Tên là Kiểu, con trưởng vua Cao Tôn, ở ngôi vua 14 năm, bị Trần Thủ độ giết. Vua là người tài hèn, gặp hy loạn, vì người vợ đẹp mà gây nên biến loạn, không biết tìm người kế tự, họ Lý mới bị mất nước.
Niên hiệu Kiến Gia thứ nhất, vua sai đưa thuyền rồng đi rước Trần Thị về, anh Thị là Trần Tự khánh lấy cớ bấy giờ đương loạn, chưa cho rước về. Vua lại sai Phạm Bố đi đón rước vào cung lập làm Nguyên phi, cho Trung Từ làm Thái úy phụ chính, phong cho Tự Khánh làm Chương Thành hầu. Bấy giờ đâu đâu cũng có giặc cướp nổi lên, không ngăn cấm nổi, Vua ủy nhiệm cả việc nước cho Đàm Dĩ Mông, mà Dĩ Mông là người nhu nhược, không biết quyết đoán. Chính sự ngày một rối nát, vua sai Đoàn Thượng mộ dân Hồng Châu1 đi tiễu giặc, Thượng thấy vua còn tính trẻ con, nhân cơ hội chuyên quyền tác oai tác phúc, bị uần thần hạch, phải giam vào ngục tra xét. Thượng rút gươm một thân chạy đi Hồng Châu, xây đồn luỹ mà ở, tiếm hiệu là Vương, triều đình không chế ngự được.
Trần Tự Khánh đem quân phạm vào kinh đô, xin rước Vua đi, Vua sinh nghi, xuống chiếu gọi quân các đạo bắt Tự Khánh, giáng Nguyên phi xuống làm Ngự nữ. Tự khánh đến quân môn tạ tội, lại xin rước Vua đi, Vua lại càng nghĩ, mới cùng Thái hậu đi Lạng Châu; Tự Khánh nghe tin Vua đi rồi, Ngự nữ lâu nay bị Thái hậu làm khổ, lại đưa quân xin rước Vua như trước, Vua sách phong Ngự nữ làm Phu nhân. Bà Thái hậu cho Tự Khánh là phản trắc, thường chỉ Phu nhân là đảng của giặc, bắt ép phải tự xin rút lui, lại sai người đầu độc nữa, Vua đều ngăn đi cả, đương đêm Phu nhân chạy đến trại quân của Tự Khánh, vừa gặp lúc ấy Tự Khánh đưa thuyền đến đón. Vua đóng ở châu Cửu Liên, gọi Tự Khánh vào chầu, cho làm Thái úy Phụ chính. Tự Khánh điều bổ quân ngũ, sắm sửa chiến khí, tập võ nghệ, thanh thế quân mới hơi được chấn khởi.
Người Mán Quảng Oai khởi loạn, Vua sai Nguyễn Nộn đi đánh. Nộn là cư sĩ ở chùa Phù Đổng, bắt được vàng và ngọc bích không tiến Vua, có chiếu bắt, Tự Khánh lấy cớ Nộn đương mạnh muốn dùng lực lượng của y, tâu xin tha cho Nộn, cho tòng quân đánh giặc để chuộc tội, nhưng bấy giờ đương lúc nhiễu hoạn nạn, Nộn chiếm cứ Phù Đổng tự xưng là Hoài Đạo Vương, triều đình không trị nổi.
Trần Tự Khánh mất, Vua cho Trần Thừa làm Thừa Phụ quốc Thái úy, khi có sớ tấu không phải xưng tên.
Sử thần bàn rằng: Vua Huệ Tôn tìm sắc đẹp ở trong làng chài lưới, cha chết chưa chôn mà ở trước cữu sai người đi đón con gái, trong cung được lúc lo buồn, bỏ mẹ
mà cùng chạy trốn với gái, ân ái như thế, cớ gì Tự Khánh lại đem quân đến kinh đô, cớ
gì nó lại rước vua, là vì nó muốn đem Huệ Tôn làm của hiếm có, giữ lấy ở tay nó, để sai khiến thiên hạ, cho nên nó thác ra là nhớ em gái, làm cho Huệ Tôn tin chắc mà giao phó thân cho nó, nếu Tự Khánh không chết, thì nó sẽ chẹt cổ Huệ Tôn mà cướp lấy ngôi báu, còn đợi đâu đến truyền ngôi vua cho con gái nữa? Đại để là trời muốn cho nhà Trần lên, cho nên đem Ngự nữ làm mê hoặc tâm chí Huệ Tôn; lại muốn đem ngôi vua cho con trai Trần Thừa, cho nên lại bắt Tự Khánh chết đi, để cho Trần Cảnh nhận ngôi vua ở Phật Kim. Đấy là tâm tích Tự Khánh và định án nhà Lý, nhà Trần hưng vong như thếđó.
Vua dần dần phát bệnh cuồng, tự xưng là Thiên tướng giáng trần, tay cầm cái mộc và giắt là cờ ơ trên búi tóc mà múa, mỏi mệt ra mồ hôi nhiều, nóng ráo khát nước, lại uống cả chính sự cho họ Trần, đại quyền dần sang tay người.
Vua xuống chiếu sách phong cho con gái thứ là Chiêu Thánh công chúa làm Thái tử, Vua truyền ngôi cho Thái tử rồi đi tu ở chùa Chân Giáo.
1 Hồng Châu. Nay thuộc đất tỉnh Hải Dương.