Thủ tục hành chớnh trong ngành Hải quan thực chất là một trong những loại TTHC núi chung, do đú cũng mang đặc điểm của TTHC:
Thứ nhất, TTHC là trỡnh tự thực hiện thẩm hiện thẩm quyền trong quản lý hành chớnh nhà nước. TTHC do phỏp luật hành chớnh quy định và cú tớnh chất bắt buộc đối với cỏc cơ quan, tổ chức và cỏ nhõn cú liờn quan.
Thứ hai, TTHC là thủ tục viết. Hoạt động quản lý hành chớnh nhà nước được thực hiện chủ yếu tại văn phũng của cụng sở nhà nước và kết quả của hoạt động này chủ yếu thể hiện bằng bằng văn bản cho nờn việc thực hiện TTHC gắn bú mật thiết với cụng tỏc văn thư, được hỗ trợ bởi cụng tỏc văn thư.
Thứ ba, TTHC được thực hiện bởi nhiều cơ quan và người cú thẩm quyền. Một TTHC cú thể được nhiều chủ thể cú thẩm quyền cựng thực hiện. Cỏc chủ thể này là chủ thể quản lý hành chớnh nhà nước và cỏn bộ, cụng chức hành chớnh nhà nước. Ngoài cơ quan hành chớnh nhà nước và cỏn bộ, cụng chức hành chớnh là những chủ thể chủ yếu tiến hành TTHC, theo quy định
phỏp luật hiện hành, cỏc cơ quan quyền lực nhà nước, Tũa ỏn, Viện kiểm sỏt...và một số tổ chức, cỏ nhõn khỏc cũng tiến hành những TTHC nhất định.
Thứ tư, TTHC là thủ tục giải quyết cụng việc nội bộ nhà nước và cụng việc liờn quan đến việc thực hiện quyền và nghĩa vụ của cỏc tổ chức, cỏ nhõn khỏc nhau cho nờn cú nhiều loại TTHC khỏc nhau. Mỗi loại đặt ra trỡnh tự và những yờu cầu khỏc nhau đối với cỏc cơ quan, tổ chức và cỏ nhõn cú liờn quan.
Ngoài những đặc điểm chung của TTHC, TTHQ cũn mang những đặc điểm riờng:
Thứ nhất, TTHQ mang tớnh chất đặc thự với cỏc nghiệp vụ chuyờn sõu. Việc tiến hành TTHQ đũi hỏi phải ỏp dụng tổng hợp cỏc kỹ năng chuyờn ngành liờn quan đến xỏc nhận xuất xứ, phõn loại hàng húa, trị giỏ hải quan, quản lý rủi ro (QLRR).
Thứ hai, TTHQ được thực hiện chủ yếu tại biờn giới quốc gia. Đõy là địa bàn hoạt động chớnh của cơ quan hải quan nhằm kiểm tra, giỏm sỏt hàng húa xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh và quỏ cảnh lónh thổ Việt Nam.
Thứ ba, TTHQ mang tớnh chất liờn ngành. Điều này được lý giải bởi quyết định thụng quan hàng húa của cơ quan hải quan phải dựa trờn cỏc quyết định hành chớnh cú hiệu lực ở cỏc bộ, ngành cú liờn quan khỏc. Hiện nay, theo quy định của phỏp luật, để thụng quan hàng húa thỡ tựy từng trường hợp; doanh nghiệp phải nộp hồ sơ hải quan bao gồm:
Cỏc loại giấy phộp, cỏc giấy tờ quản lý chuyờn ngành của 12 Bộ, Ngành liờn quan như: giấy phộp xuất khẩu; giấy phộp nhập khẩu; giấy chứng nhận xuất xứ hàng húa; giấy kiểm tra hoặc thụng bỏo miễn kiểm tra của cơ quan kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, cơ quan kiểm dịch đối với hàng húa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc danh mục sản phẩm, hàng húa phải kiểm tra về chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm, về kiểm dịch động vật và thực vật; giấy xỏc nhận hàng húa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho quốc phũng hoặc phục vụ trực tiếp cho an ninh [1].
Thứ tư, TTHQ gắn liền với tự động húa, điện tử húa. Đõy là một đặc điểm đặc trưng của TTHQ hiện nay, sử dụng phương thức điện tử để cải cỏch, hiện đại húa quy trỡnh thủ tục đảm bảo cho hàng húa được lưu thụng thụng suốt nhưng vẫn đảm bảo cụng tỏc kiểm tra, giỏm sỏt hải quan. Ngoài ra, việc triển khai TTHQĐT đỏp ứng được yờu cầu thực hiện cỏc cam kết quốc tế của Việt Nam, nõng cao hiệu lực, hiệu quả quàn lý nhà nước về hải quan, đỏp ứng yờu cầu cải cỏch, hiện đại húa hải quan theo định hướng chung của Ngành, của Bộ và của Chớnh phủ.