So với các nước trong khu vực như Thái Lan, Inđônêxia..., cơ sở hạ tầng dịch vụ phục vụ cho nền nông nghiệp của chúng ta còn kém xa. Hạ tầng thương mại dịch vụ phục vụ cho ngành nông nghiệp còn thiếu nhiều trong khi chi phí cầu cảng, chi phí đợi bốc xếp lại cao so với mặt bằng trong khu vực. Hệ thống pháp lý phức tạp, thiếu minh bạch và hay thay đổi gây cản trở cho rất nhiều nhà đầu tư vào lĩnh vực này.
Trình độ quản lý của cán bộ trong lĩnh vực nông nghiệp yếu kém, tư tưởng tiểu nông còn in sâu trong tiềm thức của chúng ta gây cản trở cho quá trình đổi mới và áp dụng khoa học kỹ thuật vào sản xuất và nuôi trồng. Hầu hết các cơ sở sản xuất vẫn chưa nhận thức đúng đắn tầm quan trong của vấn đề vệ sinh dịch tễ, các tiêu chuẩn về an toàn và chất lượng quốc tế. Kiến thức nhà nông dựa vào kinh nghiệm là chính mà thiếu chuyên môn hay cơ sở khoa học. Quá trình đổi mới chậm chạp và còn thụ động hạn chế rất nhiều khả năng canh và hội nhập của nông nghiệp Việt Nam.
1.2.2.3. Khí hậu nhiệt đới thất thường thường xuyên đe doạ đến năng suất và chất lượng của nền nông nghiệp
Hàng năm, nước ta phải đối phó với thiên tai gây thiệt hại lớn cho ngành sản xuất nông nghiệp, xói mòn thoái hóa đất canh tác, ô nhiễm môi trường, làm
cạn kiệt tài nguyên rừng. Trong khi đó cơ sở vật chất phục vụ cho công tác phòng chống thiên tai còn lạc hậu, công tác phòng chống và khắc phục thiên tai thiếu tổ chức chặt chẽ và hết sức thụ động, đối phó. Điều này dẫn đến sự bất ổn trong phát triển nông nghiệp Việt Nam và ảnh hưởng đến việc thực hiện các hợp đồng hay giao dịch quốc tế về hàng nông sản mà chúng ta tham gia.