Cỏc TTHC trong ngành Hải quan hiện nay phần lớn là cỏc thủ tục liờn quan trực tiếp tới việc xuất khẩu, nhập khẩu hàng húa và xuất cảnh, nhập
cảnh, quỏ cảnh phương tiện vận tải. Một trong những điểm đặc thự của TTHC trong ngành Hải quan là mang tớnh quốc tế, cú nghĩa là ngoài cỏc quy định của phỏp luật trong nước thỡ cỏc thủ tục này cũn chịu sự điều chỉnh của nhiều Điều ước quốc tế mà Việt Nam đó ký kết hoặc tham gia với tư cỏch thành viờn. Hải quan Việt Nam đó tham gia Cụng ước Kyoto về Đơn giản húa và Hài hũa húa TTHQ, năm 1997, Cụng ước Hài hũa mụ tả và mó húa hàng húa (Cụng ước HS), năm 1998. Về cơ bản rất nhiều thủ tục về hải quan đó dần tiến tới thống nhất với hải quan quốc tế.
Bờn cạnh đú, hải quan cú vai trũ chủ chốt trong thương mại quốc tế và tạo thuận lợi cho cỏc hoạt động thương mại hợp phỏp. Khi hàng húa được dịch chuyển qua biờn giới, chủ hàng phải cung cấp, xuất trỡnh thụng tin, tài liệu, hàng húa cú thể bị kiểm tra thực tế. Điều này sẽ làm phỏt sinh chi phớ hành chớnh đối với cỏc giao dịch thương mại, TTHC ỏp dụng phương phỏp quản lý hiện đại thụng qua việc nội luật húa cỏc chuẩn mực, thụng lệ và cam kết quốc tế, ứng dụng mạnh mẽ cỏc thành tựu của CNTT trong toàn bộ quỏ trỡnh thực hiện TTHQ được thực hiện sẽ giỳp giữ cỏc chi phớ này ở mức thấp mà khụng làm phỏt sinh rủi ro lớn đối với hải quan. Chớnh vỡ vậy, việc xõy dựng thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT) trong ngành Hải quan thời gian qua đó trở thành một cụng cụ quan trọng trong tiến trỡnh cải cỏch hành chớnh của toàn ngành. TTHQĐT được xỏc định là giữ vai trũ quan trọng nhất trong cỏc biện phỏp tạo thuận lợi thương mại như bảo đảm sự tuõn thủ với cỏc quy tắc thương mại quốc tế, giảm tiếp xỳc trực tiếp giữa cỏn bộ hải quan và doanh nghiệp, bảo đảm sự bỡnh đẳng và thỳc đẩy sự cạnh tranh cho cỏc chủ thể liờn quan tới cỏc hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, đảm bảo cho doanh nghiệp dễ dàng tiếp cận và sử dụng cỏc dịch vụ cụng do cơ quan hải quan cung cấp, tăng tớnh cạnh tranh của cỏc doanh nghiệp thụng qua việc giảm thiểu cỏc loại chứng từ, tài liệu và cỏc thủ tục khụng cần thiết… Yếu tố giảm thiểu cỏc loại chứng từ, thủ tục được coi là động lực quan trọng để doanh nghiệp giảm chi phớ, thời gian, nhõn lực:
Tại những nước đi đầu về thực hiện TTHQĐT trờn thế giới như Singapore, trước khi cú hệ thống TradeNet; cỏc doanh nghiệp Singapore thường phải nộp khoảng 21 loại chứng từ tới 23 cơ quan khỏc nhau, quy trỡnh xử lý thường mất 15-20 ngày. Sau khi ỏp dụng hệ thống TradeNet, cỏc doanh nghiệp chỉ phải nộp 2 loại chứng từ và nhận tất cả cỏc chấp thuận cần thiết của chớnh phủ trong vũng 15 phỳt. Với những ưu thế đú, việc thực hiện thương mại điện tử đó "tiết kiệm 15% giỏ trị hàng húa nhập khẩu; hệ thống này làm tăng tớnh hiệu quả và tiết kiệm được hơn 1 tỷ USD mỗi năm", tạo điều kiện cho cỏc doanh nghiệp vừa và nhỏ cú thể tham gia vào cỏc hoạt động thương mại quốc tế [24].
