Nhóm virus cúm A đều có hệ gen là RNA chứa 8 phân đoạn mã hoá cho 11 protein, có độ dài tùy từng phân type, được nối với nhau thành một sợi RNA liên tục, nhưng hệ gen lại phân thành nhiều đoạn, mỗi phân đoạn chịu trách nhiệm mã hóa cho một loại protein của virus.
Hai đầu 5' và 3' của RNA của hệ gen có hai chuỗi nucleotide bảo tồn, đó là 5'-
AGUAGAACAAGG... và 3'-UCG(U/C)UUUCGUCC... [70]. Sáu phân đoạn (từ 1- 6)
mỗi phân đoạn chịu trách nhiệm mã hoá cho một loại protein riêng biệt, phân đoạn 7 và 8 mã hoá cho từng phần của gen, mỗi gen mã hoá cho một phân tử RNA thông tin và mỗi phân tử RNA thông tin này sau khi được xử lý nhờ cơ chế nối-ghép (splicing) sẽ được dịch mã tổng hợp protein [70]. Mỗi đoạn RNA được bao xung quanh bởi nucleoprotein (NP) tạo thành cấu trúc ribonucleoprotein (RNP). RNP kết hợp với 3 loại polymerase PB2, PB1, PA chịu trách nhiệm cho sự phiên mã và sao chép RNA của virus.
Protein kháng nguyên bề mặt là HA thuộc protein màng type I liên quan đến sự bám dính của virus và là thụ thể của virus, có khả năng gây ngưng kết hồng cầu gà, hợp nhất vỏ virus với màng tế bào nhiễm và tham gia vào phản ứng trung hoà virus.
Nucleocapsid protein (NP) là một loại protein được photphoryl hoá, có biểu hiện đặc tính kháng nguyên đặc hiệu theo nhóm và tồn tại trong hạt virus theo dạng liên kết với mỗi phân đoạn RNA, cho nên NP còn được gọi là ribonucleoprotein.
Protein mang hoạt tính enzym là NA thuộc protein màng type II có chức năng của một enzym cắt thụ thể để virus thực hiện quá trình giải phóng ra khỏi tế bào.
Chỉ có các phân đoạn HA, NA (glycoprotein màng) của virus có chức năng "gắn" vào màng tế bào chủ bị tấn công rồi sau đó tiếp tục thực hiện quá trình nhân lên và giải phóng virus.
Protein màng không được glycosyl hóa là MA mang tính chất protein đệm, bao gồm M1 và M2 có vai trò bao gói RNA của hệ gen virus và là kênh vận chuyển các thành phần của virus qua màng.
Một protein khác là protein không cấu trúc NS (non-structural protein) gồm hai tiểu phần NS1và NS2, có vai trò bảo vệ hệ gen của virus, nếu thiếu chúng virus sinh ra không hoàn chỉnh, trở thành virus thiểu năng.