Tháng 3, nhà vua cùng Thái hậu trở lại cung Thánh Nghi.
Ngày Ất Sửu, Trần Tự Khánh thả Doãn Tín Dực trở về kinh sư. Rồi nhân đó, Trần Tự Khánh đem nhiều của đút lót cho Doãn Tín Dực mà bảo Dực rằng: "Ông vềđấy hãy khéo vì ta mà tâu trình cho ở
vương cung được rõ cái lòng chung thủy, cái khí tiết của ta đểởđấy đừng có nghe theo lời sàm siểm của kẻ tiểu nhân, khiến cho tôi được bảo toàn tính mệnh nhé".Doãn Tín Dực vềđến kinh sư, nhà vua hỏi đến Trần Tự Khánh. Doãn Tín Dực tâu rằng là, Trần Tự Khánh có lòng soán nghịch1 nhà vua cùng Thái hậu càng oán ghét Khánh.
Ngày Canh Ngọ nhà vua và Thái hậu trở vềđại nội.
Mùa hạ, tháng 4 nhà vua sai Đàm Dĩ Mông đến sông Tam Đái thuộc châu Tỉnh đốc xuất các đội quân đểđánh Trần Tự Khánh.
Tháng 5, ngày Đinh Mão cửa Việt Thành rung chuyển. Tháng 6 điện Chánh Nghi rung chuyển.
Mùa thu, tháng 7 nhà vua cho Đoàn Tín Dực lại làm chức Thái phó và cất lên tước Hầu. Người Nam Sách là bọn Phạm Dĩđánh Đinh Khôi. Khôi thua chạy.
Tháng 9, Trần Tự Khánh mở trói dây thép cho Nguyễn Nộn. Nguyễn Nộn là người có gương mặt
đẹp lạ lùng, lại có lòng bao dung, có tính bình thản thanh thoát. Tuy ở trong cái cảnh ngục tù mà thần sắc vẫn tự nhiên. Khi thấy bọn dũng sỉ nhảy, đối lại, ông mang theo cả cái dây xích sắt (vì đang bị trói- ND) mà nhảy, nhưng lại nhảy hơn bọn dũng sĩ. Trần Tự Khánh thấy, lấy làm lạ, lại cho làm tướng và đem người con gái của bà dì mà gả cho. Rồi lại trao cho hai ấp là Trần Khê và Cả Lũ (Nay thuộc tỉnh Thái Bình- ND).
Tướng của Trần Tự Khánh là Đinh Khôi làm phản, Tự Khánh bắt được rồi giết đi. Năm Giáp Tuất (năm 1214- ND) là năm Kiến gia thứ 4:
Tháng giêng, Chương Thành hầu là Trần Tự Khánh hội họp các đạo binh lại mà thề nguyền tại miếu thờ Đỗ Thái úy ở Đông Phù Liệt để sắp muốn đánh kinh sư. Trần Tự Khánh chia quân ra làm hai
đạo là thủy quân và lục quân. Sai Phan Lân và Nguyễn Nộn đem binh ở Quốc Oai theo con đường Bình Nhạc tiến đánh theo Lục Lộ. Trần Tự Khánh tự lãnh binh thuyền đóng ở sông Tha Mạc (còn đọc là Đà Mạc- ND). Thái Tổ ta và Trần Tự Khánh đánh mặt hữu ngạn sông Lô. Trần Thủ Độ2, Trần Hiến Sâm và Nguyễn Ngạnh đánh mặt tả ngạn sông Lô. Vương Lê, Nguyễn Cải đánh cầu Nổi3 thuộc bến Triều Đông.
Nhà vua tự làm tướng đi đánh Trần Tự Khánh. Gặp lúc có sương mù lớn, trời đất đen tối, người
ở trong thuyền không phân biệt được nhau. Nhà vua tiến quân đến Mễ Sở thì gặp quân của Vương Lê và Nguyễn Cải đánh trống reo hò để làm núng lòng quan quân của nhà vua. Rồi quân nhà vua tự nhiên tan vỡ. Quân sĩ đều phải bỏ thuyền, lên bộ mà chạy. Vương Lê, Nguyễn Cải bắt được thuyền rồng (thuyền của nhà vua). Thái Tổ ta muốn tiến đánh mặt hữu ngạn sông Lô mới kéo binh đi. Khi đến bến An Duyên thì gặp (tướng quân phía nhà vua) Đàm Dĩ Mông và An Nhân Vương lãnh đạo Bắc Giang. Các đạo quân kéo lại, đều đem hết những lính tinh nhuệ ra nghinh chiến. Quân hai bên đều tổn hại.
Bọn Trần Thủ Độ, Trần Hiến Sâm (đánh mặt tả ngạn sông Lô- ND) nhân vì thắng trận mới tiến
đến đánh bến TừĐông, lại thắng nữa.
Bọn Phan Lân nhân khi đến chợ Dừa (chợ cây dừa- ND) gặp tướng vùng Hồng là Đoàn Cẩm, Võ Hốt đều bị thua phải chạy, vượt sông qua Phù Kiều (Cầu nổi) thuộc bến (Triều) Đông mà về.