Phân đoạn 1 mã hoá cho enzym polymerase PB2 (polymerase basic protein 2) là tiểu đơn vị của polymerase (RNA transcriptase) chịu trách nhiệm khởi đầu phiên mã, có độ dài 2341 nucleotide, có trọng lượng phân tử theo tính toán là 84 kDa (thực tế là: 87 kDa) [70].
Phân đoạn 2 mã hoá cho enzym polymerase PB1 (polymerase basic protein 1) là tiểu đơn vị xúc tác của polymerase (RNA transcriptase), có độ dài 2341 nucleotide, với trọng lượng phân tử tính toán là 87 kDa (thực tế: 96 kDa) [30].
Phân đoạn 3 mã hoá cho enzym kéo dài phiên mã PA (polymerase acidic protein 2) là tiểu đơn vị của polymerase (RNA transcriptase) tham gia tổng hợp RNA, có độ dài 2233 nucleotide, trọng lượng phân tử theo tính toán là 83 kDa (thực tế: 85 kDa)
[30].
Phân đoạn 4 mã hóa cho hemagglutinin (HA) điều khiển quá trình tổng hợp hemagglutinin (protein gây ngưng kết hồng cầu). Có 16 loại HA, trong đó chỉ có H1, H2, H3 tìm thấy ở các virus gây bệnh cho người. Virus mang gen H5, H7 và H9 có thể
lây nhiễm từ chim sang người. HA được phân bố rải rác trên bề mặt của virus, là protein gắn virus vào thụ thể của tế bào, gây ngưng kết hồng cầu và tham gia vào quá trình khởi đầu xâm nhiễm của virus. HA có phân tử lượng là 63 kDa (nếu không được glycosyl hoá), 77 kDa (nếu được glycosyl hoá, trong đó HA1 là 48kDa và HA2 là 29 kDa) [108], chuỗi nucleotide có độ dài thay đổi tùy từng phân type virus, đối với H5N1
là 1704 - 1707 bp, H7N1 là 1683 - 1695 bp, H9N1 là 1683 bp, H1N1 là 1701 bp.
Phân đoạn 5 mã hoá cho protein nucleoprotein (NP) có trọng lượng phân tử tính toán là 56kDa, gen NP của H5N1 có độ dài là 1497 bp [70].