Áp dụng cỏc cỏc chuẩn mực quốc tế trong quỏ trỡnh thực hiện cải cỏch TTHC trong ngành Hải quan là khớa cạnh kỹ thuật được cỏc tổ chức quốc tế (Tổ chức thương mại thế giới, Tổ chức Hải quan thế giới, Cơ quan Liờn hợp quốc về Thương mại và Phỏt triển…) yờu cầu cỏc nước thực hiện nhằm tăng cường độ chắc chắn và khả năng dự bỏo của quy định và chớnh sỏch thương mại thụng qua việc chuẩn húa cỏc định nghĩa, cỏc thụng tin, tài liệu về hàng húa xuất khẩu, nhập khẩu phải xuất trỡnh hoặc nộp trờn cơ sở ỏp dụng những chuẩn mực thống nhất trờn phạm vi toàn cầu.
Bờn cạnh đú, việc ỏp dụng cỏc chuẩn quốc tế trong quy trỡnh TTHQ sẽ giỳp loại bỏ cỏc thụng tin, thủ tục trựng lặp; giảm thiểu sự sai sút trong quỏ trỡnh thực hiện nhiều lần thủ tục giống nhau; làm cho thụng tin trở nờn đơn giản, dễ hiểu. Và hài hũa húa thủ tục, quy trỡnh nghiệp vụ của cơ quan hải quan với cỏc cơ quan quản lý khỏc và doanh nghiệp là quỏ trỡnh tỡm ra sự tương đồng và cỏc giải phỏp tối ưu để chuẩn húa quy định, TTHC và cỏc quy trỡnh nghiệp vụ; làm giảm những cản trở, gúp phần tạo thuận lợi cho lưu thụng hàng húa quốc tế, giỳp cho mỗi doanh nghiệp lựa chọn cỏc quy trỡnh nghiệp vụ phự hợp với năng lực và phương thức điều hành của mỡnh.
Một khớa cạnh khỏc của phương phỏp quản lý hiện đại là ỏp dụng kỹ thuật QLRR trong quy trỡnh TTHQ. "Rủi ro cú nghĩa là khả năng một điều gỡ đú sẽ xảy ra, ngăn chặn việc ỏp dụng cỏc biện phỏp xử lý của cộng đồng hoặc của quốc gia liờn quan đến đối xử hàng húa của Hải quan". Để giảm thiểu việc xảy ra cỏc rủi ro, cơ quan hải quan cú thể sử dụng QLRR như một kỹ thuật để đưa ra cỏc ưu tiờn và phõn bổ hiệu quả hơn cỏc nguồn lực cần thiết cho việc duy trỡ sự cõn bằng giữa kiểm soỏt và tạo thuận lợi cho thương mại hợp phỏp. Vỡ vậy QLRR cú thể được định nghĩa như một kỹ thuật để xỏc định cú hệ thống và thực hiện tất cả cỏc biện phỏp cần thiết để giới hạn khả năng rủi ro xảy ra. Cỏc chiến lược QLRR quốc tế và quốc gia cú thể được thực hiện hiệu quả bằng cỏch thu thập dữ liệu, thụng tin; phõn tớch dữ liệu và đỏnh giỏ rủi ro, mụ tả hành động và theo dừi cỏc kết quả đầu ra.
Với phương phỏp quản lý hiện đại sẽ khắc phục những nhược điểm phổ biến của quản lý hành chớnh là làm theo thúi quen, kinh nghiệm, tựy tiện trờn cơ sở thực hiện cỏc chuẩn mực quốc tế được thực hiện trờn cơ sở rà soỏt cỏc TTHC, cỏc quy trỡnh nghiệp vụ nhằm xõy dựng một quy trỡnh xử lý cụng việc nhất quỏn, khoa học, hợp lý, xỏc định rừ cụng việc, người thực hiện cụng việc, cỏch thức, trỡnh tự và cỏc biểu mẫu thực hiện; đảm bảo cơ sở, căn cứ phỏp lý để người lónh đạo cú thể kiểm soỏt được quỏ trỡnh giải quyết cụng việc nội bộ của cơ quan hải quan. Bờn cạnh đú, mọi TTHQ đều được thực hiện theo cỏc quy trỡnh, cỏch thức nhất định, do đú cỏc quy định của Nhà nước về hoạt động hải quan đều được thực hiện thống nhất, theo đú mà cỏc chủ thể hoạt động xuất nhập khẩu đều được đối xử như nhau.