Nội dung chủ yếu của hợp đồng chuyển giao công nghệ thường được pháp luật quy định cụ thể hoặc chỉ quy định về nguyên tắc (quy định mở). Nếu được quy định cụ thể thì nội dung điều khoản thường bắt đầu bằng cụm từ "hợp đồng chuyển giao công nghệ phải có những nội dung cơ bản sau đây…". Nếu chỉ là những quy định mở thì thường bắt đầu bằng cụm từ "hợp đồng chuyển giao công nghệ có thể/bao gồm những nội dung…". Nội dung chủ yếu đầu tiên phải kể đến trong hợp đồng chuyển giao công nghệ là thỏa thuận về công nghệ được chuyển giao hay nói cách khác là những thỏa thuận về đối tượng hợp đồng. Đây được coi là nội dung quan trọng nhất, có ảnh hưởng đến những nội dung khác như phương thức chuyển giao, giá cả, thanh toán hay quyền và nghĩa vụ của các bên trong hoạt động chuyển giao công nghệ. Các bên phải ghi nhận vào hợp đồng chuyển giao công nghệ những nội
dung cụ thể về công nghệ được chuyển giao như tên công nghệ, những mô tả chi tiết về công nghệ và đối tượng sở hữu công nghiệp gắn liền với chuyển giao công nghệ (nếu có). Nếu việc chuyển giao có kèm theo đối tượng của quyền sở hữu công nghiệp, cần thiết phải có sự mô tả chi tiết về số lượng, chất lượng, điều kiện bảo hành… Liên quan đến công nghệ được chuyển giao, pháp luật thường có những yêu cầu về kết quả áp dụng công nghệ như: phải mô tả chi tiết sản phẩm được sản xuất từ công nghệ ấy, giải trình các điều kiện an toàn kỹ thuật, vệ sinh môi trường cũng như các điều kiện khác.
Một nội dung khác không kém phần quan trọng trong hợp đồng chuyển giao công nghệ là thỏa thuận về giá cả của công nghệ và phương thức thanh toán. Về nguyên tắc, giá cả của công nghệ do các bên thỏa thuận và được thanh toán bằng phương thức mà pháp luật không cấm. Do có nhiều loại hợp đồng chuyển giao công nghệ khác nhau, nên việc thanh toán cũng rất đa dạng như thanh toán bằng tiền hoặc bằng tài sản khác, chuyển phần giá trị của công nghệ thành vốn góp hoặc kết hợp cả hai phương thức trên. Trong mỗi một phương thức thanh toán kể trên cũng được thỏa thuận chi tiết cụ thể phù hợp với ý muốn của các bên. Ví dụ, thanh toán bằng tiền có nhiều phương thức như trả gọn một lần, trả theo kỳ vụ…
Trong hợp đồng chuyển giao công nghệ, các bên phải thỏa thuận những quyền và nghĩa vụ chủ yếu của bên chuyển giao cũng như bên nhận chuyển giao để hợp đồng được thực hiện một cách tốt nhất, phù hợp với ý chí đích thực của các bên. Hợp đồng chuyển giao công nghệ là một hợp đồng song vụ, nghĩa là quyền của bên này sẽ tương ứng với nghĩa vụ của bên kia, nên thiết nghĩ chỉ cần đề cập đến những nghĩa vụ cơ bản của hai bên là đủ.
Nghĩa vụ cơ bản nhất của bên chuyển giao là phải đảm bảo công nghệ được chuyển giao phải phù hợp với sự mô tả trong hợp đồng. Không những thế, bên chuyển giao còn phải đảm bảo làm sao cho bên nhận chuyển giao có thể áp dụng được công nghệ ấy vào hoạt động sản xuất kinh doanh của mình. Do vậy, đi kèm với việc chuyển giao đối tượng của hợp đồng, bên chuyển
giao phải có nghĩa vụ hỗ trợ kỹ thuật, đào tạo và tư vấn để bên nhận chuyển giao có thể làm chủ được công nghệ được chuyển giao. Điều khoản về đào tạo kỹ thuật có thể được thỏa thuận một cách chi tiết về chương trình đào tạo, số người được đào tạo, cấp văn bằng, chứng chỉ…, nếu các bên cho rằng đây là một nội dung quan trọng.
Nghĩa vụ cơ bản nhất của bên nhận chuyển giao là phải thanh toán cho bên chuyển giao đúng theo những thỏa thuận trong hợp đồng. Bên cạnh đó, việc áp dụng công nghệ phải được thực hiện theo đúng sự hướng dẫn của bên chuyển giao. Nếu việc chuyển giao công nghệ chỉ là chuyển giao quyền sử dụng trong một thời hạn nhất định, thì bên nhận chuyển giao chỉ được sử dụng công nghệ trong khoảng thời gian ấy, sau đó phải được sự cho phép của bên chuyển giao. Bên nhận chuyển giao cũng không được quyền tự ý sao chép, cải tiến công nghệ hoặc phát triển công nghệ mới dựa trên nền tảng công nghệ được chuyển giao nếu trong hợp đồng có quy định việc này phải được sự đồng ý của bên chuyển giao. Những nghĩa vụ này là cần thiết để bảo vệ quyền lợi chính đáng cho bên chuyển giao.