Tổng thời gian để hoàn thành toàn bộ quy trình được tính từ lúc bắt đầu thực hiện bước đầu tiên của quy trình cho đến khi hoàn thành bước cuối cùng của quy trình nhập khẩu đó. Để một quy trình được đánh giá là hiệu quả, thời gian để thực hiện nó phải ngắn hơn so với mức trung bình để thực hiện quy trình nhập khẩu. Để đạt được điều đó, thời gian thực hiện mỗi bước trong quy trình cần phải được phân bổ một cách hợp lý, cắt giảm thời lượng các bước rườm rà, tập chung vào các bước phức tạp và đòi hỏi sự cẩn thận cao để tránh sai sót có thể xảy ra, đồng thời tiến hành thực hiện đồng thời các công đoạn nếu có thể.
Để rút ngắn thời gian thực hiện quy trình xuống mức thấp nhất mà không ảnh hưởng đến chất lượng của quy trình nhập khẩu hàng hoá thì yêu cầu đối với người thực hiện quy trình phải là người có kinh nghiệm, có hiểu biết rõ ràng về quy trình nhập khẩu của công ty đồng thời có sự nhạy bén và linh hoạt.
Một người có kinh nghiệm sẽ có thể tận dụng tốt khoảng trống giữa các quy trình để thực hiện đồng thời quy trình tiếp theo mà vẫn đảm bảo sự thống nhất, liền mạch của quy trình. Ví dụ, sau khi nộp hồ sơ xin giấy phép nhập khẩu, doanh nghiệp và chờ kết quả, doanh nghiệp có thể tiến hành thanh toán trước và thuê phương tiện vận tải và mua bảo hiểm hàng hoá, trong quá trình chờ hàng hoá cập cảng có thể tiến hành chuẩn bị trước các hồ sơ cho thủ tục hải quan,…
Bên cạnh đó, một số công đoạn phức tạp bởi thủ tục và hồ sơ hoặc do sự cản trở về mặt địa lý có thể giải quyết nhanh hơn bằng việc thuê tổ chức có chuyên môn thực hiện. Ví dụ: thủ tục cấp phép nhập khẩu hay thủ tục hải quan là một công đoạn phức tạp, nhất là đối với các doanh nghiệp nhập khẩu lần đầu tiên vì yêu cầu sự hiểu biết sâu về các quy định của Nhà nước, vì vậy các doanh nghiệp có thể giải quyết nhanh chóng hơn bằng việc thuê các công ty trung gian có chuyên môn. Việc thuê các tổ chức trung gian thực hiện không chỉ giúp doanh nghiệp giảm thiểu thời gian thực hiện mà còn giúp tránh được các sai sót mà có thể khiến doanh nghiệp bị phạt nặng gây ra nhiều rủi ro.
Thời gian thực hiện quy trình có thể đo lường qua lịch theo dõi quy trình nhập khẩu của công ty, tiến độ thực hiện quy trình rồi so sánh với thời gian thực hiện chung của quy trình nhập khẩu trong các giai đoạn của công ty hoặc trong cùng ngành hàng.