Đối với công ty tự thực hiện hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, đương nhiên là tính chuyên nghiệp không cao cũng như mối quan hệ với các cơ quan nhà nước
cũng không được tốt. Đơn cử như việc thực hiện một lô hàng tự xuất, tự nhập trải qua rất nhiều khó khăn, tốn kém nhiều thời gian.
Thực tế cho thấy các cơ quan nhà nước liên quan đến xuất nhập khẩu chủ yếu đang hoạt động rất chuyên quyền, hách dịch, điều này gây nhiều ảnh hưởng tới tiến độ nhập khẩu. Hoàn tất một lô hàng nhập khẩu cần thông qua các nhiều cửa từ Trạm kiểm dịch thực vật tới Trung tâm kỹ thuật tiêu chuẩn đo lường tới cơ quan Hải quan. Chỉ riêng việc hoàn tất thủ tục hành chính cho một lô hàng nhập khẩu mất đến 1 tuần là điều thường gặp vì vướng ở nhiều cửa với nhiều yêu cầu khắt khe. Thậm chí một số quy trình chỉ được hoàn tất khi có hành động “bôi trơn hợp lý” giữa doanh nghiệp và các cơ quan.
Vì vậy việc cần thiết là các cơ quan chức năng cần điều chỉnh, thanh lọc lại đội ngũ cán bộ, công chức thanh liêm, chính trực, tạo điều kiện cho sự phát triển của ngành theo chỉ thị của Đảng và Chính phủ. Việc cải cách đội ngũ cán bộ tạo hình ảnh thanh liêm trong bộ máy nhà nước và hỗ trợ doanh nghiệp phát triển.
Ngoài ra, việc rút gọn thời gian kiểm hóa, kiểm định thực vật, cải thiện hệ thống khai báo hải quan online. Các cơ quan nên cải thiện cơ sở hạ tầng, sử dụng thêm các hệ thống máy móc tiên tiến như máy soi, máy dò,… và sử dụng các phần mềm hiện đại về mã số thuế và biểu tính thuế.