Do tính đa dáng veă maịt câu trúc và chức naíng cụa protein neđn đôi với nhieău lối protein khođng theơ thực hieơn phađn lối moơt cách thỏa đáng. Nói chung, có hai cách phađn lối protein khác nhau. Cách thứ nhât là dựa vào hình dáng, tính tan, chức naíng và thành phaăn hóa hĩc đeơ chia protein thành nhiêu nhóm. Dựa vào thành phaăn hóa hĩc, chia protein thành hai nhóm lớn: protein đơn giạn và protein phức táp.
Protein đơn giạn dựa vào tính tan được chia thành các nhóm nhỏ sau đađy:
Albumin: tan trong nước, bị kêt tụa ở noăng đoơ muôi khá cao (70-100). Nhóm protein này phoơ biên ở cơ theơ đoơng vaơt và thực vaơt. Tinh theơ albumin lòng traĩng trứng và albumin huyêt thanh được sử dúng roơng rãi trong nhieău lĩnh vực.
Globulin: khođng tan hoaịc tan rât ít trong nước, tan trong dung dịch loãng cụa các muôi trung tính. Các protein thuoơc nhóm này thường bị kêt tụa tromg dung dịch (NH4)2SO4 bán bạo hòa. Globulin có trong huyêt thanh máu, lòng traĩng trứng. Ở thực vaơt globulin có trong lá và trong hát cụa các cađy hĩ đaơu. Ở hát hòa thạo taơp trung chụ yea trong taăng aloron cụa hát.
Prolamin: khođng tan trong nước và dung dịch muôi loãng nhưng tan trong ethanol ho85c isopropanol 70-80%. Prolamin haău như chư có trong noơi nhụ chức tinh boơt cụa hát hòa thạo, ví dú gliadin cụa hát lúa mỳ, hordein cụa đái mách, zein cụa ngođ.
Glutelin: Chư tan trong dung dịch kieăm hoaịc acid loãng. Glutelin có trong noơi nhụ cụa hát hoà thạo và hát cụa moơt sô cađy khác, vì dú glutelin cụa hát lúa mỳ, oyzenin cụa hát lúa.
Prolamin và glutelin là các protein dự trữ đieơn hình cụa hát hòa thạo. Chúng kêt hợp với các thành phaăn khác trong noơi nhũ cụa hát táo thành moơt phức hợp có trĩng lượng phađn tử rât lớn, gĩi là gluten với câu trúc khođng gian vođ cùng phức táp.
Histon: Protein có tính base do chứa nhieău các aminoacid có tính base như lysine và arginine., deê tan trong nước, khođng tan trong dung dịch ammoniac loãng. Sẽ trình bày kỹ hơn nhóm protein này trong chương acid nucleic.
Ngày nay người ta có xu hướng chia protein thành hai nhóm lớn: protein hình caău và protein sợi. Protein hình caău có dáng hình caău hoaịc hình elíp. Hình dáng này có theơ xuât hieơn từ câu hình cụa moơt hoaịc moơt sô chuoêi polypeptide. Trong moơt sô trường hợp (thường gĩi là protein đơn giạn) những chuoêi polypeptide này khođng kêt
hợp với bât kỳ thành phaăn nào khác. Trong moơt sô trường hợp khác chuoêi polypeptide kêt hợp với moơt chât đaịc bieơt khođng có bạn chât aminoacid gĩi là nhóm theđm, hay
nhóm prostetic. Những protein lối này thường được gĩi là protein phức táp.
Protein phức táp thường được mođ tạ theo nhóm nhóm theđm cụa chúng, ví dú, hemoglobin thuoơc nhóm hemeprotein, có nhóm nhóm theđm là heme; còn các protein chứa lipid, glucid, kim lối, acid nucleic được xêp tương ứng vào các nhóm lipoprotein, glycoprotein, metaloprotein hoaịc nucleoprotein.
Nucleoprotein: Nhóm nhóm theđm là acid nucleic, apoprotein là các protein có tính base, vì vaơy chúng kêt hợp với nhau khá chaịt. Muôn tách rieđng chúng phại dùng dung dịch muôi hoaịc acid loãng. Nucleoprotein taơp trung trong nhađn tê bào và ribosome.
