Tuy nhiên, để năng lực cạnh tranh của chúng ta trên hai thị trường này được nâng cao cần khắc phục nhiều hạn chế lớn. Mặc dù sản lượng của chúng ta về một số mặt hàng như gạo, cà phê, hạt điều là khá lớn, nhưng lại chưa ổn định. Điều này khiến nguồn cung của chúng ta vào EU và Nhật Bản không đều và chưa tạo được uy tín. Chúng ta bị phụ thuộc vào điều kiện thời tiết và thị trường thế giới rất lớn làm cho sản lượng trong nước cũng như xuất khẩu trở nên bấp bênh.
Nguyên nhân dẫn đến sự không ổn định của xuất khẩu trên là do phần lớn quy hoạch nông sản chưa có trọng tâm, chưa tập trung tối ưu để tạo ra những vùng sản xuất có tính cạnh tranh. Số vùng chuyên canh còn quá ít. Do vậy, sản phẩm thu hoạch rải rác, trong khi khách hàng cần lượng lớn, thời gian giao hàng ngắn vì vậy khó có thể thu gom đủ. Ngoài ra, do giống và quy trình chăm sóc không đồng đều, nguồn nguyên liệu lại không ổn định cũng là một nguyên nhân gây ảnh hưởng đến chất lượng chế biến. Việt Nam chưa hình thành được các vùng chuyên canh sản xuất hàng tươi sống và vùng nguyên liệu tập trung cho các nhà máy chế biến lớn theo yêu cầu kỹ thuật và kinh tế. Gạo của Việt Nam chưa đảm bảo độ đồng nhất về quy cách chất lượng ngay
trong từng lô gạo, bao bì đóng gói kém hấp dẫn và chưa có nhãn thương hiệu của doanh nghiệp mình trên vỏ bao bì. Điều đó làm cho giá xuất khẩu của nông sản Việt Nam thấp hơn các nước khác.