Nghiên cứu định type, biến đổi di truyền và gen học tiến hoá của virus cúm A/H5N1 được nhiều cơ sở tiến hành ngay từ những tháng đầu tiên xảy ra dịch cúm gia cầm cuối năm 2003. Những chuỗi gen giúp xác định phân type H5, phân type N1 và các gen cấu trúc đã được Viện Công nghệ sinh học, Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh, Viện Vệ sinh dịch tễ trung ương, Viện Thú y quốc gia giải mã và công bố trên Ngân hàng gen [12], [17], [19], [94].
Virus cúm gia cầm gây bệnh ở gia cầm và người tại Việt Nam là cúm A/H5N1 thuộc thế hệ mới đã có biến đổi cơ bản về gen H5 và N1, nhưng vẫn có cùng nguồn
gốc với H5N1 từ vùng địa lý Nam Trung Quốc và Hồng Kông [6], [7], [79], [107] (Phụ
lục 7A và 7B). Các chủng phân lập những năm 2004 - 2006 đã được nghiên cứu khá chi tiết về góc độ gen học và quan hệ phân tử với các chủng trong vùng và thế giới, kết quả khẳng định virus H5N1 vùng Nam và Đông Nam Á thuộc clade VTM (viết tắt: Vietnam-Thailand-Malaysia), có những đặc tính sinh học nhất định khác với các nhóm vùng Trung Quốc và Hồng Kông [11], [35], [80].
Năm 2007, tại Việt Nam, xuất hiện thêm biến chủng H5N1 phân dòng Phúc Kiến (clade 2.3.4) và đến nay xuất hiện clade 2.3.2, đã và đang làm phức tạp thêm vấn đề dịch tễ học trong công tác phòng chống bệnh cúm gia cầm và quan hệ kháng nguyên
và miễn dịch, do tỷ lệ tương đồng kháng nguyên HA(H5) và NA(N1) thấp so với các chủng phân dòng Quảng Đông [3], [6].
Nghiên cứu vấn đề gen học kháng nguyên liên quan đến vaccine và miễn dịch
cũng đã được Viện Công nghệ sinh học, Viện Vệ sinh dịch tễ trung ương, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh, Viện Thú y quốc gia, Trung tâm Chẩn đoán Thú y trung ương tiến hành, đó là việc thu thập gen kháng nguyên H5 và N1 từ các chủng phân lập trên gà, vịt, ngan của Việt Nam các năm và so sánh với trình tự chuỗi gen cúm A/H5N1 của
các chủng cường độc đương nhiễm và vaccine của Việt Nam và thế giới [2], [7], [9],
[94]. Nhận định hỗn hợp virus gây bệnh và phân hoá kháng nguyên của virus cúm A/H5N1 tại Việt Nam cũng đã được xác nhận qua phân tích hàng chục chủng thu nhận từ nhiều vùng khác nhau trong cả nước [94]. Điều này ảnh hưởng đến dịch tễ, chẩn đoán, phòng trừ và quan hệ lây nhiễm trong tự nhiên [20], [107] cũng như vai trò miễn dịch của các chủng cổ điển đang sử dụng làm vaccine tại Việt Nam và thế giới (vaccine H5N1, chủng gốc: A-Gs-CN-Gd1(96)(H5N1), vaccine H5N2, chủng gốc: A-Turkey-
ENG-N28(73)(H5N2), vaccine TrovacAIV-H5, chủng gốc: A-Tk-IRE-
1378(83)(H5N8)), vaccine H5N2, chủng gốc: A-Ck-MEX-Hidalgo-232(94)(H5N2). Giống NIBRG-14 từ chủng gốc A/Vietnam/1194/2004 (H5N1), đã được Việt Nam nghiên cứu công nghệ sản xuất vaccine cho gia cầm và người [2], [16].
Vấn đề chẩn đoán và xây dựng phương pháp phát hiện nhanh và phân biệt cúm A với các tác nhân gây triệu chứng hô hấp khác đã được các nhà khoa học Việt Nam quan tâm, kết hợp nghiên cứu với các tổ chức thế giới. Phát hiện nhanh H5N1 và các phân type khác bao gồm việc sử dụng kháng nguyên hoặc kháng thể, hoặc sinh học
phân tử đã được xây dựng thành phương pháp [125]. Nghiên cứu vaccine và miễn dịch,
các nhà khoa học Việt Nam cũng đã có những đóng góp nhất định về tạo chế phẩm kháng nguyên, tạo vaccine di truyền ngược hoặc vector tái tổ hợp trên nền virus cúm A/H5N1 của Việt Nam [54].
Ngoài ra, một số nghiên cứu dịch tễ học phân tử, chẩn đoán, vector tái tổ hợp dẫn truyền gen kháng nguyên sử dụng adenovirus hoặc virus Lasota và chuyển gen vào thực vật cũng được tiến hành. Một số nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật/công nghệ cao (di
truyền ngược, tái tổ hợp vector) sử dụng nguồn gen H5N1 của Việt Nam, công nghệ tái tổ hợp sản xuất chế phẩm kháng nguyên H5 trong thực vật và tế bào cũng được tiến hành tại Viện Công nghệ sinh học, Viện Thú y quốc gia, Viện Di truyền Nông nghiệp và một số cơ sở nghiên cứu khác [2], [6], [10]. Song song với những nội dung nghiên cứu về cúm gia cầm ở gia cầm, các cơ sở y tế như Bệnh viện Nhi trung ương, Viện Vệ sinh dịch tễ trung ương, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh, đều có những triển khai các
lĩnh vực nghiên cứu liên quan đến cúm A/H5N1 trên người [17], [13], [76]. Từ những
kết quả nghiên cứu về cúm A/H5N1 ở gia cầm và người trên nền virus cúm A/H5N1 của Việt Nam đã và đang làm sáng tỏ thêm về mối quan hệ tiến triển bệnh học lây nhiễm, dịch tễ học phân tử, phát triển tiến hoá và genotype và kháng nguyên - miễn dịch - vaccine của cúm gia cầm tại Việt Nam.
CHƢƠNG 2