Trung tâm kiểm nghiệmThuốc, Mỹ phẩm, Thực phẩm Tuyên Quang được tổ chức lại từ Trung tâm kiểm nghiệm theo Quyết định số 348/2005/QĐ- UBND ngày 20 tháng 11 năm 2018 của UBND Tỉnh. Cơ cấu tổ chức của trung tâm có đầy đủ các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và hoạt động theo Quyết định số 2176/2000/QĐ-BYT ngày 18/7/2000 của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Đánh giá thực trạng về tổ chức và quản lý Trung tâm đã đạt được 15/17 tiêu chí về tổ chức quản lý theo tiêu chuẩn của GLP và thực hiện khá đầy đủ. Tuy nhiên hệ thống cập nhật các tiêu chuẩn chất lượng chưa được đầy đủ, kịp thời cần phải được cải thiện cho phù hợp với yêu cầu của GLP.
Trung tâm xác lập mô hình tổ chức tinh gọn phù hợpvới chức năng nhiệm vụ và yêu cầu của GLP: Các bộ phận được tổ chức theo kỹ thuật và đối tượng kiểm nghiệm. Các bộ phận kiểm nghiệm cũng như các bộ phận chức năng được quy định chức năng, nhiệmvụ rõ ràng.
Đối với đơn vị hiện nay đang thực hiện nhiệm vụ kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, tháng 11 năm 2018 được Uỷ ban nhân dân tỉnh giao thêm nhiệm vụ kiểm nghiệm thực phẩm, đặc biệt là thực phẩm chức năng. Tuy vậy trung tâm vẫn chưa được giao chức năng về kiểm nghiệm thực phẩm theo đúng tên hiện có. Vì vậy mô hình hiện tại có đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ, có phát huy được hiệu quả cao cần có sự thay đổi, thay đổi như thế nào đang là những câu hỏi đặt ra cho lãnh đạo trung tâm. Đây cũng là thực trạng chung của các trung tâm kiểm nghiệm tuyến tỉnh, hiện nay mô hình tổ chức và quản lý của các đơn vị trong hệ thống kiểm nghiệm nhà nước chưa có sự thống nhất, đồng bộ trong toàn ngành theo quy định về tổ chức bộ máy nhà nước và định hướng xây dựng PTN theo tiêu chuẩn GLP, các đơn vị vẫn có sự khác nhau về mô hình tổ chức do đặc thù và nhiệm vụ riêng của từng tỉnh. Theo đó hiệu quả, năng suất lao động và mức độ phát triển của các đơn vị cũng khác nhau. Một số trung tâm có mô hình tổ chức và quản lý tinh gọn, chuyên biệt cho thấy hiệu quả tốt như: TTKN Huế, TTKN Nghệ An, TTKN Thanh Hoá,…