Nucleoprotein trong tinh dịch cá do acid nucleic kêt hợp với protamin, moơt polypeptide có trĩng lượng phađn tử gaăn baỉng 5.000 dalton, có tính base do chứa nhieău arginine.
Chromoprotein: là protein phức táp chứa nhóm nhóm theđm có màu. Tùy theo đaịc tính cụa nhóm prosteic mà các chromoprotein khác nhau có các màu khác nhau, ví dú hem (porphyrin chứa saĩt) có màu đỏ là nhóm nhóm theđm cụa hemoglobin, mioglobin, cytochrome C, catalase; riboflavine có màu vàng, là nhóm nhóm theđm cụa các flavoprotein.
Các chromoprotein có hốt tính sinh hĩc cao, tham gia trong nhieău quá trình sông quan trĩng như hođ hâp, các phạn ứng oxy hóa khử cụa quá trình thu nhaơn ánh sáng (rodopsin)…
Lipoprotein: Nhóm theđm là lipid. Lipoprotein đóng vai trò quan trĩng trong quá trình vaơn chuyeơn lipid trong cơ theơ. Lipid khođng tan trong nước, nhưng sau khi kêt hợp với protein, phaăn lipid kỵ nước cuoơn vào trong, phaăn apoprotein ưa nước làm thành lớp vỏ bĩc beđn ngoài neđn có theơ được vaơn chuyeơn trong mođi trường nước, ví dú như máu.
Glycoprotein: có nhóm theđm là các momo- hoaịc oligosaccharide. Glycoprotein có trong tât cạ các mođ đoơng vaơt, thực vaơt và vi sinh vaơt. Thuoơc nhóm glycoprotein có nhieău protien cụa máu như các imunoprotein, fibrinogene, musin trong nước bĩt và màng nhaăy, moơt sô enzyme (bromelain, ribonuclease B cụa tuyên túy), các protein câu trúc cụa màng tê bào. Phaăn glucid cụa glycoprotein cụa màng tê bào quay ra phía ngoài cụa màng tê bào, vừa làm nhieơm vú định hướng glycoprotein trong màng, vừa đóng vai trò “nhaơn biêt” giữa các tê bào. Các gôc glucid thường kêt hợp với các nhóm –OH cụa serine và threonine thođng qua các gôc N-acetylglucosamine hoaịc N- acetylgalactosamine.
Phosphoprotein: có nhóm theđm là acid phosphoric, kêt hợp với apoprotein qua các nhóm –OH cụa serine và threonine cụa protein. Phosphoprotein phoơ biên trong cơ theơ sinh vaơt, tham gia đieău hòa nhieău quá trình quan trĩng. Thuoơc nhóm này có moơt sô enzyme (như phosphoglucomutase, phosphorylase A), casein cụa sữa, vitelin cụa lòng đỏ trứng gà.
Metaloprotein: Theo định nghĩa chung cụa protein phức táp, trong phađn tử metaloprotein có chứa kim lối, thođng thường là Fe, Mg, Cu, Zn, Mo v.v…
Metaloprotein có theơ có nhieău chức naíng khác nhau như vaơn chuyeơn và dự trữ kim lối, lieđn kêt giữa kim lối với apopotein khođng beăn, trực tiêp tham gia trong hốt đoơng xúc tác cụa enzyme.
Kieơu phađn lối protein thứ hai là chia protein thành hai nhóm hình caău và hình sợi. Phaăn lớn protein hình caău tan được trong nước, được câu táo từ moơt hoaịc moơt sô chuoêi polypeptide. Các teđn gĩi albumin, globulin văn còn được dùng nhưng là đeơ chư những protein cú theơ, ví dú albumine trứng, globulin huyêt thanh v.v...
Protein sợi cũng có theơ chứa đựng moơt hoaịc moơt sô chuoêi polypeptide. Chúng là những phađn tử có hình dáng kéo dài, khođng đôi xứng, chieău dài vượt rât nhieău laăn so với bán kính. Protein sợi chụ yêu có maịt trong các mođ lieđn kêt, mođ đàn hoăi, mođ co rút với chức naíng câu trúc, hoaịc là những chât khođng tan cụa tóc và da.