Vào cuối năm 1993, khi chính phủ có chủ trơng di chuyển bến xe ra khỏi trung tâm thành phố thì chính lúc đó công ty quản lý bến xe Hà Nội cũng đang trong tình trạng bế tắc vì bến xe Kim Liên đang có những vấn đề bất cập trong sử dụng. Ban giám đốc đã tìm ra một hớng đi mới cho vấn đề này là xúc tiến hợp tác, liên doanh tìm các đối tác có khả năng tài chính để giải quyết vấn đề khó khăn của mình. Sau một thời gian nỗ lực công ty quản lý bến xe Hà Nội đã tìm ra đợc một đối tác phù hợp để hợp tác liên doanh đó là công ty Hà Nội Sakura Plaza Ivestment Co. Ltd của Nhật Bản. Đợc sự ủng hộ và giúp đỡ của chính phủ cũng nh của bộ kế hoạch và đầu t, ngày 25/1/1994 hai công ty đã đợc cấp giấy phép đầu t số 773/GP do chính Bộ Kế hoạch và Đầu t cấp. Với tổng số vốn đầu t ban đầu là 15 triệu USD sau đó để tăng quy mô dự án Khách sạn, vốn đầu t đợc nâng lên 58,5 triệu USD và đã đợc Bộ Kế hoạch và đầu t chấp thuận theo giấy phép đầu t sửa đổi cấp ngày 25/11/96. trong đó công ty quản lý bến xe Hà Nội góp 40% vốn và công ty Sakura Hà Nộ Plaza Ivestment Co.Ltd nắm giữ 60% vốn. Trong giấy phép có quy định về quy mô dự án là xây dựng một toà nhà Khách sạn 15 tầng tiêu chuẩn quốc tế 5 sao và một nhà để xe với thời hạn liên doanh là 40 năm.
Sau đó công ty liên doanh Sakura Hà Nội Plaza đã ký hợp đồng quản lý với công ty quản lý Khách sạn JAL Hotels Company Ltd (JHC). JHC là một công ty nhánh của hãng hàng không Nhật Bản. Đồng thời là tập đoàn quản lý
Khách sạn hàng đầu tại Nhật Bản, hiện đang điều hành chuỗi Khách sạn quốc tế Nikko và chuỗi Khách sạn JAC City Nikko là từ viết tắt của “nihon” (có nghĩa là Nhật Bản) và “Koku” (có nghĩa là hàng không) – công ty có vốn đầu t 12 tỷ yên. Tính đến cuối năm 1999 JHC điều hành 50 Khách sạn, trong đó 25 Khách sạn ở Nhật Bản, và 25 Khách sạn ở các nớc trên thế giới với tổng cộng 18.815 phòng và hơn 15.000 nhân viên.
Sau khi ký hợp đồng quản lý với công ty JHC và chính thức mang tên Khách sạn Nikko Hà Nội, Khách sạn đã đợc phép đứng trong đội ngũ các Khách sạn Nikko, dù ở bất cứ nơi nào trên thế giới đều có cùng một tiêu chuẩn về phục vụ và các loại hình dịch vụ tơng tự do tập đoàn JHC quy định.
Để chuẩn bị cho việc khai trơng, Ban giám đốc thuê toàn bộ tầng 3 của toà nhà công ty Gat Building (tại 104 Trần Hng Đạo Hà Nội) làm trung tâm đào tạo cho nhân viên của tất cả các khu vực hoạt động trong Khách sạn. Thời gian đào tạo là 6 tháng liên tục, chú trọng vào 2 lĩnh vực: nâng cao khả năng nghiệp vụ chuyên môn và thái độ giao tiếp theo chuẩn mực của tập đoàn Khách sạn quốc tế Nikko để duy trì Khách sạn quốc tế 5 sao; các trởng bộ phận ngời nớc ngoài tham gia đào tạo với sự giúp đỡ của các giáo viên nớc ngoài thuộc trung tâm Anh ngữ Apolo.
Ngày 3/8/98 Khách sạn đã mở cửa khai trơng thử và tiếp tục đào tạo nâng cao tay nghề trong công việc cho nhân viên.
Ngày 12/10/98 Khách sạn chính thức khai trơng hoạt động hoà nhập vào hàng ngũ các Khách sạn quốc tế cao cấp ở thủ đô Hà Nội. Với lối kiến trúc mang đậm phong cách á Đông Nhật Bản truyền thống, Khách sạn Nikko tạo cho du khách cảm giác thân thiện cởi mở ngay từ khi đến.