh đó, nếu so
với các nước thì hoạt động hỗ trợ cho lĩnh vực nông nghiệp tại Việt Nam rất ít khiến hàng nông nghiệp Việt Nam giảm lợi thế cạnh tranh so với các nước.