Cải cỏch TTHC trong ngành Hải quan hiện nay muốn đạt được sự thống nhất, đồng bộ và mang lại lợi ớch cho doanh nghiệp thỡ sự cải cỏch đú khụng chỉ xuất phỏt từ quy trỡnh thủ tục của riờng ngành Hải quan mà cũn cú sự chi phối cỏc TTHC tại cỏc cơ quan Chớnh phủ khỏc. Đõy cũng là một điểm đặc thự của ngành Hải quan trong hoạt động xuất nhập khẩu hàng húa.
Hiện nay, sự phối kết hợp của ngành Hải quan với cỏc Bộ Ngành khỏc trong việc rà soỏt cỏc TTHC cú liờn quan tương đối nhiều. Để xõy dựng cơ chế một cửa quốc gia, ngành Hải quan khụng chỉ thống kờ quy trỡnh thủ tục trong phạm vi ngành mỡnh mà cũn rà soỏt một số quy trỡnh thủ tục cú liờn quan tại cỏc Bộ Ngành khỏc. Trong đú cú cỏc cụng việc như tỏi thiết kế quy trỡnh tiếp nhận, xử lý và ra quyết định của cỏc cơ quan chớnh phủ tham gia Cơ chế một cửa hướng tới xõy dựng hệ thống cỏc quy trỡnh mẫu duy nhất dành cho cỏc cơ quan chớnh phủ; Tiờu chuẩn húa và hài hũa húa hệ thống hồ sơ, chứng từ và cỏc chỉ tiờu thụng tin phục vụ thụng quan hàng húa hướng tới xõy dựng bộ hồ sơ hành chớnh duy nhất phục vụ thụng quan hàng húa. Như đó phõn tớch ở trờn, Cơ chế một cửa quốc gia cú sự tham gia của cỏc Bộ ngành, trong đú cơ quan Hải quan là cơ quan ra quyết định cuối cựng dựa trờn cỏc quyết định của cỏc cơ quan Chớnh phủ khỏc.
Do đú, sự phối kết hợp này cần phải được tăng cường. Việc thực hiện cơ chế một cửa hiện nay đó thành lập Ban chỉ đạo quốc gia về cơ chế một cửa ASEAN, đứng đầu là Bộ trưởng Bộ Tài chớnh, cỏc thành viờn là Thứ trưởng cỏc Bộ, Ngành để khẳng định sự chỉ đạo của người đứng đầu trong quỏ trỡnh thực hiện cơ chế một cửa quốc gia.
Để tăng cường sự phối hợp, trao đổi giữa cỏc Bộ Ngành cần cú một chớnh sỏch huy động cỏc nguồn lực tham gia vào quỏ trỡnh cải cỏch TTHC núi chung và TTHQ núi riờng.
- Xỏc định cỏc đầu mối tại cỏc Bộ Ngành để đảm bảo sự tham gia xuyờn suốt, thống nhất trong quỏ trỡnh cải cỏch
- Cú cơ chế phối hợp cũng như cơ chế tài chớnh để động viờn sự tham gia của nguồn lực này
- Tăng cường sự trao đổi trực tiếp, thỏo gỡ vướng mắc
- Xõy dựng cơ chế trao đổi thụng tin giữa cỏc cơ quan chớnh phủ tham gia Cơ chế một cửa
Cơ chế phối hợp giữa cơ quan hải quan và cỏc Bộ, Ngành liờn quan để giải quyết thủ tục thụng quan hàng húa xuất khẩu nhập khẩu tải hải quan cửa khẩu cần tập trung nghiờn cứu cỏc nội dung sau đõy:
- Xỏc định cụ thể tần suất xuất nhập khẩu của từng nhúm hàng húa tại từng cửa khẩu; gắn với từng nhúm hàng húa đú là là cỏc Bộ, Ngành chuyờn mụn liờn quan; những vướng mắc chủ yếu của từng nhúm hàng khi thực hiện thủ tục thụng quan; những thực tiễn tốt từ khảo sỏt kinh nghiệm quốc tế, bao gồm cả những yờu cầu, điều kiện để thực hiện cơ chế phối hợp, những vấn đề cần lưu ý hoặc những bài học kinh nghiệm khi xõy dựng cơ chế phối hợp tại những quốc gia được khảo sỏt;
- Xỏc định mụ hỡnh tổ chức của Hải quan cửa khẩu trờn cơ sở biệt phỏi cỏn bộ của Bộ, Ngành dưới dự chỉ đạo của Chi cục trưởng hải quan cửa khẩu; chuẩn húa quy trỡnh giải quyết cụng việc của cỏc lực lượng làm việc tại hải quan cửa khẩu;
- Xỏc định cơ chế phối hợp giải quyết những vấn đề chuyờn ngành vượt thẩm quyền của hải quan cửa khẩu (hải quan và lực lượng liờn ngành);
- Xỏc định yờu cầu về cơ sở vật chất và điều kiện làm việc của cơ quan hải quan tại cửa khẩu để đảm bảo cỏc bộ, ngành chuyờn mụn phối hợp với hải quan trong việc thụng quan hàng húa xuất nhập khẩu tại hải quan cửa khẩu.
- Xỏc định cụ thể những cửa khẩu, nhúm hàng ỏp dụng cơ chế phối hợp theo hướng chỉ thực hiện tại những cửa khẩu cú lưu lượng hàng húa xuất nhập khẩu lớn.
- Đề xuất cơ chế tài chớnh đối với cỏc hoạt động phối với bộ, ngành và chế độ đối với cỏn bộ biệt phỏi.